成骨不全环状RNA生物信息学分析

发布时间：2019-06-11 12:41

【摘要】：目的对成骨不全血清中差异表达的miR-21、miR-26a、miR-29a、miR-29b、miR-30e、miR-34c、miR-133a、miR-145、miR-210、miR-489与miR-1297等共11种miRNAs进行circRNAs及其靶基因的预测,同时分析其与circRNAs及靶基因间的相互作用。方法采用starbase软件对11种差异性表达miRNAs相关circRNAs进行预测,将得到的miRNA-circRNA进行频数分布分析并通过cytoscape软件进行网络分析寻找核心分子。采用miRWALK软件对11种差异性表达miRNAs相关靶基因进行预测,将得到的miRWALK-靶基因进行频数分布分析并通过cytoscape,DAVID软件进行网络分析寻找核心分子。结果 Starbase软件对11种不同miRNAs所预测的靶circRNAs的总数量为222个,非重叠circRNAs为141个。其中MIB1_hsa_circ_000886,MIB1_hsa_circ_002013,CPNE1_hsa_circ_000657,CYP4F3_hsa_circ_001395,KIAA1586_hsa_circ_001439与其中4种miRNA相互作用。另有14个circRNAs与3种miRNA相互作用。miRWALK软件对11种不同miRNAs所预测的靶基因中CNOT6、ELF2、NAV3等基因在不同数量级数据库中与相应不同种miRNAs作用密切。通过对11种miRNA相应circRNA以及靶基因生物学预测分析得到YES1基因与miR-133a、miR-145以及FAT1_hsa_circ_000713与LMNB2_hsa_circ_001499之间存在相互作用。PPP2CA与miR-29a、miR-29b、miR-133a以及KIAA1586_hsa_circ_001439之间存在相互作用。NTN4和SRGAP1与miR-26a、miR-145以及RFC1_hsa_circ_001649之间存在相互作用。结论本研究对成骨不全血清中差异表达的11种miRNAs及其相互作用的circRNAs、靶基因与相关信号通路进行了网络分析与预测,为进一步分析之间相互作用奠定了基础。
[Abstract]:Objective to predict circRNAs and its target genes for 11 kinds of miRNAs, such as miR-21,miR-26a,miR-29a,miR-29b,miR-30e,miR-34c,miR-133a,miR-145,miR-210,miR-489 and miR-1297, which are differentially expressed in serum of osteogenic insufficiency. At the same time, the interaction between it and circRNAs and target genes was analyzed. Methods 11 kinds of differentially expressed miRNAs related circRNAs were predicted by starbase software. The frequency distribution of miRNA-circRNA was analyzed and the core molecules were found by network analysis with cytoscape software. 11 differentially expressed miRNAs related target genes were predicted by miRWALK software. The frequency distribution of miRWALK- target genes was analyzed and the core molecules were found by cytoscape,DAVID software. Results the total number of target circRNAs predicted by Starbase software for 11 different kinds of miRNAs was 222, and the number of non-overlapping circRNAs was 141. Among them, MIB1_hsa_circ_000886,MIB1_hsa_circ_002013,CPNE1_hsa_circ_000657,CYP4F3_hsa_circ_001395,KIAA1586_hsa_circ_001439 interacts with four kinds of miRNA. Another 14 circRNAs interact with 3 kinds of miRNA. MiRWALK software has close interaction with different kinds of miRNAs in the target genes predicted by 11 different miRNAs. The interaction between YES1 gene and miR-133a,miR-145 and FAT1_hsa_circ_000713 and LMNB2_hsa_circ_001499 was obtained by biological prediction and analysis of 11 kinds of miRNA corresponding circRNA and target gene. PPP2CA and miR-29a,miR-29b, There is interaction between miR-133a and KIAA1586_hsa_circ_001439. There is interaction between NTN 4 and SRGAP1 with miR-26a,miR-145 and RFC1_hsa_circ_001649. Conclusion in this study, 11 kinds of miRNAs differentially expressed in osteogenic incomplete serum and their interacting circRNAs, target genes and related signaling pathways were analyzed and predicted, which laid a foundation for further analysis of the interaction between them.
【作者单位】： 济南大学-山东省医学科学院医学与生命科学学院;山东省医药生物技术研究中心山东省医学科学院;山东省立医院;天津市武清区人民医院;
【分类号】：R681.1

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