毛竹SWEET基因家族的全基因组鉴定与分析

发布时间：2021-06-22 19:52

　　糖外排转运蛋白（Sugars will eventually be exported transporters, SWEETs）在植物生理活动和发育过程中起重要作用。为探究SWEET基因家族在毛竹（Phyllostachys edulis）的生长发育过程中起的作用,基于毛竹基因组数据,通过生物信息学方法对SWEET基因家族成员进行鉴定,并对其编码的蛋白质理化性质、系统进化及共线性关系、基因结构、启动子元件及表达模式、蛋白互作网路分析、GO注释等进行细致分析。研究结果表明:该家族基因结构、基序和结构域相对保守,所有成员均含有MtN3_slv结构域。上游启动子序列中含有多个同非生物胁迫以及生长发育相关元件,结合转录组表达量分析显示,多个家族成员在毛竹不同组织器官均有表达。共线性分析揭示毛竹SWEET家族在演化过程中存在全基因组多倍化事件。蛋白互作网路分析挖掘出2个重要核心家族成员,GO注释分析进一步证实毛竹SWEET主要负责体内糖类物质的转运。以上结果为毛竹SWEET基因功能鉴定提供了重要参考,对于毛竹快速生长分子机制研究打下了基础。 

【文章来源】：生物信息学. 2020,18(04)

【文章页数】：11 页

【部分图文】：

毛竹SWEET基因家族启动子区顺式作用元件及基因结构图

利用分子互作网络检索工具 STRING 数据库预测SWEET基因家族的蛋白互作特性(见图4)。整个蛋白互作网络共有9个节点,节点间存在18组蛋白互作关系。如图可知,每个蛋白节点与其他蛋白节点都有一定的互作关系,其中PeSWEET12、PeSWEET15位于整个SWEET基因家族蛋白互作网络的中心,分别与7个家族成员蛋白产生相互作用。图3 毛竹SWEET基因家族结构域分析和保守元件分析

毛竹SWEET基因家族结构域分析和保守元件分析

【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3243439