基于RNA-Seq技术筛选寒泊羊肌肉生长发育相关基因的研究
发布时间：2021-01-06 01:19
绵羊作为全球最重要的肉类生产动物之一,在畜牧业中占有重要地位。目前我国主要是以杂交方式为主要肉羊培育和生产手段,这一现状导致了我国羊产业水平低下。寒泊羊是以小尾寒羊为母本、杜泊绵羊为父本进行杂交,并通过分子标记作为辅助手段,经过十余年人工选择和定向培育而成的肉用绵羊新种群,具有较高的胴体重、净肉重和屠宰率等特点。目前,关于寒泊羊不同生长阶段肉品质和影响其产肉量的分子机制还鲜有报道。因此,本研究开展以下方面的工作:通过对1月龄、7月龄和13月龄寒泊羊肉品质比较分析,结果发现13月龄寒泊羊pH24极显著高于1月龄和7月龄（P<0.01）;熟肉率差异不显著（P>0.05）;失水率在7月龄和13月龄时差异不显著（P>0.05）,但显著高于1月龄（P<0.01）;剪切力随着月龄的增加而增加;不同月龄之间肉色指标显示,L（亮度）差异极显著（P<0.01）,a（红度）、b（黄度）、c（色度）差异不显著（P>0.05）;随着月龄增加,肌纤维面积显著增加（P<0.01）。利用RNA-seq技术对1月龄、7月龄和13月龄背最长肌组织进行转录组...
【文章来源】：河北工程大学河北省
【文章页数】：69 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
技术路线
河北工程大学硕士学位论文10由表2-2可知，不同月龄L（亮度）之间差异极显著（P<0.01），a（红度）、b(黄度）、c（色度）之间差异不显著（P>0.05）。表2-2肉色指标测定Table2-2Determinationofmeatcolorindex月份Labc1月龄52.33±0.21C12.99±1.0610.33±0.4116.62±0.667月龄43.34±0.85B15.59±2.4210.43±0.7018.77±2.3913月龄39.32±0.67A14.98±1.3410.69±1.8118.41±2.12注：不同字母表示差异极显著(P<0.01)，相同字母表示差异不显著（P>0.05）。2.2.2肌纤维直径测定综合图2-1和图2-2分析，背最长肌纤维直径从1月龄的2490μm2增加到7月龄的18850μm2，随后增加到13月龄的29840μm2，说明肌纤维直径随着月龄增加呈递增趋势，三个月龄肌肉横截面积相互差异极显著（P＜0.01）。背最长肌纤维横切图也显示，肌纤维随着月龄增粗。图2-1不同月龄背最长肌纤维横截面积比较。数据以平均值±标准差表示（n=3）,*为差异显著（P<0.05），**表示差异极显著（P<0.01）Fig.2-1Comparisonofcross-sectionalareaoflongissimusdorsimusclefiberofdifferentmonths.Thedatawereexpressedasmean±SD(n=3).*Thedifferencewassignificant(P<0.05)and**wassignificant(P<0.01)图2-2不同月龄背最长肌组织肌纤维横截面积图Fig.2-2Crosssectionalareaoflongissimusdorsimuscleindifferentmonthsage***0.005000.0010000.0015000.0020000.0025000.0030000.0035000.001月龄7月龄13月龄肌纤维横截面积（um2)
河北工程大学硕士学位论文16表3-1引物序列、退火温度及PCR产物长度Table3-1Primersequence,annealingtemperatureandPCRproductlength基因编号（NCBI）基因名称引物序列（5"-3"）产物(bp)退火温度(℃)443005GADPHF:CACCCTCAAGATTGTCAGC10760R:CAGTGGTCATAAGTCCCTCC101111554ACTC1F:GCTTCTTCCTCCTCTCTGG15360R:GCTGTTGTAAGTCGTTTCA780509MBF:CGAGTCACACGCCAACAAG10560R:GCACCGAAGTCTGAAGGAT101118027PARP2F:GCACAAATCAAGGCAGGTT14560R:TTAATGGAGGGGTACGGAG101114358PDLIM5F:TGAGGGATTGGATTTTGCG15960R:GTTTGCCTGGGATGCTTTT101107962CDC34F:CGTTTGCATCTCGATTCTC19960R:CTTGCCTTTGCTCTCTTTC101118196CA3F:TAGGACGTGAGAAGGGCGAG14760R:TGAAGGACCCGTGGTAGGTC101121015L2HGDHF:CAAGAAGTAAAGATGGGATG11260R:GAAATACGGTCTGAGTAAAGT101114798DNTTIPF:GGCAGGCAGAAGAGGAGT20860R:CGAGATCCCAACACGAAG表3-2荧光定量PCR反应体系Table3-2FluorescentquantitativePCRreactionsystem成分用量ComponentConsumption荧光染料Mix8μlROX3μl上游引物0.5μl下游引物0.5μlDNA模板1μl无酶水补足至20μl图3-1荧光定量PCR反应程序Fig.3-1FluorescentquantitativePCRreactionprocedure
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于RNA-seq数据鉴定苏姜猪肉质性状相关基因[J]. 徐盼,何鑫鑫,倪黎纲,唐子雪,杨持,朱淑斌,季鸿鸣,周春宝. 中国畜牧兽医. 2019(10)
[2]基于转录组测序的蒙古羊和杜泊羊骨骼肌热响应相关基因的筛选[J]. 曹宇,张东,芦杨,张焱如,周欢敏. 农业生物技术学报. 2019(09)
[3]饥饿和复投喂对大黄鱼（Larimichthys crocea）IGF-Ⅰ、mTOR、MyoD和MHC基因表达的影响[J]. 沈伟良,钱宝英,薛良义. 海洋与湖沼. 2019(04)
[4]能量负平衡奶牛血清的蛋白组学及生物信息学分析[J]. 孙书函,舒适,白云龙,赵畅,夏成,张洪友,徐闯. 中国兽医学报. 2019(07)
[5]陆川猪Myf5基因克隆及其在背最长肌中发育性变化表达研究[J]. 朱麒,谭家明,夏琴,瞿秋红,蒋钦杨,黄艳娜. 黑龙江畜牧兽医. 2019(11)
[6]传染性法氏囊病病毒感染DF-1细胞的转录组学分析[J]. 彭曦冉,俞天奇,张宜娜,周继勇,胡伯里. 农业生物技术学报. 2019(06)
[7]基于RNA-Seq技术筛选影响猪肌纤维性状的候选基因[J]. 成志敏,张宁芳,王媛媛,乐宝玉,张万锋,宋鹏康,郭晓红,高鹏飞,蔡春波,曹果清,李步高. 畜牧兽医学报. 2019(05)
[8]能量水平和激素对脂肪代谢酶基因的调控研究进展[J]. 张雨,施力光,荀文娟,刘强. 动物营养学报. 2019(08)
[9]寒泊羊与小尾寒羊繁殖性能及杂交效果分析[J]. 要笑蕾,陈晓勇,孙洪新,臧胜芹,杨凌,贾敬亮,敦伟涛. 江苏农业科学. 2019(04)
[10]Bioinformatics Based Therapeutic Effects of Sinomenium Acutum[J]. LI Yu-yan,ZHENG Guang,LIU Liang. Chinese Journal of Integrative Medicine. 2019(02)
博士论文
[1]FHL3与MyoD和pCREB蛋白相互作用差异调控MyHC各亚型基因表达的分子机制[D]. 张云霞.华中农业大学 2015
[2]蒙古羊全基因组测序及基于转录组分析的抗寒性状遗传基础研究[D]. 侯成林.内蒙古农业大学 2014
[3]小尾寒羊和杜泊羊臂二头肌转录组及肌球蛋白轻链基因家族结构特征分析[D]. 张春兰.山东农业大学 2014
[4]苏尼特羔羊肌内脂肪细胞分化相关因子和肌内脂肪代谢关键酶基因表达发育规律的研究[D]. 姚焰础.内蒙古农业大学 2008
硕士论文
[1]CRISPR/Cas9介导MSTN基因敲除绵羊制备[D]. 汤贝贝.扬州大学 2016
[2]兔卵巢数字基因表达谱的构建及繁殖相关基因的筛选[D]. 冯雪.河南农业大学 2014
[3]小尾寒羊肌肉组织学和理化性状的研究[D]. 郑永静.河北农业大学 2008
[4]湖羊羔羊不同部位肌肉肌内脂肪沉积相关基因表达的发育性变化研究[D]. 乔永.南京农业大学 2007
本文编号：2959650
【文章来源】：河北工程大学河北省
【文章页数】：69 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
技术路线
河北工程大学硕士学位论文10由表2-2可知，不同月龄L（亮度）之间差异极显著（P<0.01），a（红度）、b(黄度）、c（色度）之间差异不显著（P>0.05）。表2-2肉色指标测定Table2-2Determinationofmeatcolorindex月份Labc1月龄52.33±0.21C12.99±1.0610.33±0.4116.62±0.667月龄43.34±0.85B15.59±2.4210.43±0.7018.77±2.3913月龄39.32±0.67A14.98±1.3410.69±1.8118.41±2.12注：不同字母表示差异极显著(P<0.01)，相同字母表示差异不显著（P>0.05）。2.2.2肌纤维直径测定综合图2-1和图2-2分析，背最长肌纤维直径从1月龄的2490μm2增加到7月龄的18850μm2，随后增加到13月龄的29840μm2，说明肌纤维直径随着月龄增加呈递增趋势，三个月龄肌肉横截面积相互差异极显著（P＜0.01）。背最长肌纤维横切图也显示，肌纤维随着月龄增粗。图2-1不同月龄背最长肌纤维横截面积比较。数据以平均值±标准差表示（n=3）,*为差异显著（P<0.05），**表示差异极显著（P<0.01）Fig.2-1Comparisonofcross-sectionalareaoflongissimusdorsimusclefiberofdifferentmonths.Thedatawereexpressedasmean±SD(n=3).*Thedifferencewassignificant(P<0.05)and**wassignificant(P<0.01)图2-2不同月龄背最长肌组织肌纤维横截面积图Fig.2-2Crosssectionalareaoflongissimusdorsimuscleindifferentmonthsage***0.005000.0010000.0015000.0020000.0025000.0030000.0035000.001月龄7月龄13月龄肌纤维横截面积（um2)
河北工程大学硕士学位论文16表3-1引物序列、退火温度及PCR产物长度Table3-1Primersequence,annealingtemperatureandPCRproductlength基因编号（NCBI）基因名称引物序列（5"-3"）产物(bp)退火温度(℃)443005GADPHF:CACCCTCAAGATTGTCAGC10760R:CAGTGGTCATAAGTCCCTCC101111554ACTC1F:GCTTCTTCCTCCTCTCTGG15360R:GCTGTTGTAAGTCGTTTCA780509MBF:CGAGTCACACGCCAACAAG10560R:GCACCGAAGTCTGAAGGAT101118027PARP2F:GCACAAATCAAGGCAGGTT14560R:TTAATGGAGGGGTACGGAG101114358PDLIM5F:TGAGGGATTGGATTTTGCG15960R:GTTTGCCTGGGATGCTTTT101107962CDC34F:CGTTTGCATCTCGATTCTC19960R:CTTGCCTTTGCTCTCTTTC101118196CA3F:TAGGACGTGAGAAGGGCGAG14760R:TGAAGGACCCGTGGTAGGTC101121015L2HGDHF:CAAGAAGTAAAGATGGGATG11260R:GAAATACGGTCTGAGTAAAGT101114798DNTTIPF:GGCAGGCAGAAGAGGAGT20860R:CGAGATCCCAACACGAAG表3-2荧光定量PCR反应体系Table3-2FluorescentquantitativePCRreactionsystem成分用量ComponentConsumption荧光染料Mix8μlROX3μl上游引物0.5μl下游引物0.5μlDNA模板1μl无酶水补足至20μl图3-1荧光定量PCR反应程序Fig.3-1FluorescentquantitativePCRreactionprocedure
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于RNA-seq数据鉴定苏姜猪肉质性状相关基因[J]. 徐盼,何鑫鑫,倪黎纲,唐子雪,杨持,朱淑斌,季鸿鸣,周春宝. 中国畜牧兽医. 2019(10)
[2]基于转录组测序的蒙古羊和杜泊羊骨骼肌热响应相关基因的筛选[J]. 曹宇,张东,芦杨,张焱如,周欢敏. 农业生物技术学报. 2019(09)
[3]饥饿和复投喂对大黄鱼（Larimichthys crocea）IGF-Ⅰ、mTOR、MyoD和MHC基因表达的影响[J]. 沈伟良,钱宝英,薛良义. 海洋与湖沼. 2019(04)
[4]能量负平衡奶牛血清的蛋白组学及生物信息学分析[J]. 孙书函,舒适,白云龙,赵畅,夏成,张洪友,徐闯. 中国兽医学报. 2019(07)
[5]陆川猪Myf5基因克隆及其在背最长肌中发育性变化表达研究[J]. 朱麒,谭家明,夏琴,瞿秋红,蒋钦杨,黄艳娜. 黑龙江畜牧兽医. 2019(11)
[6]传染性法氏囊病病毒感染DF-1细胞的转录组学分析[J]. 彭曦冉,俞天奇,张宜娜,周继勇,胡伯里. 农业生物技术学报. 2019(06)
[7]基于RNA-Seq技术筛选影响猪肌纤维性状的候选基因[J]. 成志敏,张宁芳,王媛媛,乐宝玉,张万锋,宋鹏康,郭晓红,高鹏飞,蔡春波,曹果清,李步高. 畜牧兽医学报. 2019(05)
[8]能量水平和激素对脂肪代谢酶基因的调控研究进展[J]. 张雨,施力光,荀文娟,刘强. 动物营养学报. 2019(08)
[9]寒泊羊与小尾寒羊繁殖性能及杂交效果分析[J]. 要笑蕾,陈晓勇,孙洪新,臧胜芹,杨凌,贾敬亮,敦伟涛. 江苏农业科学. 2019(04)
[10]Bioinformatics Based Therapeutic Effects of Sinomenium Acutum[J]. LI Yu-yan,ZHENG Guang,LIU Liang. Chinese Journal of Integrative Medicine. 2019(02)
博士论文
[1]FHL3与MyoD和pCREB蛋白相互作用差异调控MyHC各亚型基因表达的分子机制[D]. 张云霞.华中农业大学 2015
[2]蒙古羊全基因组测序及基于转录组分析的抗寒性状遗传基础研究[D]. 侯成林.内蒙古农业大学 2014
[3]小尾寒羊和杜泊羊臂二头肌转录组及肌球蛋白轻链基因家族结构特征分析[D]. 张春兰.山东农业大学 2014
[4]苏尼特羔羊肌内脂肪细胞分化相关因子和肌内脂肪代谢关键酶基因表达发育规律的研究[D]. 姚焰础.内蒙古农业大学 2008
硕士论文
[1]CRISPR/Cas9介导MSTN基因敲除绵羊制备[D]. 汤贝贝.扬州大学 2016
[2]兔卵巢数字基因表达谱的构建及繁殖相关基因的筛选[D]. 冯雪.河南农业大学 2014
[3]小尾寒羊肌肉组织学和理化性状的研究[D]. 郑永静.河北农业大学 2008
[4]湖羊羔羊不同部位肌肉肌内脂肪沉积相关基因表达的发育性变化研究[D]. 乔永.南京农业大学 2007
本文编号：2959650
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