狐狸毛色差异表达基因筛选及功能研究

发布时间：2021-01-08 06:03

　　狐狸分为狐属和北极狐属,毛色多样,筛选毛色调控基因和研究基因表达有利于揭示狐狸毛色形成和变异机制,推动毛皮动物养殖和分子育种进展。本研究运用RNA-seq技术测定了5个狐种（北极蓝狐、北极白狐、赤狐、白银狐和银十字狐）的序列,经数据处理和长序列聚类后,获得了378741条All-unigenes,总长度为288149813nt,平均长度为761nt,N50为1530nt。经过功能分类和通路分析,在KEGG黑色素生成（Melanogenesis）通路中标注出与狐狸毛色相关的基因有MC1R、Agouti和MITF等共计34个。然后针对黑色素生成（Melanogenesis）通路中3个差异表达基因（MITF、MC1R和Agouti）,以及2个转录组结果中表达量差异倍数较大且在其它物种上已经验证对毛色影响较大的基因（CBD103和PMEL）用实时荧光定量PCR技术进行了验证。高通量测序结果表明,MITF和Agouti等基因均为下调表达基因;MC1R、和PMEL等基因在赤狐中表达高于其他狐种。荧光定量PCR结果表明,5个基因在2种北极狐的不同组织（皮肤、心、肝、脾、肺、肾和肌肉）中均有表达,且在... 

【文章来源】：河北科技师范学院河北省

【文章页数】：62 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

狐属狐：赤狐（左上）、白银狐（右上）、银十字狐（左下）和银黑狐（右下）

第二章材料与方法9图2-2北极狐属狐：北极蓝狐（左）和北极白狐（右）Figure2-2Alopexlagopusfoxes:Arcticbluefox（Left）andArcticwhitefox（Right）2.1.1转录组测序的狐狸样品赤狐、白银狐、银十字狐、北极蓝狐和北极白狐（8月龄公狐狸）的皮肤样取自河北省秦皇岛市昌黎县金岛“狐、貉、貂育种潮。每个毛色狐种各取3只，每个皮肤样本（2cm×2cm）从体侧部收集，快速采集皮肤组织样于液氮中，低温运送到实验室-80℃冰箱中保存，备用。2.1.2基因验证的狐狸样品北极白狐和北极蓝狐（8月龄公狐狸）的皮肤、心脏、肝脏、肺脏、肾脏、脾脏和肌肉7个组织样品及赤狐和银黑狐（8月龄公狐狸）的皮肤组织样取自河北省秦皇岛市隆育养殖有限公司，试验狐狸为发育良好、体重相近，均为成年狐狸，每个毛色狐种各取3只，采集各组织样于液氮罐中，低温运输到实验室-80℃冰箱保存，备用。2.1.3主要试验试剂及配制1.实验试剂本试验所使用的试剂均购自生物试剂公司，主要的试剂信息见表2-1。2.试剂配制试剂配制方法均参考《分子克隆实验指南》[64]。（1）100mL0.85%生理盐水：用千分之一精密电子秤称取0.850g的固体

第二章材料与方法13去除N比例大于5%的reads，（3）去除低质量reads；（4）获得合格cleanreads。使用Trinity软件[66]将高质量cleanreads组装，通过去冗余和进一步拼接后，再对这些序列进行同源转录本聚类，得到最终的unigenes，组装步骤见图2-4。图2-3狐狸转录组测序实验流程Figure2-1TranscriptomeSequencingExperimentFlowofFox图2-4组装步骤图Figure2-2Assemblysteps4.Unigene功能注释


本文编号：2964060