基于大规模RNA-Seq的小鼠转录组全景和复杂可变剪接调控研究

发布时间：2017-05-20 20:13

  本文关键词：基于大规模RNA-Seq的小鼠转录组全景和复杂可变剪接调控研究，，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：作为最重要的模式生物,小鼠在生物医学研究领域扮演着重要的角色,因为其短的生命周期,强的繁殖能力和与人类在生理学、解剖学和遗传学的高度相似性,它被广泛用于遗传研究、药物毒性测试和癌症研究。尽管全世界的研究机构付出了巨大的努力改善它,小鼠转录组的注释依然不够完善。在此,我们利用来自于18个小鼠正常组织的RNA-Seq数据研究了小鼠转录组。最终,我们组装了来自32433个位于内含子区域和基因间区域的全新的转录区域的的34944个转录物,鉴别出了隐含于已知基因或未知基因中大量新的可变剪接事件。更具体地说,我们鉴别出了6760个潜在的盒式外显子,其相邻内含子区域的保守性显著高于非盒式外显子。除此之外,我们展示不同组织之间的基因表达和可变剪接的全貌。我们注意到,大脑作为体内最复杂的器官,拥有最多的组织富集的基因和最特异的可变剪接方式。同时,结果也显示某些类型的可变剪接事件在isoform水平的多样性和组织间调控中扮演着不同的角色。
【关键词】：RNA-Seq 小鼠 转录组 可变剪接
【学位授予单位】：华东师范大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2014
【分类号】：R-332
【目录】：

• 论文摘要6-7
• ABSTRACT7-10
• 第一章 绪论10-27
• 1.1 下一代测序技术(next-generation DNA sequencing,NGS)10-18
• 1.1.1 模板制备10-12
• 1.1.2 测序成像12-18
• 1.2 RNA-Seq技术18-27
• 1.2.1 RNA-Seq技术及其优势20-21
• 1.2.2 RNA-Seq的挑战21-24
• 1.2.3 对转录组学的影响24-27
• 第二章 小鼠基因注释及转录组研究现状27-35
• 2.1 小鼠基因百科项目以及国际功能注释大会27-30
• 2.2 Ensembl小鼠基因注释流程与现状30-33
• 2.2.1 定向蛋白质比对31
• 2.2.2 相似性比对31-32
• 2.2.3 cDNA比对32
• 2.2.4 UTR附加32-33
• 2.2.5 最终的GeneBuilder处理33
• 2.3 RNA-Seq技术与小鼠转录组研究33-35
• 第三章 基于大规模RNA-Seq数据的小鼠转录组全貌和复杂可变剪接调控的研究35-52
• 3.1 数据来源35
• 3.2 splice junction的预测与分析35-39
• 3.2.1 主要数据库的比较评估及splice junction的预测36-37
• 3.2.2 新的junction和已注释junction之间的比较37-39
• 3.3 转录组重构39-41
• 3.3.1 质量控制39-40
• 3.3.2 转录组的组装及同源性证据40-41
• 3.4 更丰富的外显子跨越事件及其显著的特征41-43
• 3.5 组织间表达的全景图43-46
• 3.6 差异基因表达和可变剪接分析46-52
• 第四章 结论52-54
• 附录54-58
• 参考文献58-61
• 后记61

【共引文献】

中国期刊全文数据库 前4条

1 ZHOU YuanYuan;GONG Wei;XIAO JingFa;WU JiaYan;PAN LinLin;LI XiaoNuan;WANG XuMin;WANG WeiWei;HU SongNian;YU Jun;;Transcriptomic analysis reveals key regulators of mammogenesis and the pregnancy-lactation cycle[J];Science China(Life Sciences);2014年03期

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3 Yiming He;Zhen Zhang;Xiaoqing Peng;Fangxiang Wu;Jianxin Wang;;De Novo Assembly Methods for Next Generation Sequencing Data[J];Tsinghua Science and Technology;2013年05期

4 陈勇;柳亦松;曾建国;;植物基因组测序的研究进展[J];生命科学研究;2014年01期

中国博士学位论文全文数据库 前4条

1 马得友;基于高通量测序的刺参白化发生和子代体色分离研究[D];中国科学院研究生院（海洋研究所）;2013年

2 许晨璐;落叶松基因挖掘及基因差异表达与杂种优势形成机制探讨[D];中国林业科学研究院;2013年

3 麻文俊;楸树优良无性系2-8苗期生理变化与基因表达对干旱胁迫的响应[D];中国林业科学研究院;2013年

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中国硕士学位论文全文数据库 前6条

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2 张书翠;基于高通量测序的Klebsiella pneumoniae基因组拼接的研究[D];上海师范大学;2013年

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4 杨婧;短额负蝗三种虫态的比较转录组及线粒体转录组作图研究[D];陕西师范大学;2013年

5 曾培龙;基于reads引导的基因组序列拼接[D];哈尔滨工业大学;2012年

6 韩东涛;基于概率模型的基因组从头测序算法研究[D];哈尔滨工业大学;2012年

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本文编号：382694