一株抗肿瘤新城疫病毒的全基因组测序及毒力测定

发布时间：2017-04-24 06:03

  本文关键词：一株抗肿瘤新城疫病毒的全基因组测序及毒力测定，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：新城疫病毒(newcastle disease virus, NDV)为单负链不分节段的RNA病毒,属于副黏病毒属。近些年来,NDV的宿主范围不断扩大,可感染多种家禽和野生鸟类,引发新城疫(newcastle disease, ND),而人类对NDV的感染率极低,主要表现为流感样症状。NDV对肿瘤细胞的特异性杀伤能力已经使其成为抗肿瘤生物制剂的研究热点。目前,越来越多的NDV株已被证明能够高效抗肿瘤,而对于同一种肿瘤细胞,不同NDV株的杀伤能力却不同,这可能与病毒间的基因组序列差异密切相关。同时,NDV的抗肿瘤机制研究越来越需要将病毒基因组序列与NDV诱导的肿瘤细胞凋亡信号通路联系起来。本实验室保存一株抗肿瘤NDV——HBNU/LSRC/F3,其抗肿瘤机制已被初步探索,本实验将测定HBNU/LSRC/F3的毒力及其全基因组序列。 在毒力测定部分,首先制备NDV HBNU/LSRC/F3和Mukteswar,之后设立空白对照组、阴性对照组(灭菌生理盐水)、阳性对照组(Mukteswar)及实验组,最后测定鸡胚平均致死时间(mean death time of chick-embryos, MDT)、脑内致病指数(intracerebral pathogenicity index, ICPI)及静脉致病指数(intravenous pathogenicity index, IVPI)。在全基因组测序部分,首先通过试剂盒提取病毒基因组RNA,之后利用设计的16对引物通过一步法RT-PCR及两步法RT-PCR进行目的片段的扩增,扩增片段之间部分重叠,且拼接后覆盖整个基因组。对于基因组的两末端,采用锚定引物及特异性引物,通过简化的cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA end, RACE)而获取相应的扩增片段。所有扩增片段在电泳鉴定后被送往北京华大公司进行纯化后测序,并通过生物信息学软件处理测序结果和进行序列分析。 结果显示HBNU/LSRC/F3的MDT为105.6h,ICPI为0.26, IVPI为0,这些致病指数均在弱毒株范围内,故HBNU/LSRC/F3为弱毒株。但经序列对比及分析后发现,HBNU/LSRC/F3F蛋白的裂解位点具有强毒株的特征性结构,即112RRQRR↓F117,因此HBNU/LSRC/F3为F蛋白具有强毒株裂解位点的NDV弱毒株,可被归为不遵循一般规则的特殊NDV,其毒力必然与除F蛋白裂解位点之外的其他因素密切相关。 HBNU/LSRC/F3基因组全长为15192nt,其中蛋白编码序列含量为90.5%,G+C mol%为46.8%。整个基因组包括3’末端(55nt)、NP基因(1753nt)、P基因(1451nt)、M基因(1241nt)、F基因(1792nt)、HN基因(2002nt)、L基因(6703nt)和5’末端(114nt)。6个基因的编码蛋白为NP蛋白(489aa)、P蛋白(395aa)、V蛋白(239aa)、W蛋白(137aa)、M蛋白(364aa)、F蛋白(553aa)、HN蛋白(571aa)及L蛋白(2204aa)。绘制的各个系统进化树表明HBNU/LSRC/F3属于Class II谱系的基因Ⅸ型,基因Ⅸ型与基因Ⅲ型的亲缘关系最近。HBNU/LSRC/F3与典型NDV株比较,与F48E8的序列相似性最高。 本实验通过传统毒力测定方法、分子生物学技术及生物信息学软件对HBNU/LSRC/F3的毒力及全基因组序列进行了测定和初步分析,旨在为后续充分了解HBNU/LSRC/F3的抗瘤机制及提高其溶瘤特性提供相关依据。
【关键词】：新城疫病毒 毒力 基因组 系统进化树 序列相似性
【学位授予单位】：河北北方学院
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2013
【分类号】：R373
【目录】：

• 中文摘要4-6
• 英文摘要6-9
• 英文缩写9-12
• 前言12-14
• 材料与方法14-31
• 1 材料14-17
• 2 方法17-31
• 结果31-38
• 附图38-53
• 附表53-60
• 讨论60-66
• 结论66-67
• 参考文献67-73
• 综述 新城疫病毒用于联合抗肿瘤的研究进展73-87
• 参考文献81-87
• 致谢87-88
• 个人简历88

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前9条

1 王凯冰;隋红;李乐静;李曦;王磊;;定位表达的新城疫病毒HN蛋白对荷瘤小鼠的抗肿瘤免疫作用[J];中国肺癌杂志;2010年08期

2 梁伟,孟凡娟,孙铁民,梁仲奎,金雨;西洋参茎叶皂苷与新城疫病毒治疗恶性肿瘤临床应用[J];辽宁中医杂志;2005年08期

3 侯萍;刘培淑;季晓峰;刘波;;新城疫病毒疫苗和IL-15治疗3AO裸鼠移植瘤实验研究[J];中国热带医学;2009年09期

4 王静;董尚林;卢志红;刘进军;孙黎;刘开扬;;新城疫病毒诱导人食管癌细胞ECA-109凋亡的体外研究[J];山东医药;2011年21期

5 郝景波;王文飞;吴云舟;刘铭瑶;高振秋;张巧;颜世君;李德山;;重组新城疫病毒Anhinga株与TRAIL蛋白协同杀伤肿瘤细胞[J];中国生物化学与分子生物学报;2011年01期

6 孟松树;白海;胡茂志;刘文博;王莉;吴艳涛;焦新安;范健;;新城疫病毒FMW株体外溶瘤作用及其机制分析[J];微生物学报;2009年04期

7 刘开扬,刘春霞,戴洁,翟登高,侯海波,程建贞;加热和病毒感染对胃癌细胞HSP70表达及细胞周期的影响[J];中国肿瘤临床;2003年07期

8 詹媛;陈鸿军;仇旭升;孙英杰;于圣青;丁铲;;宿主细胞磷酸激酶在新城疫病毒感染中的作用[J];中国动物传染病学报;2011年02期

9 张琪;杨鸣琦;王根辈;赵忠华;范光丽;;新城疫病毒和康莱特注射液联合抗肿瘤试验中瘤组织的病理变化及IL-6表达的研究[J];中国兽医杂志;2010年10期

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本文编号：323662