基于转录组的褐沙蒿EST-SSR开发及遗传多样性研究

发布时间：2020-05-16 04:26

【摘要】：褐沙蒿(Artemisia intramongolica H.C.Fu)分布于浑善达克沙地,为中国特有种。本文对褐沙蒿进行转录组测序,开发出SSR引物,分析SSR的分布特征,并利用筛选得到的SSR引物对褐沙蒿进行遗传多样性和遗传结构的研究,主要结果如下:1.基于全部84183个Unigene搜索SSR,其中有9784个序列共包含1148个SSR,总长55,956,737bp。SSR的分布频率为13.64%,发生频率为11.62%,分布密度为4.87 kb。数量最多的SSR重复类型依次为单核苷酸、三核苷酸、二核苷酸,SSR密度分布同样为单核苷酸三核苷酸二核苷酸。单核苷酸、三核苷酸、二核苷酸重复次数最多的分别为8~10、5、6次,重复基元序列最多的分别是A/T、AC/GT、ATC/ATG。重复长度类型中10~19bp的SSR位点最多。2.利用15对引物对褐沙蒿94个个体毛细管电泳后,共识别到81个等位基因,平均每个位点识别5.4个等位基因。共识别266个基因型,132个特异基因型,平均每个位点特异基因型比率为49.63%。3.褐沙蒿物种水平的预期杂合度He是0.63,Shannon多样性指数I是1.82,PIC值为0.58,大于0.5,反映出褐沙蒿有高的多态信息含量。各种群预期杂合度在0.60~0.65之间,种群水平的I值为1.67~1.89,多态信息含量PIC的变幅为0.54~0.60,总体表现出有高的多样性水平,且各种群间差别不大,三个指标均以内蒙古正蓝旗桑根达来(SGDL)和中国科学院内蒙古锡林浩特草原生态系统定位研究站(DWZ)的种群多样性最高。4.褐沙蒿种群内的遗传分化Hpop/Hsp为86.02%,种群间的遗传分化(Hsp-Hpop)/Hsp为13.98%,说明86.02%的遗传变异存在于种群内,13.98%的遗传变异存在于种群间。各种群间的遗传距离在0.0368~0.0913之间,遗传距离较小。其中桑根达来(SGDL)与苏尼特右旗(XSQ)的遗传距离最近,为0.0368。利用MEGA6依据Nei’s遗传距离绘制了UPGMA类型的聚类图,显示桑根达来(SGDL)与苏尼特右旗(XSQ)聚为一支,再与锡林浩特市南贝力克牧场(BLKMC)聚到一起,定位站(DWZ)种群与克什克腾旗三义(SY)种群聚为一支。利用Mantel检验,遗传距离与地理距离无显著的相关性。5.利用Structure2.3.4软件基于贝叶斯算法分析褐沙蒿的群体结构,并利用Structure Harvester软件计得到DeltaK随K变化的变化图,显示当K为3时,DeltaK值最大,即褐沙蒿5个种群来自3个基因库。遗传结构分析显示,定位站和三义种群属于一个基因库,西苏旗属于第二个基因库,桑根达来和贝力克牧场属于第三个基因库。
【图文】：

分布图,分布图,碱基,转录组

Tab. 2-1 Results of transcriptome sequencing dataReads 数量碱基数量 GC 含量 % ≥ Q37,198,257 11,127,458,248 42.64% 92.05%%≥Q30 为质量值≥30 的碱基占总碱基的百分比2 转录组测序数据的组装结果利用 Trinity 的 de novo 组装，组装结果见表 2-2。组装得到的 Unigene 101bp ，组装完整性较高。Clean Reads 组装共得到 Unigene 84183 个，956,737bp，平均长度为 664.70bp。其中 200~300bp 的 Unigene 含量最高占总数的 39.33%。其次为 300~500bp 的 Unigene，有 19998 个，占总数的1000bp、1000~2000bp 和 2000bp 以上的 Unigene 数量依次减少，2000ene 仅有 4996 个，占总数的 5.93%。

长度分布图,长度,内蒙古师范大学,硕士学位论文

内蒙古师范大学硕士学位论文的 Unigene 数量最少。随着长度区间的增大，Unigene 数量整体呈下降趋势。表 2-2 Unigene 组装结果统计表Tab. 2-2 Statistical table of assembly results长度范（bp）200~300 300~500 500~1000 1000~2000 >2000 总数量总长度 N50长度平均长度nigene 33111（39.33%）19998（23.76%）15051（17.88%）11027（13.10%）4996（5.93%）84183 55956737 1101 664
【学位授予单位】：内蒙古师范大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2019
【分类号】：Q943

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