全基因组分析九种鸟类密码子使用模式

发布时间：2021-04-24 05:18

　　不同生物的蛋白编码基因中密码子偏倚现象普遍存在,其通常被认为是突变偏倚和自然选择共同作用的结果。本研究利用9种鸟类的全基因组数据探究了密码子偏倚模式、影响密码子偏倚的因素以及密码子偏倚的驱动力量等,试图从这些方面加深对鸟类基因组的理解。结果显示,物种密码子偏倚模式的分层聚类结果与物种间亲缘关系联系不大,而与密码子第三位碱基组成、tRNA基因拷贝数相关。密码子偏倚强的基因往往具有基因长度较短、密码子第三位碱基的GC含量（GC3）高的特性,而且GC3是影响密码子偏倚的关键因素。通过非编码区估计突变偏倚的强度,解析突变偏倚和选择约束对密码子使用的相对作用大小,发现密码子第三位碱基组成受到极强的突变偏倚以及同方向的自然选择的共同作用。 

【文章来源】：基因组学与应用生物学. 2020,39(07)北大核心CSCD

【文章页数】：14 页

【文章目录】：
1 结果与分析
    1.1 鸟类同义密码子使用模式与t RNA丰度分析
        1.1.1 不同密码子的RSCU值的跨物种分布
        1.1.2 基于RSCU值的聚类分析
        1.1.3 t RNA基因拷贝数分布
        1.1.4 t RNA基因拷贝数与RSCU值的关系
    1.2 鸟类密码子偏倚的影响因素
        1.2.1 Nc值的分布
        1.2.2 Nc值的影响因素
    1.3 鸟类密码子偏倚的驱动力
2 讨论
3 材料与方法
    3.1 研究的鸟类物种及数据来源
    3.2 同义密码子相对使用率（relative synonymous cod-on usage,RSCU）的计算
    3.3 RSCU值的PCA聚类分析
    3.4 t RNA基因拷贝数统计
    3.5 有效密码子数（effective number of codons,ENC or Nc）的计算
    3.6 与密码子偏倚相关因素的计算
    3.7 统计分析
作者贡献



本文编号：3156753