拟南芥外显子连接序列上最佳匹配片段的偏好

发布时间：2021-04-23 11:08

　　内含子序列通过与相应mRNA序列的匹配参与基因表达调控。采用Smith-Waterman局部比对方法,以拟南芥全基因组基因序列为基础,获得了内含子序列与其对应的外显子连接序列的最佳匹配片段。为了揭示两者之间的序列匹配特征,给出匹配频率在外显子序列上的分布。研究发现,匹配频率分布在外显子的边界存在显著差异,长内含子序列和第一个内含子序列对外显子连接序列的分布偏好明显区别于其他内含子序列。对于长片段、低GC含量以及高配对率的最佳匹配片段在外显子连接序列上游EJC（exon-exon junction complex）结合区域分布有明显的最小值。结果显示内含子序列和编码序列存在共同进化关系。 

【文章来源】：内蒙古大学学报(自然科学版). 2020,51(02)北大核心

【文章页数】：6 页

【文章目录】：
1 数据与方法
2 结果与分析
    2.1 内含子位置和长度对EJC的影响
    2.2 最佳匹配区域的GC含量对F值的影响
    2.3 最佳匹配片段的长度对F值的影响
    2.4 最佳匹配区域配对率对F值的影响
3 讨论


【参考文献】：
期刊论文
[1]果蝇成熟mRNA序列与其相应内含子序列的匹配特征分析[J]. 薄素玲,李宏,张强,杨振华,包通嘎拉,应智强,赵小庆.  内蒙古大学学报(自然科学版). 2018(06)
[2]基因外显子连接序列与相应内含子序列的相互作用[J]. 张强,李宏,赵小庆,许士华.  生物信息学. 2013(03)
[3]线虫核糖核蛋白基因内含子与相应编码序列的相互作用[J]. 赵小庆,李宏,包通拉嘎.  生物化学与生物物理进展. 2010(09)



本文编号：3155218