从基因组水平分析鸭疫里默氏杆菌强弱菌株间的差异基因

发布时间：2020-12-19 03:14

　　鸭疫里默氏杆菌感染（Riemerella anatipestifer infection）是家鸭、鹅、火鸡及其他家禽和野禽的一种接触性传染病,又称为鸭传染性浆膜炎。该病呈急性或慢性败血症形式,其特征是纤维素性心包炎、肝周炎、气囊炎、干酪性输卵管炎和脑膜炎。因该病引起病鸭死亡率高、消瘦、胴体淘汰、品质下降、疾病治疗等造成巨大的经济损失。目前已有5株鸭疫里默氏杆菌的全基因组序列在Gen Bank上公开,其基因组编码基因约为2000个,但对其致病机制和毒力相关基因还知之甚少。鉴定强毒株与弱毒株的差异基因对于分析鸭疫里默氏杆菌菌株遗传进化、毒力变异和分子流行病学研究等方面具有重要的意义。本实验采用抑制性差减杂交（SSH）和全基因组测序的方法,分析了鸭疫里默氏杆菌强致病性菌株HXb2与弱毒力菌株NJ-1间的差异基因,为筛选新的毒力相关基因等奠定了基础。一、应用抑制性差减杂交技术筛选HXb2和NJ-1株的差异基因以HXb2株基因组为tester,以NJ-1株基因组为driver,构建了两株细菌基因组间的抑制性差减文库,共筛选到了96个阳性克隆,经过dot-blot杂交和PCR验证后鉴定到52个强弱... 

【文章来源】：中国农业科学院北京市

【文章页数】：53 页

【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
英文缩略表
第一章 引言
    1.1 鸭疫里默氏杆菌研究进展
        1.1.1 病原概述
        1.1.2 血清型
        1.1.3 抗生素耐药性
    1.2 毒力因子的研究进展
        1.2.1 OmpA
        1.2.2 TbdR1
        1.2.3 SIP
        1.2.4 TonB1和TonB2
        1.2.5 其他潜在毒力因子
    1.3 抑制差减杂交技术及其应用的研究进展
        1.3.1 SSH的技术流程
        1.3.2 SSH的注意事项
        1.3.3 SSH在细菌毒力基因研究中的应用
    1.4 展望
第二章 应用抑制性差减杂交技术筛选鸭疫里默氏杆菌强弱毒株的差异基因
    2.1 材料
        2.1.1 菌株和培养条件
        2.1.2 工具酶与试剂
        2.1.3 培养基及缓冲液配置
        2.1.4 仪器
    2.2 方法
        2.2.1 HXb2株和NJ-1 株对雏鸭半数致死量的测定
        2.2.2 细菌基因组的提取
        2.2.3 基因组的酶切与纯化
        2.2.4 接头的连接
        2.2.5 两轮杂交
        2.2.6 两轮PCR反应
        2.2.7 差减文库的构建
        2.2.8 地高辛标记探针
        2.2.9 dot-blot筛选
        2.2.10 测序
    2.3 实验结果
        2.3.1 HXb2株和NJ-1 株的LD50
        2.3.2 酶切效率
        2.3.3 连接效率分析
        2.3.4 差异片段的多样性鉴定
        2.3.5 强弱菌株差异片段的筛选
        2.3.6 差异基因片段的序列分析
    2.4 讨论
第三章 采用基因组测序来分析鸭疫里默氏杆菌强弱毒株的差异基因
    3.1 材料
        3.1.1 菌株
        3.1.2 试剂与软件
    3.2 方法
        3.2.1 提取基因组DNA
        3.2.2 基因组文库的构建及测序
        3.2.3 基因组注释
        3.2.4 比较基因组学分析
    3.3 结果与分析
        3.3.1 鸭疫里默氏杆菌HXb2基因组分析
        3.3.2 鸭疫里默氏杆菌HXb2基因组框架图分析
        3.3.3 HXb2和NJ-1 基因组之间差异基因的分析
        3.3.4 HXb2和NJ-1 基因组的进化分析
        3.3.5 HXb2和NJ-1 基因组的共线性分析
    3.4 讨论
第四章 结论
参考文献
致谢
作者简历



本文编号：2925148