靶向木瓜样蛋白酶的抗SARS-CoV-2药物虚拟筛选

发布时间：2022-10-31 19:46

　　利用与急性呼吸综合征冠状病毒2型（SARS-CoV-2）具有高度同源性的人冠状病毒类木瓜蛋白酶（human coronavirus papain-like protease）晶体,对木瓜样蛋白酶（PLpro）进行同源模建,再通过该模建的蛋白对已上市或已进入临床试验的药物运用分子对接的方法进行虚拟筛选和动力学模拟研究,以找到对SARS-CoV-2引起的新冠肺炎疾病（COVID-19）可能具有治疗作用的药物。经过筛选,共确定了11种与SARS-CoV-2 PLpro结合较好的候选药物。分子动力学模拟和结合自由能分析结果表明:疏水性相互作用在候选药物与PLpro的结合过程中具有重要作用,并且发现替诺福韦艾拉酚胺（Tenofovir alafenamide）具有对COVID-19治疗的潜力。虚拟筛选是一种快速且经济的药物筛选的方法,用此方法筛选得到的替诺福韦艾拉酚胺可能可以作为候选药物对COVID-19进行治疗。 

【文章页数】：10 页

【文章目录】：
1 SARS-CoV的靶标及PLpro在病毒中的作用
2 方法
    2.1 PLpro蛋白同源模建
    2.2 虚拟筛选和分子对接
    2.3 分子动力学模拟
    2.4 结合自由计算(MM/GBSA)计算
3 结果与结论
    3.1 同源模建结果分析
    3.2 基于分子对接的虚拟筛选
        3.2.1 对接方法可靠性的验证结果
        3.2.2 分子对接结果分析与讨论
    3.3 分子动力学模拟和结合自由能分析
    3.4 替诺福韦艾拉酚胺与PLpro的结合模式分析
4 结论


【参考文献】：
期刊论文
[1]Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike protein for risk of human transmission[J]. Xintian Xu,Ping Chen,Jingfang Wang,Jiannan Feng,Hui Zhou,Xuan Li,Wu Zhong,Pei Hao.  Science China（Life Sciences）. 2020(03)
[2]SARS冠状病毒PLpro蛋白酶对泛素样分子的DUB活性[J]. 陈晓娟,杨宇东,孙莉,胡日查,邢雅玲,陈忠斌.  中国生物化学与分子生物学报. 2011(07)
[3]SARS冠状病毒PLpro蛋白酶的结构与功能[J]. 杨宇东,孙莉,陈忠斌.  中国生物化学与分子生物学报. 2010(01)

硕士论文
[1]SARS冠状病毒RNA依赖的RNA聚合酶原核和真核表达及纯化[D]. 张蕾.中国协和医科大学 2009



本文编号：3699608