MICA基因3’非翻译区和5’启动子多态性及单倍型研究

发布时间：2017-06-06 12:12

  本文关键词：MICA基因3’非翻译区和5’启动子多态性及单倍型研究，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：摘要：在本研究中,我们采用聚合酶链式反应-测序技术(PCR-SBT)对104名无血缘关系的北方内蒙古地区汉族健康个体MHC I类链相关基因A (MHC class I chain-related gene A, MICA)的3’非翻译区(3'-untranslated region,3'UTR)和5’启动子区(5'promoter region)的DNA多态性和单倍型多样性进行了分析。 在MICA3'UTR,该人群共检测出9个单核苷酸多态性(singlenucleotide polymorphism, SNP)位点,其位点间呈现出非常强的连锁不平衡；多态性位点组合为7种等位基因,频率范围为0.0048-0.6971,其中以UTR1最为常见(0.6971),其次为UTR2(0.2356)；UTR等位基因与MICA基因编码区(2-5外显子)共组成21种扩展单倍型；系统进化树分析显示MICA基因包括2个基本谱系,UTRl、UTR2分别与其中的一个谱系连锁,其中,UTR2与MICA*002:01、*007:01、*017、*045、*059连锁；UTR2与6种microRNA包括hsa-miR-636、 hsa-miR-520f、hsa-miR-4496、hsa-miR-873、hsa-miR-105、hsa-miR-183在种子序列区域存在错配。MICA基因3'UTR Ewens-watterson纯合度检验符合中性选择。 在MICA5’启动子区,共检测到12个变异位点,包括11个单核苷酸多态性位点(SNP)和1个缺失/插入(insertion/deletion, Indel)多态性位点,各变异位点间呈现非常强的连锁不平衡。同时在此区域共发现12种MICA5’启动子等位基因,其中promoter-7最为常见(频率为0.5529)。MICA5’启动子与编码区(2-5外显子)组成26种扩展单倍型,其中9种存在显著的连锁不平衡(linkage disequilibrium, LD)。根据此人群MICA编码区和5’启动子区的系统进化分析显示,MICA基因包括两个基本谱系,每个谱系具有多个子谱系,其中MICA*008:01进一步区分为4个分支。MICA5’启动子区域Ewens-watterson纯合度检验符合中性选择。在最小的启动子中发现5个多态性位点,但均不位于转录因子结合区域内。 我们的研究首次在群体水平提供了MICA基因3’非翻译区(3'-untranslated region,3'UTR)和5’启动子区(5'promoter region)DNA序列遗传多态性信息。所获数据有助于阐明MICA基因的表达、转录和调控机制；结果亦有助于揭示MHC基因复合体进化规律。
【关键词】：MICA 3’非翻译区 5’启动子 多态性 扩展单倍型 中国人群
【学位授予单位】：中南大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2014
【分类号】：R392.2
【目录】：

• 摘要5-7
• Abstract7-11
• 符号说明11-12
• 前言12-13
• 第一部分 中国北方汉族人群MICA基因3’非翻译区结构及多态性研究13-24
• 1. 材料和方法13-15
• 1.1. 样本13
• 1.2. 材料13
• 1.3. 方法13-15
• 2. 结果15-22
• 2.1. MICA3'非翻译区(3'UTR)PCR扩增产物15
• 2.2. MICA3'非翻译区(3'UTR)多态性位点及HWE检验15-17
• 2.3. MICA3'非翻译区(3'UTR)连锁不平衡分析17
• 2.4. MICA3'非翻译区(3'UTR)等位基因多样性17-19
• 2.5. MICA扩展单倍型19-20
• 2.6. Ewens-Watterson纯合度检验20-21
• 2.7. MICA基因的进化分析21
• 2.8. MICA3'非翻译区(3'UTR)的microRNA结合位点序列多态性21-22
• 3. 讨论22-23
• 4. 小结23-24
• 第二部分 中国北方汉族人群MICA基因5’启动子结构及多态性研究24-39
• 1. 材料和方法24-26
• 1.1. 样本24
• 1.2. 材料24
• 1.3. 方法24-26
• 2. 结果26-36
• 2.1. MICA5'启动子(5'promoter)PCR扩增产物26
• 2.2. MICA5'启动子(5'promoter)多态性位点及HWE检验26-31
• 2.3. MICA5'启动子(5'promoter)连锁不平衡分析31
• 2.4. MICA5'启动子等位基因多样性31-33
• 2.5. MICA基因扩展单倍型33-34
• 2.6. Ewens-Watterson纯合度检验34-35
• 2.7. MICA基因的进化分析35-36
• 3. 讨论36-38
• 4. 小结38-39
• 结论39-40
• 参考文献40-43
• 综述 MICA基因多态性及与疾病关联的研究进展43-61
• 1. MICA基因结构特点及在人群中的分布情况44-47
• 1.1. MICA的基因结构44
• 1.2. MICA基因检测方法44-46
• 1.3. MICA基因序列变异及等位基因46-47
• 1.4. MICA在人群中的分布情况47
• 2. MICA基因表达及调控47-49
• 2.1. MICA基因产物47-48
• 2.2. MICA基因产物分布特点48
• 2.3. MICA分子表达调控48-49
• 3. MICA与疾病的关系49-52
• 3.1. MICA与感染性疾病49
• 3.2. MICA与肠病49-50
• 3.3. MICA与自身免疫病50
• 3.4. MICA与肿瘤50-51
• 3.5. MICA与移植排斥反应51-52
• 4. 小结52-53
• 参考文献53-61
• 攻读学位期间主要的研究成果61-62
• 致谢62

【共引文献】

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