木麻黄耐盐相关基因挖掘及功能验证
发布时间：2020-12-19 16:46
木麻黄（Casuarina equisetifolia Forst.）是一种原产于热带、亚热带的典型沿海防护林树种,其基因组较小,种子数量较多,很适合作为耐盐研究的模式树种。然而,其耐盐机制尚不清楚。本研究对木麻黄进行了0,100 mM,200 mM盐胁迫处理和转录组测序。通过GO分类、KEGG代谢通路及差异基因表达分析确定了CeCIGR1作为耐盐候选基因并进行了荧光定量PCR验证。利用根癌农杆菌介导的转基因技术侵染杨树茎段外植体,对鉴定为阳性的转基因杨树进行盐胁迫下的生理指标测定。得到的主要结果如下:一、转录组测序共得到57850条Unigene,最短的Unigene长度为201 nt,最长13035 nt。在eggNOG数据库中共有55.48%的Unigene被注释,是六大数据库（Nr、eggNOG、GO、KEGG、Pfam、Swiss-Prot）中注释程度最高的;GO功能分类占比最高的是细胞组件,占了所有Unigene的33%,KEGG代谢通路注释有32.8%是新陈代谢通路,占比最高;根据Nr数据库中蛋白序列相似度对比,发现有46.63%的蛋白序列与胡桃同源,是与木麻黄亲缘关系的...
【文章来源】：浙江农林大学浙江省
【文章页数】：72 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
cDNA文库构建Figure2.1constructionofcDNAlibrary
木麻黄转录组特征与耐盐基因挖掘//www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/)验证序列质量，所有的下析都是基于高质量的有效数据。2 序列组装用从头组装软件对所有样本过滤后得到的有效读长（Clean Reads）进行从再将所有组装成的长片段（Contig）组装成两端不能再延长的序列，最后进化得到 Unigene。 接下来对得到的 Unigene 进行组装质量的评判，包括ne 的长度、GC 含量和 N50 等。N50 可以作为基因组、转录组拼接结果好坏判断标准，指的是将所有组装出来的结果按照长度从高到低进行排列后，长度一半时的长度。3 Unigene 功能注释及分类装完的 Unigene 并没有对应的功能注释，所以我们将 Unigene 对照 NCBI、GO、KEGG、Pfam、Swiss-Prot 和 eGGNOG 六个权威数据库进行注释。
Unigene长度分布图
【参考文献】：
期刊论文
[1]盐胁迫对黑果枸杞光合生理指标的影响[J]. 李远航,贺康宁,张潭,张震中,尹宝丝,林莎,王莉. 中国水土保持科学. 2019(01)
[2]外源脯氨酸对盐胁迫下萝卜幼苗生长、抗氧化酶活性及渗透调节物质积累的影响[J]. 王玮,吴传万,王欣,赵建锋,汪国莲,孙玉东. 江西农业学报. 2019(03)
[3]盐胁迫对金叶榆幼苗叶绿素荧光参数的影响[J]. 杜美娥,王红霞,张伟,任昱,马丽杰. 北方园艺. 2019(05)
[4]文冠果果实转录组测序及分析[J]. 赵阳阳,郭雨潇,张凌云. 生物技术通报. 2019(06)
[5]盐和干旱胁迫对芥菜型油菜种子萌发及幼苗生长的影响[J]. 热孜亚·麦麦提,顾元国,李强,王娟,侯献飞,贾东海,买买提·伊明. 新疆农业科学. 2018(10)
[6]EM菌对NaCl胁迫下核桃幼苗生长、光合特性及抗氧化系统的影响[J]. 艾尔买克·才卡斯木,钟海霞,张雯,张付春. 新疆农业科学. 2018(10)
[7]盐碱胁迫对红花种子萌发的影响[J]. 崔丹丹,李林林,王继龙,苏小惠,谭勇,崔国贤. 中药材. 2019(01)
[8]基于Illumina HiSeq 2500测序技术对高温胁迫下苦瓜叶片转录组特性分析[J]. 杜文丽,陈中钐,许端祥,高山,温庆放. 分子植物育种. 2019(02)
[9]蒙古扁桃菌根苗对干旱胁迫的分子响应机制[J]. 赵敏,宁心哲,谢旭强,闫三强,王琚钢,白淑兰. 西北农林科技大学学报(自然科学版). 2019(08)
[10]脱落酸对低温胁迫下玉米幼苗生长和光合特性的影响[J]. 田礼欣,杨晔,左师宇,刘旋,魏湜,孙磊,李晶. 作物杂志. 2018(06)
博士论文
[1]达尔文氏棉旱胁迫转录组测序、EST-SSR开发及高密度遗传图谱构建[D]. 陈浩东.中国农业科学院 2013
[2]长雄野生稻地下茎及耐冷性状功能基因组学及比较转录组学分析[D]. 张婷.武汉大学 2013
[3]快速叶绿素荧光诱导动力学在植物逆境生理研究中的应用[D]. 李鹏民.山东农业大学 2007
硕士论文
[1]盐胁迫甘草愈伤组织转录组测序分析[D]. 潘笑.河北大学 2018
[2]高盐胁迫下翅碱蓬的全转录组研究[D]. 曹晟阳.大连海洋大学 2018
[3]毛棉幼苗盐胁迫初期转录组分析[D]. 张璞凡.河南大学 2017
[4]低温胁迫对细枝木麻黄无性系生理指标和转录组的影响[D]. 刘芬.中南林业科技大学 2015
[5]小佛肚竹BvCIGR基因的生物学功能分析及在水稻种质创新的应用[D]. 林源.浙江农林大学 2014
[6]基于高通量测序的木麻黄转录组分析[D]. 刘海.福建农林大学 2014
[7]棉花幼苗盐胁迫条件下Solexa转录组测序结果的分析及验证[D]. 王刚.山东农业大学 2011
本文编号：2926242
【文章来源】：浙江农林大学浙江省
【文章页数】：72 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
cDNA文库构建Figure2.1constructionofcDNAlibrary
木麻黄转录组特征与耐盐基因挖掘//www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/)验证序列质量，所有的下析都是基于高质量的有效数据。2 序列组装用从头组装软件对所有样本过滤后得到的有效读长（Clean Reads）进行从再将所有组装成的长片段（Contig）组装成两端不能再延长的序列，最后进化得到 Unigene。 接下来对得到的 Unigene 进行组装质量的评判，包括ne 的长度、GC 含量和 N50 等。N50 可以作为基因组、转录组拼接结果好坏判断标准，指的是将所有组装出来的结果按照长度从高到低进行排列后，长度一半时的长度。3 Unigene 功能注释及分类装完的 Unigene 并没有对应的功能注释，所以我们将 Unigene 对照 NCBI、GO、KEGG、Pfam、Swiss-Prot 和 eGGNOG 六个权威数据库进行注释。
Unigene长度分布图
【参考文献】：
期刊论文
[1]盐胁迫对黑果枸杞光合生理指标的影响[J]. 李远航,贺康宁,张潭,张震中,尹宝丝,林莎,王莉. 中国水土保持科学. 2019(01)
[2]外源脯氨酸对盐胁迫下萝卜幼苗生长、抗氧化酶活性及渗透调节物质积累的影响[J]. 王玮,吴传万,王欣,赵建锋,汪国莲,孙玉东. 江西农业学报. 2019(03)
[3]盐胁迫对金叶榆幼苗叶绿素荧光参数的影响[J]. 杜美娥,王红霞,张伟,任昱,马丽杰. 北方园艺. 2019(05)
[4]文冠果果实转录组测序及分析[J]. 赵阳阳,郭雨潇,张凌云. 生物技术通报. 2019(06)
[5]盐和干旱胁迫对芥菜型油菜种子萌发及幼苗生长的影响[J]. 热孜亚·麦麦提,顾元国,李强,王娟,侯献飞,贾东海,买买提·伊明. 新疆农业科学. 2018(10)
[6]EM菌对NaCl胁迫下核桃幼苗生长、光合特性及抗氧化系统的影响[J]. 艾尔买克·才卡斯木,钟海霞,张雯,张付春. 新疆农业科学. 2018(10)
[7]盐碱胁迫对红花种子萌发的影响[J]. 崔丹丹,李林林,王继龙,苏小惠,谭勇,崔国贤. 中药材. 2019(01)
[8]基于Illumina HiSeq 2500测序技术对高温胁迫下苦瓜叶片转录组特性分析[J]. 杜文丽,陈中钐,许端祥,高山,温庆放. 分子植物育种. 2019(02)
[9]蒙古扁桃菌根苗对干旱胁迫的分子响应机制[J]. 赵敏,宁心哲,谢旭强,闫三强,王琚钢,白淑兰. 西北农林科技大学学报(自然科学版). 2019(08)
[10]脱落酸对低温胁迫下玉米幼苗生长和光合特性的影响[J]. 田礼欣,杨晔,左师宇,刘旋,魏湜,孙磊,李晶. 作物杂志. 2018(06)
博士论文
[1]达尔文氏棉旱胁迫转录组测序、EST-SSR开发及高密度遗传图谱构建[D]. 陈浩东.中国农业科学院 2013
[2]长雄野生稻地下茎及耐冷性状功能基因组学及比较转录组学分析[D]. 张婷.武汉大学 2013
[3]快速叶绿素荧光诱导动力学在植物逆境生理研究中的应用[D]. 李鹏民.山东农业大学 2007
硕士论文
[1]盐胁迫甘草愈伤组织转录组测序分析[D]. 潘笑.河北大学 2018
[2]高盐胁迫下翅碱蓬的全转录组研究[D]. 曹晟阳.大连海洋大学 2018
[3]毛棉幼苗盐胁迫初期转录组分析[D]. 张璞凡.河南大学 2017
[4]低温胁迫对细枝木麻黄无性系生理指标和转录组的影响[D]. 刘芬.中南林业科技大学 2015
[5]小佛肚竹BvCIGR基因的生物学功能分析及在水稻种质创新的应用[D]. 林源.浙江农林大学 2014
[6]基于高通量测序的木麻黄转录组分析[D]. 刘海.福建农林大学 2014
[7]棉花幼苗盐胁迫条件下Solexa转录组测序结果的分析及验证[D]. 王刚.山东农业大学 2011
本文编号：2926242
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