重组GII型诺如病毒长沙株全基因组序列的测定与分析

发布时间：2021-04-08 21:17

　　目的对2016年长沙地区一起由GⅡ型诺如病毒引起的急性胃肠炎暴发疫情致病原进行全基因组序列测定,掌握其基因类型、分子进化特征和抗原重组情况。方法提取疫情中患者粪便标本的总RNA,反转录成cDNA,PCR扩增病毒全基因组并采用Sanger法测序,比对拼接后获得病毒全基因组序列;通过BLAST比对和诺如病毒在线分型工具（typing online tool）确定其基因型别;从GenBank中下载GⅡ型诺如病毒参考序列,采用DNA Star软件进行序列多序列比对和同源性分析,绘制系统遗传进化树,基因重组特征分析采用SimPlot软件。结果通过一代测序获得病毒基因组序列长7 491 bp,有3个开放阅读框（ORF）,长度分别为5 100 bp,1 647 bp,765 bp。多序列比对和同源分析发现ORF1区与GⅡ.P12型代表株同源性最高,VP1区则与GⅡ.3型同源性最高;因此,将该毒株命名为Hu/GⅡ.P12-GⅡ.3/CS02/2016/CHN。分子遗传进化分析显示其与中国其他地区如北京、上海、广东等地流行的GⅡ.P12-GⅡ.3重组型诺如病毒亲缘关系最为接近。抗原重组分析发现Hu/GⅡ... 

【文章来源】：现代预防医学. 2019,46(19)北大核心

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【部分图文】：

长沙Hu/GII.P12－GII.3/CS02/2016/CHN诺如病毒株全基因组序列的重组分析

【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3126293