志贺菌成簇的规律间隔的短回文重复序列系统结构特征的生物信息学分析

发布时间：2017-09-24 01:13

  本文关键词：志贺菌成簇的规律间隔的短回文重复序列系统结构特征的生物信息学分析

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【摘要】：利用生物信息学方法探索志贺菌成簇的规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)系统结构的特征。本文通过BLAST、序列比对、RNA二级结构预测等方法对志贺菌CRISPR进行研究。结果显示:志贺菌的4个群中均发现有CRISPR结构,其侧翼上、下游序列可分为相同组群,在leader序列中存在具有回文性质、相对保守的motif;侧翼序列与重复序列具有相同的分组,重复序列有一定的保守性,可以形成以"茎"为主和以"环"为主两类不同的RNA二级结构;间隔序列与质粒或噬菌体有一定的同源性。本研究表明重复序列与侧翼序列间存在相关性,重复序列可能作为一种识别机制来介导外源元素与Cas蛋白间的相互作用。
【作者单位】： 郑州大学公共卫生学院流行病学教研室;河南科技大学医学院公共卫生教研室;新乡医学院;
【关键词】： 志贺菌 成簇的规律间隔的短回文重复序列 侧翼序列 重复序列 间隔序列
【基金】：国家科技重大专项基金资助项目(2013ZX10004607)
【分类号】：R378
【正文快照】： 3(新乡医学院,新乡453003)引言志贺菌属细菌,通称为痢疾杆菌,是人类细菌性痢疾(简称菌痢)的病原菌。菌痢是一个全球性的公共卫生问题,尤其是在发展中国家更为严重[1]。在我国菌痢属于常见病且多发,菌痢发病率居我国传染病发病率前三位,引起的感染性腹泻带来巨大的经济和社会负

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本文编号：908506