基于序列的跨膜蛋白质结晶倾向性预测方法研究

发布时间：2023-05-04 00:55

　　跨膜蛋白质在细胞生命活动中扮演着至关重要的角色,它可以作为通道连接细胞内外进行物质运输,也可以作为受体进行信号识别,还可以作为药物靶标参与药物反应。研究跨膜蛋白质功能有助于加深对于生物体生命活动的理解,而蛋白质结构和功能之间存在密不可分的关系,因此解析蛋白质的三维结构就可以在很大程度上帮助进一步了解跨膜蛋白质在生命活动中起到的作用。目前解析蛋白质结构的主要手段仍然是单晶体X射线衍射技术。使用X射线衍射法,首先是要对待研究的蛋白质进行结晶实验,但是此实验不仅需要昂贵的试剂,而且需要不断的优化实验条件以获取高质量的晶体。此外,研究表明并不是所有的蛋白质都能形成晶体,而对于结构特殊的跨膜蛋白质,获得其结晶的难度更大。为了最大程度地减少实验的消耗和有效地提高实验效率,目前已经开发了一系列可用于蛋白质结晶倾向性预测的工具,但是专门用来预测跨膜蛋白质结晶倾向性工具数量十分有限,且准确性不高。为了解决这一个问题,本论文中我们提出了新的预测跨膜蛋白质结晶倾向性的预测方法,并通过特征的优化进一步提高了工具的性能。我们首先参考了已有的蛋白质结晶预测工作所使用的特征,对跨膜蛋白质的生物学特征进行量化,包括氨...

【文章页数】：61 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
abstract
第一章 绪论
    1.1 引言
    1.2 研究背景
        1.2.1 跨膜蛋白质简介
        1.2.2 跨膜蛋白质结晶方法概述
        1.2.3 机器学习简介
        1.2.4 不平衡数据处理方法概述
        1.2.5 蛋白质序列特征简介
        1.2.6 特征选择方法概述
    1.3 国内外研究现状
    1.4 本文研究主要内容及创新点
    1.5 论文的结构
第二章 基于蛋白质序列特征的跨膜蛋白质结晶倾向性预测方法
    2.1 引言
    2.2 材料与方法
        2.2.1 数据收集
        2.2.2 序列特征量化
        2.2.3 特征值归一化
        2.2.4 特征选择
        2.2.5 预测模型构建
        2.2.6 模型评价指标
    2.3 结果与分析
        2.3.1 特征重要性评估
        2.3.2 分类算法的选择
        2.3.3 与其他方法的比较
    2.4 本章小结
第三章 基于相对溶剂可及表面积的跨膜蛋白质结晶倾向性预测方法
    3.1 引言
    3.2 特征工程
        3.2.1 相对溶剂可及表面积等特征的编码
        3.2.2 特征选择
    3.3 结果与分析
        3.3.1 特征重要性分析
        3.3.2 不同机器学习算法的比较
        3.3.3 与其他相关方法的比较
    3.4 本章小结
结论
    1 本文总结
    2 未来工作展望
参考文献
附录
攻读学位期间发表的学术论文
致谢



本文编号：3807622