舟山近海水样环境DNA获取方法的建立

发布时间：2021-08-21 02:54

　　以曼氏无针乌贼（Sepiella japonica）为研究对象,通过绝对定量技术建立和优化了舟山近海高浊度水样环境DNA（Environmental DNA, eDNA）的获取方法。研究结果如下:（1）同体积水样采用乙醇沉淀法获得的eDNA产量是滤膜抽滤法的1.76—2.53倍,但在实际应用中由于受到采样体积、处理方式、配套设备的限制,乙醇沉淀法难以发挥出优势;（2）滤网对泥沙等杂质无过滤作用,添加滤网并不能过滤掉泥沙及增加抽滤体积;（3）滤膜孔径的大小对少量水样的eDNA产量有很大影响,但对大体积水样eDNA的产量无影响;（4）水样静置处理有可能会增大eDNA产量,但也有可能会增大eDNA结果的波动性,使生物量评估结果误差较大;（5）阳离子表面活性剂对eDNA降解有明显的抑制作用;（6）去膜法效果优于碎膜法,建议使用去膜法进行eDNA消化,使用时增加离心时间;（7）酚抽除沙法虽然不能提高eDNA产量,但能明显提高产物纯度。研究首次建立了舟山近海水样大生物eDNA最适获取方法,为相似水域的水样采集及eDNA提取提供了借鉴参考。 

【文章来源】：水生生物学报. 2020,44(01)北大核心CSCD

【文章页数】：9 页

【部分图文】：

乙醇沉淀法与滤膜抽滤法结果比较

三种滤膜在抽滤50 mL水样时,在抽滤时间上存在极显著差别(F=43.35,P=0.0003);但抽滤150及300 mL水样时,在抽滤时间上却不存在显著差异。孔径0.22、0.45和0.70μm的三种滤膜的eDNA产量在50及150 mL两组上分别存在极显著及显著差异(F=33.09,P=0.0006;F=5.51,P=0.044),但在300 mL组上无差异(F=1.72,P=0.257)。小体积水样采集时,滤膜孔径的大小对eDNA产量有很大影响,此时应选择孔径较小的滤膜进行抽滤;大体积水样采集时,滤膜孔径的大小对e DNA产量无影响(表3、图3)。2.4 静置时间对eDNA产量的影响

去膜法效果优于碎膜法(图6)。碎膜法(a组)与去膜法(b-1组、b-2组和b-3组)的eDNA产量(均值±标准差)分别为:(1290±273)、(1258±177)、(1494±244)和(1941±241)copies/μL。One-way ANOVA结果显示:四组间差异极显著(F=60.90,P=0.0009)。离心时间对去膜法eDNA产量有显著影响。1min的离心处理效果与碎膜法结果无区别(a组与b-1组:F=8.45,P=0.1008)。随着离心时间的增大,b-2组与b-3组的eDNA产量显著增大,与b-1组存在显著差异(F=51.58,P=0.0048)。使用去膜法进行eDNA处理时,应增加离心时间,使滤膜上的eDNA充分下沉到混合物中。图4 静置时间对eDNA获取的影响

【参考文献】：
期刊论文
[1]舟山渔场的水温分布特征分析[J]. 侯伟芬,俞成根,陈小庆.  宁波大学学报(理工版). 2013(03)
[2]舟山渔场及附近海域虾类群落结构特征分析[J]. 何贤保,俞存根,覃涛,郑献之,宁平.  水生生物学报. 2013(03)
[3]舟山渔场及其邻近海域水团的季节特征[J]. 张启龙,王凡,赵卫红,唐晓晖.  海洋学报(中文版). 2007(05)
[4]采砂对鄱阳湖鱼类的影响研究[J]. 钟业喜,陈姗.  江西水产科技. 2005(01)



本文编号：3354741