柯萨奇病毒A组10型构象表位的生物信息学预测

发布时间：2021-09-06 23:05

　　近年来,柯萨奇病毒A组10型（Coxsackievirus A10,CV-A10）逐渐成为手足口病（Hand,foot and mouth disease,HFMD）最重要的病原体之一。相比肠道病毒A组71型（Enterovirus 71,EV-A71）,CV-A10尚未有上市的疫苗,其构象表位也缺乏系统性研究。本研究利用实验室发展的人肠道病毒构象表位的生物信息学预测算法,对CV-A10的构象表位进行系统性预测。结果显示:45个氨基酸残基聚集成三簇构象表位:site 1、site 2和site 3。site 1位于病毒衣壳表面峡谷的北侧,site 2和site 3位于峡谷南侧,三者呈现"品"字形分布。site 2和site 3与已报道的两个表位2G8和VP2-P28高度重叠,说明预测结果具有较高准确性。鼻病毒B种14型（Rhinovirus B14,RV-B14）、脊髓灰质炎病毒1型（Poliovirus type 1,PV1）和CV-A10同属于人肠道病毒。已有研究表明,RVB14和PV1的抗原表位也呈三簇分布,且每一簇都与CV-A10的预测结果高度重叠。这既说明了预测结果的准确性,... 

【文章来源】：病毒学报. 2019,35(05)北大核心CSCD

【文章页数】：8 页

【文章目录】：
材料与方法
    1 CV-A10结构蛋白的一级结构、二级结构和三级结构的特征分析
    2 CV-A10构象表位的生物信息学预测算法
        2.1选择代表株和PDB文件
        2.2构建CV-A10结构蛋白的复合链
        2.3计算病毒衣壳相对暴露面
        2.4以复合链为基础，利用投票法预测CV-A10构象表位
    3预测准确性分析
结果
    1 CV-A10结构蛋白的一级结构、二级结构和三级结构的基本特征
    2 CV-A10构象表位的预测结果
    3构象表位的预测准确性
讨论


【参考文献】：
期刊论文
[1]基于RIVEM的人肠道病毒衣壳表面结构绘制流程[J]. 高柳莺,戎浩,祝苗,董长征.  病毒学报. 2018(05)
[2]人肠道病毒71型抗原表位的研究进展[J]. 祝苗,张添方,高柳莺,董长征.  中国细胞生物学学报. 2017(09)



本文编号：3388353