LACC1、CEBPB-PTPN1、RIPK2及ADO-EGR2基因多态性与中国汉族Behcet病遗传易感性研究

发布时间：2020-05-31 03:40

【摘要】：背景:白塞氏病(Behcet's disease,BD)并发的眼病是我国最常见的葡萄膜炎类型之一。最近,一项采用免疫芯片的GWAS研究在土耳其Behcet病人群中发现了多个“新”的疾病易感基因,这些基因多态性与Behcet病的关联在中国汉族人群中尚不明确。目的:在中国汉族人群进一步探讨该项GWAS研究报道的“新”的遗传位点与Behcet病的相关性。方法:实验采用病例对照研究方法,分两个阶段进行。共纳入1238例Behcet病患者和1458例正常对照(第一阶段478例Behcet病患者和662例正常对照;第二阶段760例Behcet病患者和796例正常对照)。采用MassARRAY System和TaqMan SNP基因分型技术对22个候选位点进行基因分型。Behcet病患者和正常对照组间的等位基因及基因型频率的比较采用卡方检验,对阳性结果的位点进一步做不同人群数据的Meta分析。结果:1.在病例对照研究第一阶段发现4个SNP(LACC1/rs9316059、CEBPB-PTPN1/rs913678、RIPK2/rs10094579、ADO-EGR2/rs224127)的等位基因频率在Behcet病患者中与正常组之间的差异具有统计学意义。其中CEBPB-PTPN1/rs913678 C等位基因(Pc=1.01×10~(-2),OR=1.382)、RIPK2/rs10094579 A等位基因(Pc=3.16×10~(-2),OR=1.368)和ADO-EGR2/rs224127 A等位基因(Pc=3.36×10~(-2),OR=1.318)的频率明显高于正常人;另外,LACC1/rs9316059的T等位基因频率明显低于正常人(Pc=1.53×10~(-5),OR=0.613)。2.第二阶段验证结果进一步证明,LACC1/rs9316059 T等位基因频率在Behcet病患者中显著降低(Pc=1.34×10~(-3),OR=0.745),而CEBPB-PTPN1/rs913678 C等位基因、RIPK2/rs10094579 A等位基因和ADO-EGR2/rs224127 A等位基因频率在Behcet病患者中显著增高(分别为,Pc=4.43×10~(-2),OR=1.222;Pc=2.74×10~(-2),OR=1.252;Pc=1.88×10~(-2),OR=1.232)。3.综合两个阶段数据统计分析表明:LACC1/rs9316059、CEBPB-PTPN1/rs913678、RIPK2/rs10094579、ADO-EGR2/rs224127的等位基因频率在1238例Behcet病患者与1458例正常组之间存在统计学显著差异(分别为:rs9316059 T等位基因,Pc=4.95×10~(-8),OR=0.687;rs913678 C等位基,Pc=3.01×10~(-4),OR=1.297;rs10094579 A等位基因,Pc=6.93×10~(-4),OR=1.302;rs224127 A等位基因,Pc=3.77×10~(-4),OR=1.274)。4.对4个阳性结果的SNP与Behcet病患者的主要临床表现进行关联分析,结果没有任何相关性证据发现。5.将本实验研究数据与土耳其、伊朗和日本人的Behcet病基因相关性研究数据进行Meta分析,结果发现4个阳性SNP(rs9316059、rs913678、rs10094579、rs224127)的等位基因频率差异P值都小于5×10~(-8)(分别为2.96×10~(-16)、2.09×10~(-16)、9.21×10~(-11)、5.28×10~(-13))。结论:LACC1、CEBPB-PTPN1、RIPK2及ADO-EGR2基因单核苷酸多态性与中国汉族人Behcet病的遗传易感性显著相关。
【图文】：

质控,分型,质谱,等位基因

图 1 Sequenom MassARRAY SNP 质谱分型和质控Fig 1 Genotyping result and Quality control of Sequnom Mass ARRAYSNP2.3 第一阶段 22 个 SNP 与 Behcet 病相关性分析结果在第一阶段研究中，在 478 名 Behcet 病患者和 662 名正常对照中对 22 个 SNP进行了基因分型，并对各 SNP 位点比较 Behcet 病患者和正常对照组之间的基因型和等位基因频率。结果显示： CEBPB-PTPN1/rs913678 的 C 等位基因、RIPK2/rs10094579 的 A 等位基因和 ADO-EGR2/rs224127 的 A 等位基因在 Behcet病患者组明显高于正常对照组（分别为 Pc=1.01×10-2，，OR=1.382；Pc=3.16×10-2，OR=1.368；Pc=3.36×10-2，OR=1.318）；此外，Behcet 病患者组 LACC1/rs9316059的 T 等位基因频率明显低于正常对照组（Pc=1.53×10-5; OR=0.613）（见表 7）；然

森林图,汉族,种群

37图 2 四个与 BD 相关的 SNP 在中国汉族和其他种群对比的森林图Figure 2. Forest plots for 4 SNPs associated with BD in the Chinese Han population comparedwith other populations.OR, odds ratio; 95 % CI, 95 % confidence interval; TUR, Turkish; JPN, Japanese; CHIN, HanChinese; For the 4 SNPs, the meta-analysis refer to the C, T,A, and Aalleles, respectively. Thebroken vertical line shows the no effect point (odds ratio 1).
【学位授予单位】：重庆医科大学
【学位级别】：博士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：R773.9

【参考文献】