18个重要炎症相关基因SNP分析及TLR4基因5’区SNP功能研究
发布时间：2021-07-11 22:11
现已研究表明,基因组序列上的变异,即基因多态性（gene polymorphism）是决定人体对疾病易感性与抵抗性、疾病临床表型多样性以及人体对药物治疗反应差异性的重要因素。我们既往研究表明,效应细胞表面模式识别受体（CD14、Toll-like receptor 4、MD2）、细胞内信号转导途径中的蛋白激酶、以及由炎症细胞产生的促炎介质如TNF(、IL-1(、IL-6、IL-8,抗炎症介质如IL-4、IL-10、IL-1Ra在决定脓毒症发生发展和转归中发挥重要作用。因此,其基因表达上的差异,很可能是部分患者易发生脓毒症或/和预后较差的重要因素。为此,基于目前研究进展,本课题重点开展了三方面的系统研究:（1）选择18个与炎症反应最为密切的候选基因,通过大规模直接测序的方法对这些基因所有重要功能区域内的基因多态性进行了较全面分析;（2）分析了TLR4基因5’区-1892G→A和-1837A→G碱基变异在重庆人群中的发生频率及其SNP基因型和单倍型的分布特点;（3）利用生物信息学和基因克隆技术,探讨了TLR4基因5’区调控区以及-1892A和-1837G碱基变异的功能意义。旨在为揭示脓毒症...
【文章来源】：中国人民解放军陆军军医大学重庆市
【文章页数】：121 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
基因结构和测序区域示意图
第三军医大学博士学位论文根据长程 PCR（Long－PCR）和巢式 PCR（Nest-PCR）的需要，分别设计长程和巢式引物。在每对长程引物范围内设计多对引物，这些引物称为巢式引物。长程引物对的上游引物兼作第 1 对巢式引物的上游引物，长程引物对的下游引物兼作最后 1 对巢式引物的下游引物。相邻巢式引物涵盖的序列范围彼此需要一定的重叠，即所谓的步移法（walking）（图 1-2）。巢式 PCR 引物兼作测序引物。引物长度 18～24 个 bp；Tm 值 58-62℃；扩增产物大小：一般长程 PCR 500-2000bp，巢式 PCR 300-500bp。一对引物之间 Tm 值不应超过 1℃。一对引物之间的序列不应包括短核苷酸串连重复序列(short tandem repeat ,STR)、多聚 A 和多聚 T(n>8)。共设计引物 372 条（表 1-2）。
图 1-3 TLR4 5’区 G→A 碱基变异的识别和判读。(A)：AA 型纯合子; (B)：GA 型杂合子; (C)：GG 型纯合子（七）已有 SNP 数据库的检索与比对利用 GeneBank 的 SNP 数据库（dbSNP）（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snpblastByChr.html），检索我们所发现的 18 个炎症相关基因的碱基变异是否已有报道及其与西方人群 SNP 发生的异同。检索方法参考美国国立生物信息中心（NCBI）的操作指南（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ Education/ BLASTinfo /information3.html）。结 果一、中国人群中已知 LPS 受体及其辅助分子 SNP 分布（一）CD14CD14 基因的测序长度为 3169bp，共发现 4 个 SNP，分布于 5`区（3 个）和编码
【参考文献】：
期刊论文
[1]肿瘤坏死因子基因组多态性在脓毒症发病中的作用[J]. 于宝军,黎介寿,张佃良,唐星明. 中华医学杂志. 2003(24)
[2]Induction of acute hepatic injury by endotoxin in mice[J]. Guo-Qi Xie;Jian-Xin Jiang;Yong-Hua Chen;Da-Wei Liu;Pei-Fang Zhu;Zheng-Guo Wang the Emergency Department, 152nd Hospital, PLA, Pingdingshan 467000, China Research Institute of Surgery., Daping Hospital, Third Military Medical University, Chongqing 40002, China. Hepatobiliary & Pancreatic Diseases International. 2002(04)
[3]杀菌/通透性增强蛋白对腹腔感染脓毒症大鼠的治疗作用[J]. 蒋建新,谢国旗,刘大维,朱佩芳,王正国,何娅妮,周继红,徐红. 中国病理生理杂志. 2000(02)
[4]Protective effect of bactericidal/permeability-increasing protein in mice with E.coli sepsis[J]. 蒋建新,朱佩芳,王正国,何娅妮,刘大维,田昆仑,刁有芳. Chinese Journal of Traumatology. 1998(01)
[5]DISTRIBUTION OF AN NcoI POLYMORPHISM IN THE LYMPHOTOXIN α GENE IN DUTCH PATIENTS WITH INFLAMATORY BOWEL DISEASES[J]. 夏冰,G Bouma,JBA Grusius,SGM Meuwissen,AS Pena. Chinese Medical Journal. 1995(10)
本文编号：3278675
【文章来源】：中国人民解放军陆军军医大学重庆市
【文章页数】：121 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
基因结构和测序区域示意图
第三军医大学博士学位论文根据长程 PCR（Long－PCR）和巢式 PCR（Nest-PCR）的需要，分别设计长程和巢式引物。在每对长程引物范围内设计多对引物，这些引物称为巢式引物。长程引物对的上游引物兼作第 1 对巢式引物的上游引物，长程引物对的下游引物兼作最后 1 对巢式引物的下游引物。相邻巢式引物涵盖的序列范围彼此需要一定的重叠，即所谓的步移法（walking）（图 1-2）。巢式 PCR 引物兼作测序引物。引物长度 18～24 个 bp；Tm 值 58-62℃；扩增产物大小：一般长程 PCR 500-2000bp，巢式 PCR 300-500bp。一对引物之间 Tm 值不应超过 1℃。一对引物之间的序列不应包括短核苷酸串连重复序列(short tandem repeat ,STR)、多聚 A 和多聚 T(n>8)。共设计引物 372 条（表 1-2）。
图 1-3 TLR4 5’区 G→A 碱基变异的识别和判读。(A)：AA 型纯合子; (B)：GA 型杂合子; (C)：GG 型纯合子（七）已有 SNP 数据库的检索与比对利用 GeneBank 的 SNP 数据库（dbSNP）（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snpblastByChr.html），检索我们所发现的 18 个炎症相关基因的碱基变异是否已有报道及其与西方人群 SNP 发生的异同。检索方法参考美国国立生物信息中心（NCBI）的操作指南（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ Education/ BLASTinfo /information3.html）。结 果一、中国人群中已知 LPS 受体及其辅助分子 SNP 分布（一）CD14CD14 基因的测序长度为 3169bp，共发现 4 个 SNP，分布于 5`区（3 个）和编码
【参考文献】：
期刊论文
[1]肿瘤坏死因子基因组多态性在脓毒症发病中的作用[J]. 于宝军,黎介寿,张佃良,唐星明. 中华医学杂志. 2003(24)
[2]Induction of acute hepatic injury by endotoxin in mice[J]. Guo-Qi Xie;Jian-Xin Jiang;Yong-Hua Chen;Da-Wei Liu;Pei-Fang Zhu;Zheng-Guo Wang the Emergency Department, 152nd Hospital, PLA, Pingdingshan 467000, China Research Institute of Surgery., Daping Hospital, Third Military Medical University, Chongqing 40002, China. Hepatobiliary & Pancreatic Diseases International. 2002(04)
[3]杀菌/通透性增强蛋白对腹腔感染脓毒症大鼠的治疗作用[J]. 蒋建新,谢国旗,刘大维,朱佩芳,王正国,何娅妮,周继红,徐红. 中国病理生理杂志. 2000(02)
[4]Protective effect of bactericidal/permeability-increasing protein in mice with E.coli sepsis[J]. 蒋建新,朱佩芳,王正国,何娅妮,刘大维,田昆仑,刁有芳. Chinese Journal of Traumatology. 1998(01)
[5]DISTRIBUTION OF AN NcoI POLYMORPHISM IN THE LYMPHOTOXIN α GENE IN DUTCH PATIENTS WITH INFLAMATORY BOWEL DISEASES[J]. 夏冰,G Bouma,JBA Grusius,SGM Meuwissen,AS Pena. Chinese Medical Journal. 1995(10)
本文编号：3278675
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/shiyanyixue/3278675.html
最近更新
教材专著
