基于构象集合的柔性多肽-蛋白质对接研究

发布时间：2024-02-22 03:43

　　从基因组学到蛋白质组学,人们对于生命的理解不断深入。许多生命活动由蛋白质间的相互作用来完成,其中多肽介导的蛋白质-蛋白质相互作用是其中的重要组成部分,在细胞中普遍存在并且影响着生理健康。复合物的结构决定了它的功能,为了研究蛋白质-多肽相互作用的机制,有必要先了解其结构。然而,由于多肽介导的特性及实验技术上的局限性,目前只有很少的蛋白质-多肽实验结构。因此,在这一领域发展了许多的计算方法来预测蛋白质-多肽复合物结构,其中分子对接是基于结构的方法中最有效的计算工具之一。分子对接方法在设计和开发多肽类药物方面也发挥着关键作用。蛋白质-多肽对接方法的挑战之一是多肽的柔性,现有的对接方法对这个问题的处理都比较耗时。本文采用集合对接来考虑多肽柔性,开发了一种分层式的多肽柔性对接算法HPepDock,将多肽结构快速生成程序MODPEP产生的1000个多肽结构刚性对接到结合位点上。我们修改了蛋白质-配体对接方法MDock,用于搜索多肽的结合构象,并使用基于知识的蛋白质-蛋白质迭代打分函数ITScore-PP评估采样到的多肽构象。在LEADS-PEP数据集上的53种复合物测试结果显示,HPepDock算...

【文章页数】：68 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图3-1MODPEP程序从多肽序列（Sequence）出发产生结构（Structure）示意图

隐马尔可夫模型衍生的结构字母表形式的局部构象，的贪心算法程序来组装预测的片段。PEP-FOLD有网页到PEP-FOLD3[87]，PEP-FOLD3不仅可预测氨基酸长度预测出近天然态的蛋白质-多肽复合物。PEP-FOLD3可预测出结构。模算法MODPEP的分层式的蛋白质....

图3-2MODPEP建立的三个库，a:单字母库；b:苯丙氨酸双字母旋转异构体库；c:16个氨基酸长度的螺旋片段库[68]

华中科技大学硕士学位论文到了2731个非冗余多肽结构。随机选择约三分之二（1821）个结构作为训练集来构建旋转异构体库和螺旋片段库。剩余的910个结构作为测试集以验ODPEP算法。MODPEP算法在构建多肽结构时，需要用到两个骨架独立的旋转异构体....

图3-3MDock多种蛋白质结构的集合对接，考虑蛋白质结构柔性，

图3-3MDock多种蛋白质结构的集合对接，考虑蛋白质结构柔性，图片来源：ATutorialofMDock。图3-4多肽的粗粒化模型（1ELW复合物D链），每个残基由两个伪原子表示。

图3-4多肽的粗粒化模型（1ELW复合物D链），每个残基由两个伪原子表示

18图3-4多肽的粗粒化模型（1ELW复合物D链），每个残基由两个伪原子表示。.2基于知识的蛋白质-蛋白质迭代打分函数ITScore-PP蛋白质-蛋白质相互作用对于生命活动至关重要。随着蛋白质组学的快速发

本文编号：3906339