全基因组测序与病毒捕获测序技术探讨EB病毒进化及整合规律的初步研究

发布时间：2023-05-14 20:48

　　Epstein-Barr病毒(EBV)是一种普遍存在的人类疱疹病毒。EBV的基因组全长约为171Kb,包含至少86个开放性阅读框。世界上大约90%的人口感染过EBV。EBV已经被证实是淋巴瘤、鼻咽癌等多种恶性疾病重要的致病因子。EBV可以感染进入宿主细胞后编码病毒蛋白,病毒蛋白可通过激活宿主细胞基因组原瘤基因表达、调节细胞周期蛋白,抑制细胞凋亡等不同机制作用于细胞,导致细胞恶性转化及肿瘤形成。同时,EBV也可以整合进入宿主细胞基因组,引起宿主细胞基因组不稳定性,并引起宿主细胞内与一些癌基因和抑癌基因的异常表达。尽管EBV整合进入宿主细胞基因组已有报道,但是由于缺乏客观、高效的研究技术去观察EBV在宿主细胞全基因组的整合,目前我们对EBV的整合以及整合对宿主细胞基因组的影响还了解甚少。 Raji细胞和C666-1细胞分别是EBV阳性的淋巴瘤细胞系和鼻咽癌细胞系,它们是被全世界广范使用的用来研究EBV和宿主相互作用的经典细胞系。目前已经有超过3000篇相关文献使用了这2株细胞。另外,在Raji细胞中已经有少量的整合位点通过传统的实验技术如基因组文库构建、原位免疫荧光等被发现。为了观察EBV...

【文章页数】：90 页

【学位级别】：博士

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摘要
Abstract
目录
英文缩写注解
第一章 EBV在癌细胞基因组上的整合
    1.1 前言
    1.2 实验材料和方法
        1.2.1 实验材料
        1.2.2 主要实验仪器
        1.2.3 主要试剂
        1.2.4 主要实验方法
    1.3 实验结果
        1.3.1 全基因组测序产出数据分析
        1.3.2 EBV整合位点检测
        1.3.3 EBV整合对宿主基因组的影响
第二章 RAJI细胞和C666-1细胞中EBV基因组的变异和进化
    2.1 实验方法
        2.1.1 C666-1和Raji细胞中EBV基因组的组装
        2.1.2 EBV基因组分析
        2.1.3 EBV基因组中SNV的检测
    2.2 结果
        2.2.1 C666-1和Raji细胞中EBV基因组及病毒基因进化比较分析
        2.2.2 C666-1和Raji细胞中EBV基因组及病毒基因SNV分析
第三章 鼻咽癌组织中EBV的整合和进化
    3.1 实验材料和方法
        3.1.1 主要实验材料
        3.1.2 主要仪器
        3.1.3 主要实验方法
    3.2 结果
        3.2.1 EBV序列捕获芯片测序数据分析
        3.2.2 18例鼻咽癌组织中EBV整合位点分析
        3.2.3 EBV相关鼻咽癌的EBV变异和进化分析
第四章 讨论
总结
参考文献
综述
    参考文献
攻读学位期间主要的研究成果目录
致谢



本文编号：3817738