基于人工检索的植物抗逆非编码RNA知识库的构建及应用

发布时间：2023-06-02 05:11

　　植物在生长和繁殖过程中会受到生物和非生物逆境胁迫的影响。在长期的进化中,植物形成了一系列响应机制来应对各种逆境胁迫。研究表明,有大量的非编码RNA(ncRNA,non-coding RNA)在植物的生长,发育和应对逆境胁迫等过程中参与了重要的调控机制,主要包括miRNA(miRNA,microRNA),长非编码RNA(lncRNA,long non-coding RNA)和环状RNA(circRNA,circular RNA)。通过高通量测序和生物信息学计算方法,研究者已经鉴定出了大量与植物抗逆相关的非编码RNA,同时与植物研究相关的数据资源日益增长。我们通过文献检索和数据调研发现,在这些研究结果中,对深入研究具有更高参考价值的经过低通量实验验证的非编码RNA还没有被收集到单个数据资源平台。因此,在本论文中,我们通过人工检索的方式,从已发表文献中收集了近年来经过实验验证的4227个植物抗逆非编码RNA,涵盖了114个物种,48种生物胁迫和91种非生物胁迫,进而建立了知识库——PncStress(http://bis.zju.edu.cn/pncstress/),其中包括2523个miR...

【文章页数】：41 页

【学位级别】：硕士

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致谢
摘要
ABSTRACT
第一章 引言
    1.1 植物的逆境胁迫与抗逆性
        1.1.1 植物非生物胁迫与抗逆性
        1.1.2 植物生物胁迫与抗逆性
    1.2 植物非编码RNA生物学功能研究进展
        1.2.1 植物miRNA研究进展
        1.2.2 植物lncRNA研究进展
        1.2.3 植物circRNA研究进展
    1.3 植物非编码RNA与植物逆境胁迫抗逆性
        1.3.1 植物miRNA与抗逆性
        1.3.2 植物lncRNA与抗逆性
        1.3.3 植物circRNA与抗逆性
    1.4 本论文的主要内容及意义
第二章 数据与方法
    2.1 数据来源
    2.2 数据处理
        2.2.1 基因组的可视化
        2.2.2 植物抗逆非编码RNA二级结构预测与可视化
        2.2.3 植物抗逆非编码RNA相互作用关系与靶标预测
    2.3 构建方法
        2.3.1 PncStress知识库的基本架构
        2.3.2 PncStress平台的可视化实现
第三章 分析与结果
    3.1 数据库内容
    3.2 信息检索
    3.3 其他植物非编码RNA研究资源
第四章 总结与展望
参考文献
作者简介



本文编号：3827734