HIV-1新重组株CRF01 A E/07 B C的鉴定和江苏省CRF01 A E全长序列的特征分析

发布时间：2020-12-06 14:15

　　目的:人类免疫缺陷病毒（HIV）是引起获得性免疫缺陷综合征（AIDS）的病原体,近年来,全球HIV流行范围越来越广,病毒亚型种类越来越复杂。同样,中国也面临越来越复杂的HIV-1遗传多样性。在中国,流行的主要亚型包括B亚型、CRFs_BC（包括CRF07_BC、CRF08_BC和一些URFs_BC）以及CRF01_AE（它们共占所有感染的大约94.9%）。虽然这些亚型在不同的高危人群中所占优势不同,但是几乎每种高危人群中都能检测到所有亚型或流行重组型,这种现象为不同亚型或流行重组型之间发生重组提供了机会。我们最近在江苏省男同性恋人群（MSM）中发现B亚型、CRF01_AE和CRFs_BC具有几乎相同的流行比例（＞28.6%）,这表明亚型或流行重组型之间发生重组的可能性很高。本文试图在江苏省高危人群中寻找新的重组型病毒,并且探讨其起源。方法:使用巢式PCR的方法获得HIV-1的gag-RT、p17、C2V3区域或基因组全长序列,并对其进行系统发生分析... 

【文章来源】：江苏大学江苏省

【文章页数】：68 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

7JSNJ045的3.skb、3.3kb和2.6kb片段P片段PeR产物，uneZ:3.3kb片段PeR产物，

图3.507JsWXo45物I卿CZv3区域系统发生分析pI7(A)和cZv3(B)的系统发生树由ME以4.0neighbor一oining方法构建。拓扑可靠性由重复1000次的bootstrap分析进行评估。只有大于80的bootstr叩值显示在相应的结点。Hw一1亚型和流行重组型的参考序列来自于助sAl~5Hlv序列数据库(httP://www.址v.la川.即v/content/index).江苏省的五个cRFDlweA五的尸17序列和四个CZV3序列为之前文献中报道的序列住献12》这些序列相应的GenBank序列号分别为EU676124，、EU676126、EU676127、EU676133、EU676137和EU676141，EU676142、EU676145、EU676147。Figure3.5PhylogeneticanalysesofP17andCZV3regionsof07JSWX045.ThePhylogenetictreesofP17(A)andCZv3(助regionswereconstruetedwithMEGA4.0，usingtheneighbor一oiningmethod.Reli的ilityoftoPologieswasestimatedbyPerfornlingbootstrapanalyseswith1000rePlicates.oulybootstraPvalues>80areshown.HIV一1subtyPeandCRFreferencesequenceswerefromthe助5Alar口05HYVSequenceDatabase(httP:刀www.hiv.lanl.g()v/eontent/index).FiveJiangsuCR刊1一AEPl7sequeneesandfourCZV3sequeneesPreviouslydescribedinRef.12areavailableunderGenBankaCCessionnumbersEU676124，EU676126，EU6761z7，EU676i33，EU676137andEU676141，EU676142，EU676145，EU676147，resPeetively.

【参考文献】：
期刊论文
[1]艾滋病病毒分子亚型流行病学研究进展[J]. 刘翌.  中国国境卫生检疫杂志. 2006(S1)



本文编号：2901518