以基因翻译证据辅助分析蛋白质组的策略研究

发布时间：2017-06-07 05:18

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【摘要】：人类染色体蛋白质组计划（C-HPP）旨在以染色体为研究单位，阐明不同组织的蛋白表达谱、丰度分布和翻译后修饰情况。本研究团队早前报道了利用翻译中mRNA（结合于核糖体-新生肽链复合物上的mRNA，即RNC-mRNA）丰度可计算94%以上的相应蛋白质丰度。因此，我们建议，以全长RNC-mRNA分析辅助定性和定量解析人蛋白质组。目的：论证RNC-mRNA分析作为C-HPP的另一支柱的可行性与必要性。方法：本研究对人正常支气管上皮（HBE）细胞和人结直肠癌（Caco-2）细胞的RNC-mRNA和总mRNA进行下一代测序。分析两种细胞的RNC-mRNA组成和序列覆盖特征；以Caco-2细胞为例对翻译组和蛋白质组进行比较分析；分析单核苷酸变异体的翻译效率；以及比较两种细胞中的差异翻译和细胞特异性翻译基因的染色体分布规律。结果：本研究分别从HBE细胞和Caco-2细胞中鉴定了12758和14113个翻译中基因，且大部分基因编码区的序列覆盖度大于80%。在Caco-2细胞中，本研究发现4180个单核苷酸变异体的翻译证据。以RNC-mRNA信息为基准，对4个来自不同实验室的不同质谱平台鉴定的蛋白质组数据进行整合分析，本研究获得7876个基因的翻译证据和蛋白质证据，预示着约6000个基因在Caco-2细胞中存在翻译证据而缺乏生物质谱证据。此外，本研究提供了1397个非编码基因的翻译证据，为新蛋白的探索提供依据。677个在两种细胞中差异翻译的基因在染色体上呈现不均匀分布。另外，我们发现Caco-2细胞和HBE细胞中特异性表达的基因分别为2105个和750个，，且同样呈现不均匀分布现象，尤其集中于如19号染色体等个别染色体上。结论：我们认为RNC-mRNA分析可作为C-HPP的第四支柱，与已有的质谱、生物信息学和抗体支柱结合，在HPP/C-HPP的主要目标——寻找人类编码基因的蛋白质证据和发现新蛋白——中起积极作用。
【关键词】：C-HPP 策略 测序 RNC-mRNA 染色体
【学位授予单位】：暨南大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2014
【分类号】：R392
【目录】：

• 摘要3-4
• Abstract4-6
• 目录6-7
• 1 前言7-11
• 1.1 研究意义7
• 1.2 研究现状7-11
• 2 技术路线11-12
• 3 材料与方法12-24
• 3.1 主要材料12-14
• 3.2 试剂配方14-16
• 3.3 实验方法16-24
• 4 结果24-37
• 4.1 RNC 的分离与鉴定24-25
• 4.2 全长 RNC-mRNA 分析具较高序列覆盖度25-27
• 4.3 利用全长 RNC-mRNA 分析检测序列变异27-28
• 4.4 RNC-mRNA 分析为质谱数据集的整合提供参考标准28-31
• 4.5 差异翻译基因在染色体上呈现不均匀分布31-35
• 4.6 细胞特异性翻译开放基因在染色体上呈现不均匀分布35-37
• 5 讨论37-39
• 6 结论39-40
• 7 成果与应用40-41
• 参考文献41-51
• 附录51-53
• 在学期间发表论文53-55
• 致谢55

【共引文献】

中国期刊全文数据库 前4条

1 李欣;;中等强度耐力训练对心脏Akt/mTOR信号通路表达的影响[J];北京体育大学学报;2014年08期

2 ZHANG Gong;WANG Tong;HE QingYu;;How to discover new proteins——translatome profiling[J];Science China(Life Sciences);2014年03期

3 张弓;王通;何庆瑜;;怎样发现未知蛋白质——翻译组测序[J];中国科学:生命科学;2014年02期

4 张姝;张伟;姜树原;张颜波;吴松泉;黄丽华;孟宪梅;吉训明;邵国;;过表达DNMT3B7质粒载体的构建及对293A细胞增殖的影响[J];肿瘤防治研究;2013年12期

中国博士学位论文全文数据库 前3条

1 夏健明;主动脉夹层肺损伤危险因素分析与外周血标志物筛查的实验研究[D];昆明医科大学;2013年

2 张攀;秀丽线虫胰岛素信号通路突变体的定量蛋白质组学研究[D];北京协和医学院;2014年

3 安浩然;长双歧杆菌BBMN68抗胆盐胁迫反应机制及双组分系统在胆盐胁迫应答中的作用[D];中国农业大学;2014年

中国硕士学位论文全文数据库 前4条

1 黄倩倩;广西巴马居民SIRT6、HSP70、FOXO3A基因mRNA及蛋白水平研究[D];广西医科大学;2013年

2 胡晓攀;细菌蛋白质组成的氨基酸代谢流量分析[D];华中农业大学;2013年

3 罗兰英;原发性肝癌组织间质液中肝癌相关蛋白的鉴定及初步验证[D];广西医科大学;2014年

4 吴晓蕙;有效提高非模式生物蛋白质组鉴定的新策略[D];暨南大学;2014年

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本文编号：428272