谷子SBP蛋白基因家族的鉴定及表达分析

发布时间：2023-05-31 19:02

　　为了深入分析SBP基因家族在谷子中的功能作用,本研究在谷子全基因组水平,通过NCBI blast及HMMER search等生物信息学方法进行了谷子SBP基因家族鉴定,分析了SBP蛋白理化性质及系统发育,利用RT-qPCR分析了谷子SBP基因在PEG和ABA胁迫下的表达情况。结果表明,谷子SBP基因家族有19个成员,位于9条染色体上,编码的氨基酸序列长度为199～1 118 aa。谷子SBP蛋白系统发育树结果显示,该蛋白家族可分为两大类:第一类分为六个亚类,第二类仅有一个SBP蛋白。谷子SBP蛋白家族成员的外显子数从2～11个不等,且均为亲水性蛋白。亚细胞定位预测结果显示,除SBP7外,所有的SBP蛋白在细胞核中均有信号。谷子SBP蛋白与拟南芥SBP蛋白在进化关系上较远,而与高粱、水稻SBP蛋白进化关系较近。谷子SBP基因家族启动子区域的顺式作用元件主要为植物激素、干旱、光照及病原菌、创伤类的响应元件。RT-qPCR分析结果显示,PEG和ABA胁迫诱导下,SBP基因在叶和茎中的表达均上调,表达量增幅表现为:叶>茎。PEG胁迫后SBP基因的表达增长量显著高于外源ABA诱导;其中,S...

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 试验材料
    1.2 谷子SBP基因家族的鉴定
    1.3 谷子SBP蛋白系统进化树及SiSBPs基因结构分析
    1.4 不同作物间SBP蛋白的系统发育分析
    1.5 基因定位
    1.6 启动子分析
    1.7 胁迫处理试验
    1.8 谷子幼苗根茎叶总RNA 提取及反转录
    1.9 PEG 6000胁迫和外源ABA诱导后SiSBPs基因的RT-qPCR分析
2 结果与分析
    2.1 SiSBPs基因家族成员鉴定结果
    2.2 谷子SBP蛋白的系统进化、基因结构及蛋白结构域的分析
    2.3 不同作物SBP蛋白的系统进化分析
    2.4 谷子SBP基因家族的染色体定位分析
    2.5 谷子SBP基因家族的启动子分析
    2.6 谷子SBP基因家族的表达分析
        2.6.1 PEG 6000胁迫对SiSBPs基因相对表达量的影响
        2.6.2 外源ABA胁迫对SiSBPs基因相对表达量的影响
3 讨论
4 结论



本文编号：3825840