南江黄羊瘦素基因LEP遗传多态性及其与生长性状的关联分析

发布时间：2017-10-24 16:04

  本文关键词：南江黄羊瘦素基因LEP遗传多态性及其与生长性状的关联分析

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【摘要】：瘦素基因(leptin,LEP)编码的蛋白质主要参与哺乳动物繁殖功能、动物体重和机体能量平衡等方面的调节。本研究以南江黄羊(n=267),简州大耳羊(n=36),美姑山羊(n=37),藏山羊(n=41)和川南黑山羊(n=30)共5个山羊品种为试验材料,研究LEP基因单核苷酸的多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP),并分析南江黄羊LEP基因的SNP位点与生长性状的关联性。主要研究结果如下：1.LEP基因在5个山羊品种中共检测到6个SNP位点(g.117TC,g.1642GA,g.2883GA,g.3053.TC,g.3190GA和g.3314TC).主要等位基因频率范围为0.583～0.987,各位点基因型分布存在显著性差异。观测杂合度和期望杂合度分别为0.026～0.533和0.026～0.497,PIC为0.025～0.370,呈低度或中度多态性,有较大的选择潜力。卡方(X2)检验表明,LEP基因的6个SNP位点均处于哈迪-温伯格平衡状态(P0.05)。2.LEP基因在5个山羊品种中总共检测到15种单倍型,主要单倍型频率为0.083～0.244。连锁不平衡(LD block)分析表明,两个培育品种(南江黄羊和简州大耳羊)的LEP基因SNP存在明显的连锁不平衡。3.统计分析表明LEP基因的6个SNP与南江黄羊生长性状存在关联性。在g.117TC位点,TT基因型个体的24月龄体重和胸围显著高于CC基因型个体(P0.05)。在g.1642GA和g.2883GA位点的GG基因型个体在出生重(2.38±0.03kg,2.45±0.05 kg)和2月龄体重(10.59±0.16kg,10.71±0.26 kg)显著高于AA基因型或GA基因型个体(P0.05)。在g.3053TC和g.3190GA位点,突变纯合基因型个体的24月龄体长显著高于其他基因型个体(P0.05)。在g.3314TC位点,TT型个体出生体重显著高于其他两种基因型个体(P0.05),而CC型个体在6月龄体长和体高显著高于TC型个体(P0.05)。4.基因型关联分析表明：携带H2H3基因型个体初生重和2月龄体重最高,其他所有生长性状中表现最好是携带H1H5基因型的个体。5.研究结果表明,LEP基因可能是影响山羊的生长性状的重要候选基因。该基因突变位点与南江黄羊的生长性状间有一定的相关性,可以作为山羊分子育种的辅助选择标记。
【关键词】：山羊 瘦素基因 生长性能 多态性 关联分析
【学位授予单位】：四川农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：S827
【目录】：

• 摘要5-6
• Abstract6-8
• 英文符号说明8-11
• 1 文献综述11-21
• 1.1 研究背景11
• 1.2 分子标记技术及应用11-12
• 1.3 畜禽生长性状的重要候选基因12-14
• 1.4 LEP基因研究概况14-17
• 1.4.1 LEP的发现与染色体定位14
• 1.4.2 LEP的生物学功能14-15
• 1.4.3 LEP在家畜中的研究进展15-17
• 1.5 南江黄羊简介17-20
• 1.5.1 南江黄羊培育史况17
• 1.5.2 南江黄羊外貌特征17
• 1.5.3 南江黄羊主要生产性能17-18
• 1.5.4 南江黄羊的适应性和推广应用18-20
• 1.6 本研究的目的意义20-21
• 2 材料和方法21-25
• 2.1 试验材料21-23
• 2.1.1 血样采集21
• 2.1.2 生产性能测定21
• 2.1.3 主要仪器设备与试剂21-22
• 2.1.4 数据分析软件22-23
• 2.2 试验方法23-25
• 2.2.1 血液DNA提取23
• 2.2.2 血液DNA的质量检测23
• 2.2.3 引物设计23-24
• 2.2.4 PCR扩增24
• 2.2.5 PCR-RFLP分析24-25
• 3 试验结果25-45
• 3.1 南江黄羊生长性能25-26
• 3.2 基因组DNA的质量检测26
• 3.3 引物序列26-28
• 3.4 目的片段扩增结果28
• 3.5 测序与分析28-31
• 3.6 扩增产物酶切分型31-32
• 3.7 LEP基因的多态性分析32-38
• 3.8 LEP基因单倍型及连锁不平衡分析38-40
• 3.9 LEP基因SNP位点与南江黄羊生长性状的关联分析40-43
• 3.10 LEP基因型与南江黄羊生长性状的关联分析43-45
• 4 讨论45-47
• 4.1 南江黄羊生长性状45
• 4.2 LEP基因遗传多态性45-46
• 4.3 单倍型分析和连锁不平衡分析46
• 4.4 LEP基因SNP位点与南江黄羊生长性状的关联性分析46-47
• 5 结论47-49
• 参考文献49-54
• 致谢54-55
• 攻读学位期间发表的学术论文题目55

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本文编号：1089475