番茄WRKY转录因子密码子偏性分析

发布时间：2024-05-12 15:46

　　WRKY基因家族在响应植物发育和生理过程、多种应激反应中发挥着重要作用。为揭示番茄WRKY基因的特性和密码子使用模式,本研究通过CodonW、CUSP和SPSS软件对番茄81个WRKY基因密码子使用偏性进行分析。结果表明:WRKY基因平均GC含量为39.33%,GC3平均含量为31.80%,表明WRKY基因密码子倾向以A或T (U)结尾;相对同义密码子(RSCU)分析显示,RSCU>1的密码子有27个,其中25个以A、U结尾;有效密码子数(ENC)和密码子适应指数(CAI)范围分别为35.77～55.93和0.13～0.28,表明密码子偏性较弱且WRKY基因表达水平较低;中性分析、ENC和PR2作图分析发现WRKY基因密码子使用模式受碱基组成、突变和自然选择压力的影响。此外,只有1个密码子鉴定为WRKY基因最优密码子。该研究结果为番茄WRKY基因转基因研究过程中密码子优化提供了理论支持。

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【部分图文】：

图1SlWRKY转录因子的中性分析

ENC-plot作图分析被广泛应用于检测密码子偏性形成与碱基组成的关系，探讨影响密码子偏性形成的因素。以各基因的GC3s值为横坐标，有效密码子数(ENC)值为纵坐标，构建散点图(图2)。结果表明，大部分基因沿着标准曲线分布，其ENC实测值与期望值较为接近。而SlWRKY19、Sl....

图2SlWRKY转录因子的ENC-plot绘图分析

图1SlWRKY转录因子的中性分析1.4SlWRKY基因家族密码子PR2-plot分析

图3ENC比值频数分布

通过以ENC对SlWRKY基因进行排序，选择两端5%的序列建立高低表达基因库，并计算ΔRSCU值，筛选出ΔRSCU≥0.30，且满足高表达组RSCU>1、低表达组<1的最优密码子。最终确定1个编码缬氨酸(Val,GTG)的最优密码子。图4SlWRKY转录因子的PR2-plot....

图4SlWRKY转录因子的PR2-plot绘图分析

图3ENC比值频数分布2讨论

本文编号：3971540