纳帕海高原湿地T4类噬菌体遗传多样性分析

发布时间：2021-08-09 20:09

　　噬菌体在微生物中分布较广。为研究T4类噬菌体在纳帕海高原湿地的分布情况,本研究从纳帕海湿地分别采集水样和淤泥土样,采用g23基因为分子探针,利用MZIA1和MZIA6引物对其进行扩增,共获得92条基因序列,并与其他不同生境的g23基因进行比对和遗传多样性研究。结果显示,纳帕海高原湿地的T4类噬菌体与海洋基因序列相距较远,而与淡水湖泊和稻田土壤及平原基因序列相距较近。但也有部分序列独立聚簇,推测其为纳帕海地区的独有基因序列。本研究充分说明纳帕海地区拥有独特而丰富的微生物资源,为研究高原淡水湖泊中噬菌体的生态功能提供了理论依据。 

【文章来源】：基因组学与应用生物学. 2020,39(06)北大核心CSCD

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【部分图文】：

YW与其他生境氨基酸序列系统发育树

图1 YW与其他生境氨基酸序列系统发育树从进化树可以看出，纳帕海湿地获得的39条序列中，YW样品序列可以分成3类，1条序列(YW-57)与中国东北稻田相距较近，3条序列与中国东湖和科托克利湖聚成1簇，另一类有7条序列(YW-8,YW-10,YW-15,YW-44,YW-49,YW-52和YW-57)与各生境序列相距剩远，可以推测为纳帕海独有序列；YN样品可以分成3簇，其中两簇共23条序列与南极湖、北极冰川、三江平原湿地聚簇，另一簇5条序列(YN-24,YN-27,YN-38,YN-72和YN-81)没有与其他生境氨基酸序列聚簇，推测是纳帕海湿地的独有序列。

利用样点的Chao、Shannon及Simpson指数来表征噬菌体的多样性(表2),Chao值或Shannon值越大，Simpson值越小，则表明生物多样性越高。与中国境内的淡水湖泊相比，YN的多样性最低；YW多样性高于YN，但是低于东湖的噬菌体多样性。2 讨论

【参考文献】：
期刊论文
[1]自然环境中T4型噬菌体g23基因多样性研究进展[J]. 王光华,刘俊杰,Makoto Kimura.  微生物学报. 2011(06)
[2]基于g23基因的武汉东湖T4类浮游病毒遗传多样性[J]. 黄慧珍,程凯,许敏,赵以军.  中国环境科学. 2011(03)



本文编号：3332723