傻松口蘑线粒体基因组的注释分析及与近缘物种的比较
发布时间：2021-02-27 14:53
线粒体DNA（mtDNA）独立于核基因组进行复制转录,具有极高的专一性和独特性,是进行分类与鉴定的重要标记。傻松口蘑作为松口蘑的取代产品备受关注,合理地开发利用傻松口蘑这一珍贵的野生资源意义深远。到目前为止,尚无傻松口蘑线粒体基因组的报道。本文以采自辽宁的一株傻松口蘑（Tricholoma bakamatsutake）菌株为研究对象,通过高通量测序组装线粒体基因组,并进行注释分析。选取NCBI已发表的4个近缘物种,即Tricholoma matsutake、Laccaria amethystina、Laccaria bicolor以及Desarmillaria tabescens的基因组序列与傻松口蘑进行比较,并根据标准蛋白编码基因进行系统发育分析。傻松口蘑的线粒体基因组全长122565 bp,包含了2个核糖体RNA（rnl、rns）、29个转运RNA（tRNA）、14个标准蛋白编码基因（PCGs）、1个rps3以及13个基因间区开放阅读框（ORF）。该线粒体基因组AT含量高达78.5%,符合真菌线粒体基因组高AT含量的特征。标准蛋白编码基因PCGs的起始密码子除cox1是以GTG起始...
【文章来源】：山西大学山西省
【文章页数】：51 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
傻松口蘑线粒体基因组环状图
傻松口蘑线粒体基因组的注释分析及与近缘物种的比较20苏氨酸的tRNA-Ile、tRNA-Ser、tRNA-Trp、tRNA-Met均有2个拷贝基因，其余15个tRNA分别对应一个拷贝基因。图2.2傻松口蘑线粒体基因组密码子使用情况及碱基组成Figure2.2CodonusageandbasecompositionofthemitochondrialgenomeofTricholomabakamatsutake2.3.7基因间隔与重复序列在傻松口蘑线粒体基因组中，基因间隔范围为0-3124bp；基因nad2和nad3，nad4L和nad5基因之间都有1bp的重叠，即有1个碱基共用。nad2基因的终止密码子TAA的最后一个碱基A正是nad3起始密码子ATG的第一个碱基A；nad5起始密码子ATG的第一个碱基A是nad4L终止密码子TAA的最后一个碱基。2.4小结(1)傻松口蘑线粒体基因组全长为122565bp，包含14个PCGs、2个rRNA、29个tRNA，rps3以及13个独立的ORF，基因间隔区序列较长，无长片段的重复。(2)傻松口蘑线粒体基因组28个内含子分布于7个基因中。nad4-i1、cob-i6、cox2-i1以及核糖体大亚基rnl-i4中未发现ORF，显示出序列退化的特征。(3)傻松口蘑mtDNA序列碱基组成、密码子使用和氨基酸组成均具有偏好性。
傻松口蘑线粒体基因组的注释分析及与近缘物种的比较26Laccariabicolor以及Desarmillariatabescens分别包含13个、5个、4个、8个以及9个ORF，将这些ORF序列进行单独抽调，通过NCBI进行BLASTN分析，结果可以证明ORF只是单独存在于各个线粒体基因组中对应的基因中，序列未发现具有高相似性。3.3.7氨基酸组成对5个近缘物种的线粒体基因组编码蛋白的氨基酸使用情况进行详细统计，结果如图3.1所示。将编码蛋白的氨基酸种类作比对分析，5个真菌均使用了20种氨基酸，对亮氨酸、异亮氨酸、苯丙氨酸、丝氨酸以及酪氨酸的使用频率都很高，对于天冬酰胺的较高使用频率则出现在Tricholomabakamatsutake、Tricholomamatsutake、Laccariaamethystina中，不是普遍现象；其余的氨基酸使用频率相对较低。值得注意的是，Tricholomabakamatsutake与Tricholomamatsutake对于氨基酸的使用频率的排序较一致，由此推断Tricholomabakamatsutake与Tricholomamatsutake的亲缘关系可能更相近。图3.15个近缘物种线粒体基因组中氨基酸组成Figure3.1AminoacidcompositioninthemitochondrialgenomeoffiveRelatedspecies
【参考文献】：
期刊论文
[1]担子菌类食用菌交配型位点结构的研究进展[J]. 鲍大鹏. 菌物学报. 2019(12)
[2]栎松口蘑研究进展[J]. 邓正正. 农业科技与装备. 2019(02)
[3]四个口蘑科真菌形态学及rDNA-ITS测序鉴定[J]. 田慧敏,王秀艳,尹元,吕晓娜,李晓东. 湖北农业科学. 2019(02)
[4]真菌线粒体基因组大小变化[J]. 杨丹,米飞,董建勇,张云润,吴金燕. 安徽农业科学. 2016(01)
[5]假松口蘑的SCAR特异性分子标记[J]. 兰西,吴松权,金美玉,全雪丽. 江苏农业学报. 2015(04)
[6]松口蘑与栎松口蘑子实体营养成分比较[J]. 全雪丽,王焕军,石铁源,张美淑. 食用菌. 2007(02)
[7]线粒体与细胞凋亡[J]. 樊廷俊,夏兰,韩贻仁. 生物化学与生物物理学报. 2001(01)
[8]线粒体DNA和人类进化[J]. 姚永刚,张亚平. 动物学研究. 2000(05)
博士论文
[1]长白山区松口蘑种群生物学特征及其开发利用[D]. 全雪丽.东北林业大学 2006
硕士论文
[1]洛斯里被毛孢线粒体基因组的测序及序列分析[D]. 闫倩倩.山西大学 2018
[2]罗伯茨绿僵菌线粒体基因组的测序及注释分析[D]. 贾世杰.山西大学 2018
[3]膨大弯颈霉基因组进化及交配型基因的初步研究[D]. 杨晓青.山西大学 2018
[4]蛹虫草遗传分化及线粒体遗传稳定性初步研究[D]. 赵宇翔.山西大学 2017
[5]担子菌代表性物种线粒体基因组内含子分析及暗褐网柄牛肝菌线粒体基因组研究[D]. 杨丹.云南大学 2016
[6]低温真菌线粒体基因组测序及注释分析[D]. 霍丽琴.山西大学 2015
[7]真菌线粒体cob中LAGLIDADG归巢内切酶进化分析[D]. 陈志刚.西北农林科技大学 2013
本文编号：3054394
【文章来源】：山西大学山西省
【文章页数】：51 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
傻松口蘑线粒体基因组环状图
傻松口蘑线粒体基因组的注释分析及与近缘物种的比较20苏氨酸的tRNA-Ile、tRNA-Ser、tRNA-Trp、tRNA-Met均有2个拷贝基因，其余15个tRNA分别对应一个拷贝基因。图2.2傻松口蘑线粒体基因组密码子使用情况及碱基组成Figure2.2CodonusageandbasecompositionofthemitochondrialgenomeofTricholomabakamatsutake2.3.7基因间隔与重复序列在傻松口蘑线粒体基因组中，基因间隔范围为0-3124bp；基因nad2和nad3，nad4L和nad5基因之间都有1bp的重叠，即有1个碱基共用。nad2基因的终止密码子TAA的最后一个碱基A正是nad3起始密码子ATG的第一个碱基A；nad5起始密码子ATG的第一个碱基A是nad4L终止密码子TAA的最后一个碱基。2.4小结(1)傻松口蘑线粒体基因组全长为122565bp，包含14个PCGs、2个rRNA、29个tRNA，rps3以及13个独立的ORF，基因间隔区序列较长，无长片段的重复。(2)傻松口蘑线粒体基因组28个内含子分布于7个基因中。nad4-i1、cob-i6、cox2-i1以及核糖体大亚基rnl-i4中未发现ORF，显示出序列退化的特征。(3)傻松口蘑mtDNA序列碱基组成、密码子使用和氨基酸组成均具有偏好性。
傻松口蘑线粒体基因组的注释分析及与近缘物种的比较26Laccariabicolor以及Desarmillariatabescens分别包含13个、5个、4个、8个以及9个ORF，将这些ORF序列进行单独抽调，通过NCBI进行BLASTN分析，结果可以证明ORF只是单独存在于各个线粒体基因组中对应的基因中，序列未发现具有高相似性。3.3.7氨基酸组成对5个近缘物种的线粒体基因组编码蛋白的氨基酸使用情况进行详细统计，结果如图3.1所示。将编码蛋白的氨基酸种类作比对分析，5个真菌均使用了20种氨基酸，对亮氨酸、异亮氨酸、苯丙氨酸、丝氨酸以及酪氨酸的使用频率都很高，对于天冬酰胺的较高使用频率则出现在Tricholomabakamatsutake、Tricholomamatsutake、Laccariaamethystina中，不是普遍现象；其余的氨基酸使用频率相对较低。值得注意的是，Tricholomabakamatsutake与Tricholomamatsutake对于氨基酸的使用频率的排序较一致，由此推断Tricholomabakamatsutake与Tricholomamatsutake的亲缘关系可能更相近。图3.15个近缘物种线粒体基因组中氨基酸组成Figure3.1AminoacidcompositioninthemitochondrialgenomeoffiveRelatedspecies
【参考文献】：
期刊论文
[1]担子菌类食用菌交配型位点结构的研究进展[J]. 鲍大鹏. 菌物学报. 2019(12)
[2]栎松口蘑研究进展[J]. 邓正正. 农业科技与装备. 2019(02)
[3]四个口蘑科真菌形态学及rDNA-ITS测序鉴定[J]. 田慧敏,王秀艳,尹元,吕晓娜,李晓东. 湖北农业科学. 2019(02)
[4]真菌线粒体基因组大小变化[J]. 杨丹,米飞,董建勇,张云润,吴金燕. 安徽农业科学. 2016(01)
[5]假松口蘑的SCAR特异性分子标记[J]. 兰西,吴松权,金美玉,全雪丽. 江苏农业学报. 2015(04)
[6]松口蘑与栎松口蘑子实体营养成分比较[J]. 全雪丽,王焕军,石铁源,张美淑. 食用菌. 2007(02)
[7]线粒体与细胞凋亡[J]. 樊廷俊,夏兰,韩贻仁. 生物化学与生物物理学报. 2001(01)
[8]线粒体DNA和人类进化[J]. 姚永刚,张亚平. 动物学研究. 2000(05)
博士论文
[1]长白山区松口蘑种群生物学特征及其开发利用[D]. 全雪丽.东北林业大学 2006
硕士论文
[1]洛斯里被毛孢线粒体基因组的测序及序列分析[D]. 闫倩倩.山西大学 2018
[2]罗伯茨绿僵菌线粒体基因组的测序及注释分析[D]. 贾世杰.山西大学 2018
[3]膨大弯颈霉基因组进化及交配型基因的初步研究[D]. 杨晓青.山西大学 2018
[4]蛹虫草遗传分化及线粒体遗传稳定性初步研究[D]. 赵宇翔.山西大学 2017
[5]担子菌代表性物种线粒体基因组内含子分析及暗褐网柄牛肝菌线粒体基因组研究[D]. 杨丹.云南大学 2016
[6]低温真菌线粒体基因组测序及注释分析[D]. 霍丽琴.山西大学 2015
[7]真菌线粒体cob中LAGLIDADG归巢内切酶进化分析[D]. 陈志刚.西北农林科技大学 2013
本文编号：3054394
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