Diamond-Blackfan贫血斑马鱼模型的转录组学研究

发布时间：2017-05-05 14:13

  本文关键词：Diamond-Blackfan贫血斑马鱼模型的转录组学研究，，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：Diamond-Blackfan贫血(Diamond-Blackfan anemia, DBA)即先天性纯红细胞再生障碍性贫血,是一种罕见的遗传性骨髓衰竭综合征。它的典型特征是纯红细胞后天的合成障碍和身体器官的发育的异常。目前已有研究证实,核糖体蛋白质的缺乏能够导致再生障碍性贫血。在该病的病案中,核糖体蛋白质S19(RPS19)是发生突变频率最高的一种核糖体蛋白质基因。一些研究表明,p53依赖的基因和通路在RPS19缺乏的斑马鱼胚胎中发挥着重要的作用。然而,在再生障碍性贫血的斑马鱼模型中,是否存在除p53之外的调控再生障碍性贫血的异常表型的其他重要因子尚未清楚。因此,在本课题中,我们构建了RPS19基因敲低(RPS19morpholino), RPS19和p53基因同时敲低(RPS19+p53morpholino)和正常对照(Control morpholino)三种斑马鱼模型,并利用RNA-Seq技术对这三种斑马鱼模型的胚胎样本进行了高通量的转录组测序研究。 我们发现：在RPS19基因敲低的样本和正常对照样本比较中,与造血系统和神经系统的发育以及与骨骼和肌肉疾病等功能相关的基因的表达具有显著的差异。而同时抑制p53的表达,则可以部分的恢复由RPS19缺乏导致的斑马鱼胚胎的异常表型。此外,我们还确定了基因组范围内的由RPS19缺乏引起的依赖p53和不依赖p53的异常调控的基因和通路。以上结果显示,不仅p53家族的成员在RPS19缺乏的斑马鱼胚胎中发挥重要的调控作用,还存在其他一些重要的因子,它们独立于p53的调控网络,但同样具有重要的调控作用。明确在由RPS19缺乏导致的斑马鱼胚胎中异常调控的基因、信号通路和分子网络,对发现潜在的Diamond-Blackfan贫血的致病基因和异常的信号通路,提供了重要的理论依据,同时也为研究其它贫血性疾病的发病机制和寻找治疗靶点开拓了新的思路。
【关键词】：斑马鱼 DBA RPS19 p53 I斟A-Seq
【学位授予单位】：中国科学院北京基因组研究所
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2013
【分类号】：R556.5;R-332
【目录】：

• 致谢5-7
• 摘要7-8
• ABSTRACT8-9
• 专业词汇中英文对照表9-12
• 引言12-13
• 第一章 文献综述13-21
• 1. Diamond-Blackfan贫血的研究13-16
• 1.1 临床研究13-15
• 1.2 遗传学研究15
• 1.3 p53在DBA的病理生理过程中的作用15-16
• 2. 斑马鱼模型的应用16-18
• 3. 转录组学研究的发展18-21
• 第二章 材料与方法21-27
• 1. 实验材料21
• 2. 主要化学试剂和试剂盒21
• 3. 实验方法21-23
• 3.1 斑马鱼的培育21
• 3.2 显微注射morpholino RNA21-22
• 3.3 血红蛋白染色22
• 3.4 RNA制备22-23
• 3.5 文库构建和测序23
• 4 数据分析方法23-27
• 4.1 RNA-Seq数据在基因组上的注释23-24
• 4.2 基因表达谱分析24-25
• 4.3 聚类分析25
• 4.4 基因的功能注释及网络分析25-27
• 第三章 结果与讨论27-45
• 1. RPS 19 MO和RPS 19+p53 MO的斑马鱼表型分析27-28
• 2. RNA-Seq数据处理28-31
• 3. RPS19 MO的表达谱特征分析31-34
• 4. RPS19+p53 MO的表达谱特征分析34-37
• 5. 与造血相关的基因的表达变化分析37-38
• 6. p53依赖和p53不依赖的通路分析38-45
• 第四章 结论45-47
• 参考文献47-53
• 附录53-59
• 作者简介及在学期间发表的学术论文与研究成果59

【共引文献】

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本文编号：346496