家畜基因组选择信号的比较研究

发布时间：2017-03-27 21:13

  本文关键词：家畜基因组选择信号的比较研究，，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：随着生物学的不断发展,生物遗传学结合计算机科学和统计学,利用先进的理论知识对生物数据进行研究和分析,了解生物学意义。选择信号检测是生物信息学的热门研究之一,也是现代群体遗传学研究中广泛使用的方法,对于理解物种在自然选择和人工选择的进化过程,具有促进作用。利用选择信号检测方法对家畜全基因组进行检测,了解基因型和表型性状之间的关系,并为家畜育种方面提供了理论依据。首先,本文描述了研究背景及意义,介绍了选择信号检测在国内外研究现状及成果,对相关概念进行了阐述,并且介绍了5种主要的选择信号检测方法：Fst检测、EHH检测、iHS检测、Xp-EHH检测和hapFLK检测。其次,本文详细的介绍了试验过程,包括试验材料、试验方法、数据的处理方法和数据的统计分析方法。以ovine SNP50 HapMap中4个肉用和4个毛用绵羊品种的数据为主要研究对象,然后利用Plink软件对数据进行质控处理,并按照样本个体数量和样本个体SNP数量的差异进行分组,选取Fst检测、Xp-EHH检测和hapFLK检测方法对整理好的数据进行检测。最后,本文对三种检测方法得到的数据结果进行比较分析,通过数据说明三种检测方法的差异和特性,并对检测结果进行相关生物学分析。结果说明三种检测方法中,在样本个体数量和样本个体SNP数量不同的检测条件下,Xp-EHH检测方法稳定性较好；Fst检测方法在样本个体SNP数量差异的条件下检测效果较好；hapFLK受两种检测条件的影响较大。然后选取检测结果中选择信号较强的部分进行基因注释,找到的大部分基因都有相关文献资料为依据。
【关键词】：生物信息学 选择信号 全基因组 家畜
【学位授予单位】：新疆农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：S813
【目录】：

• 摘要3-4
• Abstract4-7
• 第1章 绪论7-16
• 1.1 研究背景及意义7-8
• 1.2 国内外研究现状8-9
• 1.2.1 国外研究现状8
• 1.2.2 国内研究现状8-9
• 1.3 SNP概述9-10
• 1.3.1 SNP的定义9-10
• 1.3.2 SNP分类10
• 1.3.3 SNP的研究意义10
• 1.4 单倍型相关概念10-11
• 1.4.1 单倍型10-11
• 1.4.2 单倍型块11
• 1.4.3 单倍型标签SNP11
• 1.5 连锁不平衡11-13
• 1.5.1 连锁不平衡的定义11-12
• 1.5.2 连锁不平衡的理论12-13
• 1.5.3 连锁不平衡的影响因素13
• 1.5.4 连锁不平衡关联分析13
• 1.6 MAF13-14
• 1.7 选择信号检测概述14-15
• 1.7.1 选择信号的定义14
• 1.7.2 选择信号的检测方法14-15
• 1.7.3 选择信号研究与发展15
• 1.8 基因组注释15
• 1.9 GO富集分析15-16
• 第2章 材料与方法16-31
• 2.1 试验材料16-23
• 2.2 试验方法23-30
• 2.2.1 技术路线23
• 2.2.2 实验方法23-25
• 2.2.3 基因型数据处理25-26
• 2.2.4 统计分析26-30
• 2.3 本章小结30-31
• 第3章 结果与分析31-52
• 3.1 基因型质控结果31-32
• 3.2 选择信号分析结果32-47
• 3.2.1 选择信号检测32-42
• 3.2.2 检测方法分析比较42-47
• 3.3 基因注释结果分析47-48
• 3.4 基因富集结果分析48-51
• 3.5 本章小结51-52
• 第4章 讨论52-54
• 4.1 选择信号分析52-53
• 4.2 候选基因分析53
• 4.3 本章小节53-54
• 第5章 全文总结54-55
• 参考文献55-58
• 致谢58-59
• 作者简历59

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本文编号：271089