银杏复干发育及其转录组调控
发布时间：2020-12-16 01:21
银杏（Ginkgo biloba L.）是第四纪冰川后银杏科中唯一存活至今的孑遗树种,被称为历史遗产和植物界的“活化石”。银杏是我国特有的经济树种,古树数量多,分布广泛。银杏从幼龄到千年生古树存在普遍的“茎生枝”（复干）现象,且国内银杏古树大部分为无性系多代同株,复干丛生。“多代同株”现象是银杏达到生长极限或为抵御不良环境产生的维持生命系统的重要繁殖更新策略,是银杏经历灾难后仍能保存至今的关键。通过对银杏复干发育的研究,可进一步了解复干的发生机理,为揭示银杏古树长寿奥秘奠定理论基础,同时为在实践生产中合理适当的利用复干进行繁殖等工作提供理论指导。目前在银杏复干方面的研究多集中在地理分布、复干存在意义、复干代替母干过程及复干利用等方面,缺乏对复干发生机理方面的研究。本研究通过生长指标测定及解剖观察,了解银杏复干的生长特性及其发端的解剖结构;通过植物生理学的研究,测定两个不同发育时期复干和同株侧枝的内源激素含量指标,明确复干形成的生理机制及其与正常侧枝的区别;最后,选用两个不同发育时期的银杏复干和同株树干上相同位置未发育复干的部位作对照,利用第二代高通量测序和生物信息学分析方法,探讨调控银...
【文章来源】：山东农业大学山东省
【文章页数】：80 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
转录组试验样品Fig.2Experimentalsamplesoftranscriptome注：TF：萌芽期复干；TS：伸长生长时期复干；CF、CS：复干周围正常组织Notes:TF:SecondarytrunkatstageofTF
山东农业大学硕士学位论文15采用NanoPhotometer分光光度计检验样品的纯度（IMPLEN，CA，USA）。Qubit3.0Flurometer（LifeTechnologies，CA，USA）检验样品的浓度。安捷伦2100RNANano6000AssayKit（AgilentTechnologies，CA，USA）检测样品完整性。以保证使用合格样品来进行转录组的测序。（2）RNA文库的构建样品检验合格后，每个样品取3ug的RNA为起始原料，即可进行文库构建。根据NEBNextUltraRNALibraryPrepKitforIllumina（#E7530L，NEB）说明，分别选用不同的index标签进行建库。合格后的总RNA样品，用带有Oligo（dT）的磁珠进行富集样品mRNA。然后向得到的mRNA中添加fragmentationbuffer，使mRNA被打断为短片段。再以片段后的mRNA为模板，再用六碱基随机引物合成cDNA第一链。并加入缓冲液、DNApolymeraseI、RNaseH和、dNTPs合成cDNA第二链。经过QiaQuickPCR试剂盒对双链cDNA进行纯化并加EB缓冲液洗脱。洗脱纯化后的双链cDNA再采取末端修复、加碱基A和测序接头。最后选择不同大小的片段，进行PCR扩增，从而完成整个文库制备工作。构建好的文库用Illumina平台进行测序。测序策略为PE150。图3转录组试验流程Fig.3TheExperimentalprocedureoftranscriptome
利用 HiSeq PE Cluster Kit v4-cBot-HS（Illumia）试剂在 c Bot 上生成簇。随后在测序平台进行双端测序程序（PE），得到大小为 150bp 的双端测序 reads（图 4）。 2.3.5.5 生物信息学分析 对原始数据数据过滤，通过去除低质量序列和去接头污染等过程，得到高质量的Clean Data。将 Clean Data 与参考基因组进行比对，获得 Mapped Data，然后进行测序文库质量评估，主要通过插入片段长度检验、随机性检验的方法。也可对表达量、新基因发掘、可变剪接分析、基因结构优化。根据基因在不同样品中的表达量差异进行差异基因表达分析，以及差异基因的功能注释、功能富集分析（图 4）。
本文编号：2919251
【文章来源】：山东农业大学山东省
【文章页数】：80 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
转录组试验样品Fig.2Experimentalsamplesoftranscriptome注：TF：萌芽期复干；TS：伸长生长时期复干；CF、CS：复干周围正常组织Notes:TF:SecondarytrunkatstageofTF
山东农业大学硕士学位论文15采用NanoPhotometer分光光度计检验样品的纯度（IMPLEN，CA，USA）。Qubit3.0Flurometer（LifeTechnologies，CA，USA）检验样品的浓度。安捷伦2100RNANano6000AssayKit（AgilentTechnologies，CA，USA）检测样品完整性。以保证使用合格样品来进行转录组的测序。（2）RNA文库的构建样品检验合格后，每个样品取3ug的RNA为起始原料，即可进行文库构建。根据NEBNextUltraRNALibraryPrepKitforIllumina（#E7530L，NEB）说明，分别选用不同的index标签进行建库。合格后的总RNA样品，用带有Oligo（dT）的磁珠进行富集样品mRNA。然后向得到的mRNA中添加fragmentationbuffer，使mRNA被打断为短片段。再以片段后的mRNA为模板，再用六碱基随机引物合成cDNA第一链。并加入缓冲液、DNApolymeraseI、RNaseH和、dNTPs合成cDNA第二链。经过QiaQuickPCR试剂盒对双链cDNA进行纯化并加EB缓冲液洗脱。洗脱纯化后的双链cDNA再采取末端修复、加碱基A和测序接头。最后选择不同大小的片段，进行PCR扩增，从而完成整个文库制备工作。构建好的文库用Illumina平台进行测序。测序策略为PE150。图3转录组试验流程Fig.3TheExperimentalprocedureoftranscriptome
利用 HiSeq PE Cluster Kit v4-cBot-HS（Illumia）试剂在 c Bot 上生成簇。随后在测序平台进行双端测序程序（PE），得到大小为 150bp 的双端测序 reads（图 4）。 2.3.5.5 生物信息学分析 对原始数据数据过滤，通过去除低质量序列和去接头污染等过程，得到高质量的Clean Data。将 Clean Data 与参考基因组进行比对，获得 Mapped Data，然后进行测序文库质量评估，主要通过插入片段长度检验、随机性检验的方法。也可对表达量、新基因发掘、可变剪接分析、基因结构优化。根据基因在不同样品中的表达量差异进行差异基因表达分析，以及差异基因的功能注释、功能富集分析（图 4）。
本文编号：2919251
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