HIV-1和A/H1N1的适应性进化研究及HIV-1重组分析方法的评价

发布时间：2024-06-28 21:49

　　病毒的遗传进化和重组对病毒的传播、感染及致病有重要作用。本文使用进化生物学的经典方法对不同嗜性和亚型的HIV-1以及甲型H1N1(A/H1N1)流感病毒的适应性进化进行了研究,对HIV-1的重组分析方法进行了评价,并对HIV-1 CRF03_AB重组结构进行了重新分析。其主要结果如下: 1.通过对不同细胞嗜性HIV-1 B和C亚型的全基因组进行适应性进化分析,我们发现R5和X4病毒经历了不同的进化方式,且不同的HIV-1基因受到不同的选择压力,意味着复杂的自然选择压力驱动HIV-1的进化。分析HIV-1 Gp120高变区上的正选择位点发现,相对于其它高变区,更多的正选择位点发生在B亚型X4病毒的V3区,B亚型R5病毒的V2区以及C亚型X4病毒的V1和V4区域。因为这些区域通常影响和决定HIV-1的细胞嗜性,更多的正选择发生在这些特殊的超变区意味着作用于Gp120上的选择压力与Gp120的受体识别和结合功能有关。在保守区的分析中发现,无论是B和C亚型,还是R5和X4型的病毒,更多的正选择位点发生在Gp120的C3区域(33.3%-55.6%,P＜0.05),意味着先前...

【文章页数】：82 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要 ABSTRACT 第一章 绪论
1.1 HIV概述
    1.1.1 HIV的基因组结构
    1.1.2 HIV的基因型
    1.1.3 HIV的流行概况
    1.1.4 HIV的复制过程
    1.1.5 HIV的进化
1.2 HIV-1细胞嗜性的研究进展
    1.2.1 HIV-1细胞嗜性与疾病发展的关系
    1.2.2 HIV-1细胞嗜性转换的研究
1.3 HIV-1细胞嗜性在治疗中的意义
1.4 本研究的目的和意义
1.5 本研究的主要内容 第二章 不同细胞嗜性HIV-1的全基因组适应性进化分析
2.1 引言
2.2 数据和方法
    2.2.1 序列收集和排序
    2.2.2 适应性进化分析方法
    2.2.3 统计分析
2.3 结果
    2.3.1 HIV-1主要基因的正选择分析
    2.3.2 env基因上正选择位点的鉴定
    2.3.3 gag和pol基因上正选择位点的鉴定
    2.3.4 HIV-1的env基因上正选择位点的定位分析
2.4 讨论
本章小结 第三章 甲型H1N1流感病毒的适应性进化研究
3.1 引言
3.2 数据和方法
    3.2.1 序列收集
    3.2.2 系统发生分析
    3.2.3 适应性进化分析
3.3 结果
    3.3.1 甲型H1N1流感病毒的起源
    3.3.2 甲型H1N1流感病毒的进化距离分析
    3.3.3 甲型H1N1流感病毒的正选择分析
    3.3.4 甲型H1N1流感在跨种传播之前的遗传分化分析
3.4 讨论
本章小结 第四章 不同参数和不恰当的亚型参考序列对HIV-1 CRFS重组分析的影响
4.1 引言
4.2 数据和方法
    4.2.1 序列下载
    4.2.2 系统发生树构建
    4.2.3 Bootscan分析
    4.2.4 统计分析
4.3 结果与讨论
    4.3.1 重组分析中最适参数的确定
    4.3.2 最适亚型参考序列的选择
4.4 HIV-1 CRF03_AB重组结构的重新分析
本章小结 第五章 结论与展望
5.1 结论
5.2 展望 参考文献 致谢 攻读硕士期间发表的论文



本文编号：3996712