半滑舌鳎肿瘤坏死因子受体相关因子家族和蛋白激酶C-alpha基因的鉴定及其在免疫应答中的作用研究

发布时间：2020-12-16 20:08

　　肿瘤坏死因子（TNF）受体相关因子（TRAFs）在TNF受体超家族和白细胞介素-1受体/Toll样受体（IL-1R/TLR）超家族的信号传导过程中发挥着至关重要的作用。TRAFs单独或协同在多种生物过程和机体免疫中发挥重要作用。然而,硬骨鱼中TRAF基因家族的系统鉴定尚未见报道,关于它们在半滑舌鳎（Cynoglossus semilaevis）先天免疫中的作用很少被研究。本研究中,通过生物信息学鉴定分析了半滑舌鳎中TRAF基因家族七个成员Cs TRAF2a、Cs TRAF2b、Cs TRAF3、Cs TRAF4a、Cs TRAF5、Cs TRAF6和Cs TRAF7,并克隆了Cs TRAF2a、Cs TRAF2b、Cs TRAF3、Cs TRAF4a、Cs TRAF5和Cs TRAF7完整的ORF序列,七个TRAF基因（Cs TRAF2a-Cs TRAF7）的ORF区全长依次分别为1791、1629、1779、1413、1668、1731、1965 bp。序列分析显示Cs TRAFs具有多样性的基因结构,并且与哺乳动物TRAFs相比包含典型的保守结构域。系统发育分析表明了硬骨鱼中TRA... 

【文章来源】：上海海洋大学上海市

【文章页数】：81 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

-2半滑舌鳎TRAF蛋白的保守结构域水平灰色条代表预测的没有功能域的氨基酸序列，而彩色框代表预测的可信度高的结构域的区域

3-2 9 个不同物种的 TRAF 的无根系统发育树：半滑舌鳎（CsTRAFs），牙鲆（PoTRAFs）罗罗非鱼（OnTRAFs），剑尾鱼（XmTRAFs），青鳉（OlTRAFs），红鳍东方鲀（TrTRAFs）鱼（GaTRAFs），斑点雀鳝（LoTRAFs），斑马鱼（DrTRAFs）。 使用 NJ（邻接）方法建系统发育树。7 个家族成员以不同的颜色区分。氨基酸序列的登录号附于表 2-2-1 中Fig. 3-2 Unrooted phylogenetic tree of TRAFs from nine different species: Chinese tongue sol(CsTRAFs), Japanese flounder (PoTRAFs), Nile tilapia (OnTRAFs), Platyfish (XmTRAFs),Medaka (OlTRAFs), Fugu (TrTRAFs), Stickleback (GaTRAFs)，Spotted gar ( LoTRAFs),Zebrafish (DrTRAFs). The phylogenetic tree was constructed using the NJ (Neighbor-joiningethod with 1000 bootstrap replications. The 7 subfamilies were distinguished in different coloThe accession number of the amino acid sequences were attached in Table 2-2-1.3 基因结构和 Motif 组成为了更好地了解半滑舌鳎 TRAF 基因家族的结构多样性，半滑舌鳎和其他物种（根据图 3-2）外显子-内含子的结构和相位通过基因组 DNA 与 TRADNA 序列的比对来确定。如图 2-3-1 所示，CsTRAF 基因具有 7 至 22 个外显CsTRAF4a 具有 7 个外显子、CsTRAF6 具有 8 个外显子、CsTRAF2a 和 2b 具1 个外显子、CsTRAF3 具有 14 个外显子和 CsTRAF7 具有 22 个外显子）。同

中没有内含子相位 0。此外，与其他四个物种相比，CsTRAF3 和 CsTRAF4a 的内含子相位显示出显著差异。通过 MEME Suite web server 鉴定 TRAF 蛋白的保守 motif，共发现 12 个不同的保守 motif。这些保守 motif 的氨基酸长度介于 15 到 100 个之间。表 3-3 中概述了 12 个推定 motif 的详细信息。发现所有使用的硬骨鱼 TRAF 蛋白中存在motif 1、motif 3、motif 5 和 motif 8。基于 Pfam 和 SMART 的分析，motif 1 和motif 3 是高度保守的 MATH 结构域的两个片段，motif 8 是高度保守的 RING 结构域的片段。此外，TRAF4a 和 TRAF6 之间具有高度相似的 motif 组成和分布，暗示这两种蛋白之间可能具有相似的功能。有趣的是，除了 TRAF7 之外我们使用的所有 TRAF 蛋白，仅在 CsTRAF5 中检测到 motif 2，CsTRAF6 的 motif 分布中 motif 7 的位置位于 motif 2 的前面，并且 motif 2 和 motif 7 也是 MATH 结构域的两个片段。另外，TRAF7 内的 Motif 10 和 motif 11 被发现编码 WD40 结构域，由于WD40重复在TRAF7 C-末端取代了经典的TRAF-C结构域，相对于他TRAF成员是独特的。

【参考文献】：
期刊论文
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博士论文
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硕士论文
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[3]半滑舌鳎抗病相关SNP标记的筛选及两种免疫相关基因的克隆与初步分析[D]. 邢贺飞.上海海洋大学 2015
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本文编号：2920709