基于SSR标记及mt DNA序列的塔里木裂腹鱼群体遗传多样性分析
发布时间：2021-01-31 22:21
塔里木裂腹鱼（Schizothorax biddulphi）是仅存在于新疆塔里木河水系的特有鱼类,由于种群数目急剧下降,目前已处于濒危状态。鉴于此,掌握塔里木裂腹鱼的群体遗传结构、亲缘关系、历史动态和遗传多样性等方面的特征就很有必要。本实验选用车尔臣河、克孜勒河和阿克苏河3个塔里木裂腹鱼群体作为研究对象,运用SSR标记以及线粒体DNA的COII和ND4基因序列对塔里木裂腹鱼进行遗传多样性分析,为合理开发和利用塔里木裂腹鱼遗传资源以及建立和保护其种质资源提供一定的科学依据。主要研究结果如下:1塔里木裂腹鱼基因组微卫星特征及SSR标记的开发通过MISA软件对塔里木裂腹鱼基因组中的微卫星重复序列进行搜索,在558,993个Unigene中共检测到743,118条微卫星序列,主要有单、二、三、四、五和六核苷酸重复的微卫星类型。在微卫星的序列中,序列数目最多的是二核苷酸重复单元,达到总数的42.74%,其次为单核苷酸重复单元（39.07%）,五、六核苷酸重复类型的SSR含量较少,仅占0.92%和0.24%。在二核苷酸重复中,以AC/TG含量最多,占30.02%,此外,塔里木裂腹鱼微卫星核苷酸重复...
【文章来源】：塔里木大学新疆维吾尔自治区
【文章页数】：95 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
微卫星不同核苷酸类型的重复次数Fig.2-1Thenumberofrepeatsofdifferentnucleotidetypesinamicrosatellite
塔里木大学硕士学位论文第2章塔里木裂腹鱼基因组微卫星特征及SSR标记的开发20重复次数分别为55.16、35.74、20.89、38.75、47.98和23.05，其中单核苷酸重复的次数是最高的，其次是五核苷酸重复，而三核苷酸的重复次数最少。整体上反映了所开发的塔里木裂腹鱼基因组微卫星随着核苷酸数的增加，重复次数呈现出先减后增再减的趋势。图2-1微卫星不同核苷酸类型的重复次数Fig.2-1Thenumberofrepeatsofdifferentnucleotidetypesinamicrosatellite核苷酸重复次数的变化也将直接影响微卫星的长度变化。塔里木裂腹鱼SSR序列长度变化范围是10~988bp，不同的类型SSR长度的变化范围很大。从图2-2中可以看出，长度为12bp的SSR所占比例最大，达16.4%，其次是长度为10bp的SSR，占15.4%，大于等于31bp的SSR比例为10.7%，但长度为29bp的SSR所占比例几乎为0。图2-2塔里木裂腹鱼基因组不同长度微卫星出现频率Fig.2-2Frequencyofmicrosatellitesindifferentlength微卫星长度的变异情况直接揭示了微卫星获得或失去重复单元速率的快慢程度。不
塔里木大学硕士学位论文第2章塔里木裂腹鱼基因组微卫星特征及SSR标记的开发23f六核苷酸重复SSRfHexanucleotiderepeatSSR图2-3不同长度重复单元微卫星变异情况Fig.2-3Lengthdiversificationofthemicrosatellite2.2.4基因组DNA的提取提取的塔里木裂腹鱼基因组DNA经1%的琼脂糖凝胶电泳检测，结果显示，除个别个体以外，所提取的DNA主带清晰（见图2-4），经过核酸蛋白检测仪检测，每个个体的OD值（A260/280）在1.8-2.0之间（见表2-3），表明DNA提取完整，未发生严重降解，可用于后续实验。泳道Marker：DNA标准分子量DL2000，泳道1-4：4个不同样品基因组DNA图2-4部分样品基因组DNA电泳图LaneMarker:DNAmolecularweightstandardsDL2000;Lane1-4:FourdifferentsamplesofgenomicDNAFig.2-4DNAforpartofthesamples
【参考文献】：
期刊论文
[1]6个巨魾群体线粒体ND4基因碱基序列多样性分析[J]. 杜民,李娜,牛宝珍,周亚,陈春丽,文天仙,王兴龙. 大连海洋大学学报. 2020(01)
[2]短须裂腹鱼仔稚鱼发育及生长特性的初步研究[J]. 黄俊,朱挺兵,杨德国,吴兴兵,柴毅. 水生态学杂志. 2019(06)
[3]新疆车尔臣河塔里木裂腹鱼形态学特征[J]. 杨志军,曹希全,魏杰,任永丽,聂竹兰. 江苏农业科学. 2019(20)
[4]人工繁殖齐口裂腹鱼胚胎及仔鱼发育观察[J]. 张建明,姜伟. 西南农业学报. 2019(09)
[5]西藏黑斑原两个野生群体的形态差异[J]. 潘瑛子,刘海平,朱挺兵. 中国水产科学. 2019(05)
[6]齐口裂腹鱼苗种培育及其苗种生长特性分析[J]. 张建明,姜华,田甜,姜伟. 南方农业学报. 2019(09)
[7]基于Cyt b基因的雅鲁藏布江下游墨脱江段及察隅河墨脱裂腹鱼的遗传多样性及种群历史动态分析[J]. 俞丹,张智,张健,林鹏程,熊淑蓉,唐芬莲,刘焕章. 水生生物学报. 2019(05)
[8]宽口裂腹鱼体长-体质量关系和肥满度[J]. 曹希全,李艳慧,魏杰,聂竹兰,杨志军. 西北农业学报. 2019(08)
[9]甘肃省3种裂腹鱼遗传多样性与地理种群分化[J]. 娄晋铭,张智,王太,高坚. 华中农业大学学报. 2019(04)
[10]13月龄养殖齐口裂腹鱼形态性状与体质量的关系[J]. 杨月静,向梦斌,刘庭,戴炳龙,罗辉,叶华. 河南农业科学. 2019(06)
博士论文
[1]大菱鲆（Turbot）微卫星标记的筛选与应用[D]. 阮晓红.中国海洋大学 2009
硕士论文
[1]基于SLAF-seq技术的弧唇裂腹鱼SNP位点开发及群体遗传学分析[D]. 马海鑫.华中农业大学 2019
[2]基于耳石微结构的澜沧江光唇裂腹鱼产卵时间和仔鱼生长研究[D]. 孙洁.云南大学 2018
[3]短须裂腹鱼仔稚鱼个体发育和摄食生态学研究[D]. 黄俊.长江大学 2018
[4]短须裂腹鱼繁殖行为生态学研究[D]. 颜文斌.上海海洋大学 2016
[5]齐口裂腹鱼鱼肉品质及脂质代谢相关基因表达量的研究分析[D]. 唐玉洁.四川农业大学 2014
本文编号：3011678
【文章来源】：塔里木大学新疆维吾尔自治区
【文章页数】：95 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
微卫星不同核苷酸类型的重复次数Fig.2-1Thenumberofrepeatsofdifferentnucleotidetypesinamicrosatellite
塔里木大学硕士学位论文第2章塔里木裂腹鱼基因组微卫星特征及SSR标记的开发20重复次数分别为55.16、35.74、20.89、38.75、47.98和23.05，其中单核苷酸重复的次数是最高的，其次是五核苷酸重复，而三核苷酸的重复次数最少。整体上反映了所开发的塔里木裂腹鱼基因组微卫星随着核苷酸数的增加，重复次数呈现出先减后增再减的趋势。图2-1微卫星不同核苷酸类型的重复次数Fig.2-1Thenumberofrepeatsofdifferentnucleotidetypesinamicrosatellite核苷酸重复次数的变化也将直接影响微卫星的长度变化。塔里木裂腹鱼SSR序列长度变化范围是10~988bp，不同的类型SSR长度的变化范围很大。从图2-2中可以看出，长度为12bp的SSR所占比例最大，达16.4%，其次是长度为10bp的SSR，占15.4%，大于等于31bp的SSR比例为10.7%，但长度为29bp的SSR所占比例几乎为0。图2-2塔里木裂腹鱼基因组不同长度微卫星出现频率Fig.2-2Frequencyofmicrosatellitesindifferentlength微卫星长度的变异情况直接揭示了微卫星获得或失去重复单元速率的快慢程度。不
塔里木大学硕士学位论文第2章塔里木裂腹鱼基因组微卫星特征及SSR标记的开发23f六核苷酸重复SSRfHexanucleotiderepeatSSR图2-3不同长度重复单元微卫星变异情况Fig.2-3Lengthdiversificationofthemicrosatellite2.2.4基因组DNA的提取提取的塔里木裂腹鱼基因组DNA经1%的琼脂糖凝胶电泳检测，结果显示，除个别个体以外，所提取的DNA主带清晰（见图2-4），经过核酸蛋白检测仪检测，每个个体的OD值（A260/280）在1.8-2.0之间（见表2-3），表明DNA提取完整，未发生严重降解，可用于后续实验。泳道Marker：DNA标准分子量DL2000，泳道1-4：4个不同样品基因组DNA图2-4部分样品基因组DNA电泳图LaneMarker:DNAmolecularweightstandardsDL2000;Lane1-4:FourdifferentsamplesofgenomicDNAFig.2-4DNAforpartofthesamples
【参考文献】：
期刊论文
[1]6个巨魾群体线粒体ND4基因碱基序列多样性分析[J]. 杜民,李娜,牛宝珍,周亚,陈春丽,文天仙,王兴龙. 大连海洋大学学报. 2020(01)
[2]短须裂腹鱼仔稚鱼发育及生长特性的初步研究[J]. 黄俊,朱挺兵,杨德国,吴兴兵,柴毅. 水生态学杂志. 2019(06)
[3]新疆车尔臣河塔里木裂腹鱼形态学特征[J]. 杨志军,曹希全,魏杰,任永丽,聂竹兰. 江苏农业科学. 2019(20)
[4]人工繁殖齐口裂腹鱼胚胎及仔鱼发育观察[J]. 张建明,姜伟. 西南农业学报. 2019(09)
[5]西藏黑斑原两个野生群体的形态差异[J]. 潘瑛子,刘海平,朱挺兵. 中国水产科学. 2019(05)
[6]齐口裂腹鱼苗种培育及其苗种生长特性分析[J]. 张建明,姜华,田甜,姜伟. 南方农业学报. 2019(09)
[7]基于Cyt b基因的雅鲁藏布江下游墨脱江段及察隅河墨脱裂腹鱼的遗传多样性及种群历史动态分析[J]. 俞丹,张智,张健,林鹏程,熊淑蓉,唐芬莲,刘焕章. 水生生物学报. 2019(05)
[8]宽口裂腹鱼体长-体质量关系和肥满度[J]. 曹希全,李艳慧,魏杰,聂竹兰,杨志军. 西北农业学报. 2019(08)
[9]甘肃省3种裂腹鱼遗传多样性与地理种群分化[J]. 娄晋铭,张智,王太,高坚. 华中农业大学学报. 2019(04)
[10]13月龄养殖齐口裂腹鱼形态性状与体质量的关系[J]. 杨月静,向梦斌,刘庭,戴炳龙,罗辉,叶华. 河南农业科学. 2019(06)
博士论文
[1]大菱鲆（Turbot）微卫星标记的筛选与应用[D]. 阮晓红.中国海洋大学 2009
硕士论文
[1]基于SLAF-seq技术的弧唇裂腹鱼SNP位点开发及群体遗传学分析[D]. 马海鑫.华中农业大学 2019
[2]基于耳石微结构的澜沧江光唇裂腹鱼产卵时间和仔鱼生长研究[D]. 孙洁.云南大学 2018
[3]短须裂腹鱼仔稚鱼个体发育和摄食生态学研究[D]. 黄俊.长江大学 2018
[4]短须裂腹鱼繁殖行为生态学研究[D]. 颜文斌.上海海洋大学 2016
[5]齐口裂腹鱼鱼肉品质及脂质代谢相关基因表达量的研究分析[D]. 唐玉洁.四川农业大学 2014
本文编号：3011678
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