染色体15q21.3遗传变异与汉族人瘢痕疙瘩的相关性研究

发布时间：2020-07-21 15:27

【摘要】：背景:瘢痕疙瘩是一种常见的皮肤科疾病,是皮肤伤口愈合后由于胶原异常增生所致。胸骨区是瘢痕疙瘩的好发区域,颈部、耳垂和肩膀等区域也可见分布,其病程特点为慢性迁延。瘢痕疙瘩不但影响患者的自我评价,同时也给患者造成巨大的心理压力和思想负担,成为不可忽视的社会问题。目前医学界还没有完全阐明瘢痕疙瘩的发病机理。环境、遗传和免疫等因素共同作用诱发瘢痕疙瘩是目前的共识。相比于其他类型的皮肤病,国内对瘢痕疙瘩的发病机制研究及诊疗技术的研究明显滞后,还存在许多空白。随着高通量生物芯片技术的成功研发,采用关联分析方法来筛选瘢痕疙瘩易感基因,取得了前所未有的成就。Nakashima等2010年发现15q21.3与日本人群瘢痕疙瘩发病呈显著相关。复杂疾病的易感基因存在一定的人种差异和遗传异质性,这些区域是否与中国人群相关需要进一步在中国人群进一步验证。目的:拟在前期日本人群瘢痕疙瘩关联分析研究基础上,利用Sequenom i Plex平台对309个瘢痕疙瘩患者和1080个健康人群位于15q21.3区域SNP位点rs2271289进行基因分型,探讨染色体15q21.3区域遗传变异与中国汉族人群瘢痕疙瘩是否具有易感相关性,同时进一步探讨基因型与表型的相关性。方法:本试验中所有纳入研究对象的309个瘢痕疙瘩患者和1080个健康对照组的体检人群,均为汉族人群。通过Sequenom Mass Array技术平台对rs2271289进行基因分型。进一步根据家族史、皮损严重度和皮损类型进行临床表型分层分析,对照组和病例组间等位基因和基因型分布频率使用PLINK 1.07和SPSS 20.0软件进行分析和比较,分别得到OR值(比值比)、P值和95%CI(95%置信区间)。以α=0.05作为分析染色体15q21.3(rs2271289)的等位基因在病例组间、病例组和对照组间的关联性是否有统计意义的判断标准。结果:1.研究小组利用Sequenom i Plex平台完成了汉族人瘢痕疙瘩易感基因关联分析研究,发现15q21.3(rs2271289 located in NEDD4,OR=1.63,95%CI:1.24~2.10,P=3.27E-04)与瘢痕疙瘩存在易感相关性。2.通过分层分析发现rs2271289等位基因频率在家族史阳性和家族史阴性患者组分别与对照组比较,差异有统计学意义(P0.05);重度组和中轻度组分别与对照组比较等位基因频率,发现重度组rs2271289等位基因频率分布差异显著,有统计学意义(OR=1.77,P=1.95E-04);单发型患者组和多发型患者组分别与对照组比较,则rs2271289等位基因频率分布差异在多发组患者差异有统计学意义(OR=1.73,P=1.52E-03)。结论:本次通过病例对照关联研究,发现位于染色体15q21.3区域NEDD4基因上rs2271289 SNP位点与汉族人瘢痕疙瘩易感相关,参与瘢痕疙瘩的发病的NEDD4基因编码的蛋白可能受到这个位点碱基变异的影响。NEDD4基因多态性rs2271289影响汉族人瘢痕疙瘩严重程度相关,与家族史无关。
【学位授予单位】：皖南医学院
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：R622
【图文】：

引物,主页,瘢痕疙瘩,常温

存在种族异质性这一客观现实，对各种族人群加以验证存在很大的难度。故而，针对各种群，基于结果来对瘢痕疙瘩易感位点可靠性与真实性进行验证工作势在必行。2010 年，借助 GWAS，Nakashima et al 对 1q41、15q21.3 以及 3q22-23 同瘢痕疙瘩间的联系展开研究，并证实存在显著相关性。此次研究对象为 1080 例正常对照、309 例我国瘢痕疙瘩患者。首先，针对汉族群体，收集其 DNA 标本。然后，验证标本染色体 15q21.3 部位 rs2271289 位点是不是我国汉族群体瘢痕疙瘩的易感位点。(2) 设计与合成引物：借助设计软件 My Sequenom 来设计引物，待核对无误，由 My Sequenom 生物公司开展引物的合成操作，具体见下表 2。表 2 SNP 扩增及延伸引物序列SNP 扩增引物序列延伸引物序列rs2271289 1) ACGTTGGATGGAAATATGAAGTAAGGGTACA ctACTTCCCCTGGCTGCTC2) ACGTTGGATGCAAATCCCAGACTGCTTACC

位置,遗传平衡,优势比,等位基因频率分布

结果y-Weinberg 平衡检验1289 的基因位点在病例组与对照组的基因型分布情况结果与数据结果 P＞0.05，说明研究选取的对象拥有群体代表性，基遗传平衡。瘢痕疙瘩的临床表现相关性分析D4 基因多态性 rs2271289 等位基因频率对比情况据表明：优势比为 1.65,95%置信区间 1.24～2.10，P＜0.0 rs2271289 等位基因频率分布具有显著差异。

重组率,病例

图 4：rs2271289 重组率图2.2 NEDD4 基因多态性 rs2271289 与临床表型的相关性2.2.1 家族史将没有家族史与具有家族史的比例与对照组比例进行对比，发现 P＜0.05，rs2271289 等位基因频率分布有统计学意义，详见表 3。2.2.2 严重度将中度、重度组病例分别与对照组病例进行比较，发现重度组病例数据表现为优势比= 1.77，95%置信区间:1.31～2.40，P＜0.05，表现出显著差异，详见表 4。2.2.3 临床皮损类型将单（多）发型病例分别与对照组病例比较，结果表明多发组病例表现为优势比=1.73，95%置信区间：1.23～2.44，P＜0.05 表现出显著差异，详见表 5。

【参考文献】