埃博拉病毒2014年毒株的基因组变异特征分析

发布时间：2017-06-05 13:04

  本文关键词：埃博拉病毒2014年毒株的基因组变异特征分析，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：目的通过对埃博拉病毒2014年毒株基因组共102株序列的分析,研究其变异特征,探讨病毒基因组变异与其流行病学特征改变之间的关系。方法选取NCBI公共数据库中埃博拉病毒全基因组序列,应用Mummer3.0软件分析病毒基因组变异特征;使用MEGA5软件进行蛋白进化分析;应用CPHmodels和PyMOL软件,根据蛋白同源性模拟蛋白的三维构型。结果埃博拉病毒2014年毒株(扎伊尔型)基因组中,共有606个位点发生变异,其中有49个变异位点是2014年毒株特有的、并导致所编码的氨基酸发生非同义突变。特别是NP蛋白第128位、GP蛋白第82位和L蛋白第1 951位氨基酸,不仅在2014年之前所有的扎伊尔型毒株中是保守不变的,而且在其余埃博拉病毒亚型之间也是高度保守的,但在2014年毒株中却发生了特异性的变异。结论埃博拉病毒2014年毒株基因组具有独特的变异特征,使得NP、GP和L蛋白发生变异,特别是GP蛋白第82位氨基酸由丙氨酸突变为缬氨酸,将影响其所在的α螺旋的稳定性,这可能是2014年毒株致死能力减弱和传播能力增强的原因之一。基因组变异是否直接导致此次疫情中病毒流行病学特征改变,还需要进一步的实验研究证实。
【作者单位】： 上海人类基因组研究中心上海市疾病与健康基因组学重点实验室;复旦大学生命科学学院;第二军医大学热带医学和公共卫生学系生物防御(微生物)教研室;
【关键词】： 埃博拉病毒 病毒基因组 变异(遗传学) 计算生物学
【基金】：“艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治”科技重大专项“十二五”课题(2013ZX10004104) 国家自然科学基金(91331107) 上海市科委基础研究课题(12ZR1421200)~~
【分类号】：R373
【正文快照】： 埃博拉病毒(Ebola virus,EBOV)是能够在人类和灵长类动物中引起高死亡率的病毒,被WHO列为对人类危害最严重的病毒之一,位居第四级致病生物[1]。EBOV属于丝状病毒科(Filoviridae)、丝状病毒属(Filovirus),其基因组为不分节段的单股负链RNA,全长约19kb,共有7个基因、9个开放阅读

【共引文献】

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