米象磷化氢抗性相关基因的表达分析

发布时间：2020-12-19 20:09

　　米象是一种重要的贮藏害虫,对世界粮食产量产生威胁,由于熏蒸剂磷化铝的使用,米象产生了一定的PH₃抗性。本文通过转录组技术,分析了米象几种代谢解毒相关基因谷胱甘肽硫转移酶,细胞色素P450和酯酶的表达;获得了米象基因遗传信息。目前,随着生物技术的进步,尤其是基因组学的广泛应用,可以在转录组水平研究米象基因的表达情况,进而从本质上全面揭示米象的磷化氢抗性。采用Illumina测序技术,米象敏感品系转录组测序共获得reads是22,128,957和6,562,957,738个核苷酸,PH₃熏蒸品系转录组测序共获得reads是27,306,829和8,093,178,954个核苷酸。将转录组数据通过组装,将这些transcripts拼接成为42,173个unigenes。将得到Unigene提交蛋白质数据库（Nr）进行比对,共有16,610个返回有效结果。同时还将Unigene提交至其它数据库进行注释,共有17,335个Unigene得到成功注释。44.45%的Unigene与中欧山松大小蠹的相关基因同源性最高。26.96%的Unigene与赤拟谷盗... 

【文章来源】：合肥工业大学安徽省 211工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：102 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
致谢
摘要
abstract
1 前言
    1.1 米象抗药性研究现状
    1.2 昆虫代谢解毒酶的研究现状
        1.2.1 谷胱甘肽硫转移酶的研究进展
        1.2.2 细胞色素P450 家族的研究现状
        1.2.3 酯酶的研究进展
    1.3 昆虫转录组学的研究进展
        1.3.1 转录组测序发现功能基因
        1.3.2 转录组测序研究基因差异表达
        1.3.3 Gene ontology（基因本体论）
        1.3.4 COG分析
        1.3.5 KEGG数据库
        1.3.6 蛋白质家族数据库
    1.4 研究目的
2 材料和方法
    2.1 材料与设备
        2.1.1 供试昆虫
        2.1.2 主要试剂
        2.1.3 主要仪器设备
3 气体的制备">        2.1.4 PH₃ 气体的制备
        2.1.5 抗性测定
        2.1.6 受试米象逆境处理
        2.1.7 数据处理
    2.2 米象转录组分析
        2.2.1 转录组测序
        2.2.2 筛选代谢解毒基因
    2.3 cDNA全长扩增（RACE）
        2.3.1 引物设计
        2.3.2 米象RACE的cDNA合成模板
        2.3.3 米象代谢解毒基因5’RACE和3’RACE扩增
        2.3.4 cDNA全长序列的拼接及ORF扩增
        2.3.5 获得米象代谢解毒基因全长序列分析
        2.3.6 构建米象代谢解毒基因系统进化树
    2.4 定量PCR
        2.4.1 前处理
        2.4.2 RNA的提取
        2.4.3 用DNase Ⅰ处理RNA去除基因组DNA
        2.4.4 RNA浓度测定
        2.4.5 cDNA的第一条链合成
        2.4.6 引物设计并鉴定引物质量
        2.4.7 荧光定量PCR反应
3 结果与分析
3 熏蒸品系的转录组分析">    3.1 米象敏感品系和PH₃ 熏蒸品系的转录组分析
3 熏蒸品系的转录组测序产量统计">        3.1.1 米象敏感品系和PH₃ 熏蒸品系的转录组测序产量统计
        3.1.2 数据组装质量
        3.1.3 Unigene在各数据库中的比对结果
        3.1.4 Unigene分布概况
        3.1.5 Unigene的 GO以及COG分类
        3.1.6 米象解毒代谢基因的筛选鉴定
    3.2 米象差异表达基因分析
        3.2.1 差异表达基因功能注释和富集分析
        3.2.2 差异表达基因的GO以及COG分类
        3.2.3 差异表达基因KEGG注释
    3.3 米象解毒代谢基因表达模式分析
        3.3.1 米象GSTs基因表达模式
        3.3.2 米象EST基因表达模式
        3.3.3 米象P450 基因表达模式
    3.4 结论
4 展望
参考文献
附录
攻读硕士学位期间的学术活动及成果情况


【参考文献】：
期刊论文
[1]磷化氢熏蒸对米象抗性相关基因表达的影响[J]. 刘畅,胡飞,鲁玉杰,魏兆军.  安徽农业科学. 2013(15)
[2]KEGG数据库的进展及其在生物信息学中的应用[J]. 李向真,刘子朋,李娟,方慧生.  药物生物技术. 2012(06)
[3]高通量转录组测序的数据分析与基因发掘[J]. 周华,张新,刘腾云,余发新.  江西科学. 2012(05)
[4]谷胱甘肽硫转移酶的研究进展[J]. 冯雪,王彬,孙艳香.  生物学教学. 2012(06)
[5]基因本体论研究进展及在生物信息数据库中的应用[J]. 栾德琴,白云峰,包文斌,陈国宏.  江苏农业科学. 2009(04)
[6]极端路径分析及在色氨酸合成代谢网络中的应用[J]. 王栋,刘丽,赵志军,须文波.  计算机与应用化学. 2009(04)
[7]昆虫细胞色素P450基因的多样性、进化及表达调控[J]. 郭亭亭,姜辉,高希武.  昆虫学报. 2009(03)
[8]家蚕谷胱甘肽转移酶基因的克隆、序列分析及其表达模式[J]. 左伟东,余泉友,李斌,刘志,代方银,鲁成.  农业生物技术学报. 2007(04)
[9]昆虫细胞色素P450的研究进展及其介导的抗药性[J]. 潘贻武,刘宁,刘小宁.  新疆农业科学. 2007(04)
[10]甲酸乙酯对米象乙酰胆碱酯酶和羧酸酯酶的影响[J]. 唐培安,邓永学,王进军.  植物保护. 2007(01)

硕士论文
[1]短额负蝗三种虫态的比较转录组及线粒体转录组作图研究[D]. 杨婧.陕西师范大学 2013
[2]柑橘全爪螨不同品系转录组及基因表达谱差异分析[D]. 刘斌.西南大学 2012
[3]绿盲蝽刺吸胁迫诱导棉花SSH文库的构建与分析[D]. 李静.中国农业科学院 2011



本文编号：2926502