我国首个LSDV分离株P32、GPCR和RPO30基因克隆及其遗传演化关系与蛋白结构分析
发布时间：2021-04-05 14:53
牛结节性皮肤病（Lumpy skin disease,LSD）是由牛结节性皮肤病病毒（Lumpy skin disease virus,LSDV）感染牛,而引起的一种急性、亚急性的牛病毒性传染病,以发烧（40℃以上）、多个部位出现皮肤结节、浅表淋巴结肿大等为主要临床症状,还会伴有产奶量下降、流产、死胎、暂时性或永久性不育甚至死亡等严重后果,是严重影响我国畜牧业发展的一种外来病。近年来,随着LSD不断在世界其他地区的暴发和流行,该病于2019年8月在我国新疆伊犁哈萨克自治州首次大规模暴发。由于我国之前缺乏LSDV病原学和分子生物学的相关研究,本研究以中国农业科学院兰州兽医研究所分离、保存的LSDV/Xinjiang/2019株为研究对象,对其P32、GPCR、RPO30全长基因进行克隆和测序,并与国外其他分离毒株的进行遗传演化关系及结构特征分析。目的:1.通过对LSDV/Xinjiang/2019分离株的P32、GPCR、RPO30基因进行遗传进化分析,为LSDV的追踪溯源提供参考依据。2.通过对LSDV/Xinjiang/2019株的P32、GPCR、RPO30基因所编码蛋白质进行生物...
【文章来源】：兰州大学甘肃省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：62 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
LSDV/Xinjiang/2019分离株P32，GPCR和RPO30基因的PCR扩增
兰州大学硕士学位论文我国首个LSDV分离株P32、GPCR和RPO30基因克隆及其遗传演化关系与蛋白结构分析21图2.2LSDV/Xinjiang/2019株与其他分离株P32核苷酸同源性比较Fig2.2ComparisonofnucleotideconsistencyofP32amongLSDV/Xinjiang/2019andotherisolates（2）GPCR基因核苷酸同源性分析结果利用BLAST工具对LSDV/Xinjiang/2019株的GPCR基因核苷酸序列（GenBankID：MN598006）进行比对分析，从中筛选了15株国内外已公布的其他CaPV毒株（见下表2.8）；利用MegAlin分析工具对这些不同毒株的GPCR基因做核苷酸同源性比较分析，结果如图2.3所示，LSDV/Xinjiang/2019株的GPCR基因与其他CaPV分离株的核苷酸同源性为95.8%~99.2%，与LSDVRussia/2018株（MK358808）同源性较高，为99.2%；相比之下，LSDV/Xinjiang/2019株与Yemen/1983株（FJ869362）、Metekel/001/2010株（KP663705）这两GTPV分离株的同源性则较低，分别为95.9%、95.8%。表2.8用于LSDVGPCR基因序列分析的参考序列Table2.8SequenceanalysisindifferentstrainsofLSDVGPCRgeneGenBank登录号毒株名称MN598006LSDVXinjiang/2019MK358808LSDVRussia/2018MH029290LSDVRussia/2017MK302071LSDVEmbu/B338/2011MK302087LSDVHoleta/B9/2008KY595106LSDVRussia/2015FJ869352LSDVBurkinaFasoFJ869369LSDVSudan/2006MF156211LSDVEgypt/VRLCU/2014
兰州大学硕士学位论文我国首个LSDV分离株P32、GPCR和RPO30基因克隆及其遗传演化关系与蛋白结构分析22续表2.8用于LSDVGPCR基因序列分析的参考序列KP663707LSDVMojo/B02/2011FJ869365LSDVNigerIbetecene/2009MF156212LSDVEgyptVRLCU-2/2014KP071936LSDVEgypt/2011FJ869353GTPVBurkinaBenogo3A/2009FJ869362GTPVYemen/1983KP663705GTPVMetekel/001/2010图2.3LSDV/Xinjiang/2019株与其他分离株GPCR核苷酸同源性比较Fig2.3ComparisonofnucleotideconsistencyofGPCRamongLSDV/Xinjiang/2019andotherisolates（3）RPO30基因核苷酸同源性分析结果将LSDV/Xinjiang/2019株的RPO30基因核苷酸序列（GenBankID：MN598007）通过BLAST比对分析，从GenBank数据库中选取12株已公布的CaPV其他毒株RPO30基因核苷酸序列（见下表2.9），利用MegAlign分析软件对其做核苷酸同源性比较，结果如图2.4所示，LSDV/Xinjiang/2019株的RPO30基因与其他CaPV分离株的核苷酸同源性为93.7%~99.7%，与LSDVSouthAfrica/1954株（GU119937）同源性最高，为99.7%；与来自我国的两株SPPV分离株（MG458364和JQ310673）相比则同源性较低，均为93.7%。
【参考文献】：
期刊论文
[1]我国首例牛结节性皮肤病的紧急流行病学调查[J]. 刘平,李金明,陈荣贵,程子瑞,施远翔,包苏雅拉图,孙向东. 中国动物检疫. 2020(01)
[2]新型鸭呼肠孤病毒QY株σB蛋白基因特征、二级结构预测及其细胞抗原表位分析[J]. 吴阳开,范文胜,张雪莲,李智丽,郭锦玥,李文锋,黄淑坚. 中国畜牧兽医. 2019(10)
[3]牛结节性皮肤病的流行现状与传播特征及其我国的防控策略[J]. 景志忠,贾怀杰,陈国华,何小兵,房永祥,王国蒨,陈思睿,杨帆,吕彦蓉,Takele Tesgera HURISA,殷宏. 中国兽医科学. 2019(10)
[4]牛结节性皮肤病预警信息与风险管理[J]. 孙映雪,Tsviatko Alexandrov,宋建德,郑雪光,魏荣,陈继明. 中国动物检疫. 2019(04)
[5]山胡椒LgCMK基因克隆与生物信息学预测分析[J]. 张金松,林子欣,胡锦赫,安基永,王佳,林善枝. 分子植物育种. 2020(07)
[6]牛结节性皮肤病病毒野毒株TaqMan-MGB荧光定量PCR检测方法的建立[J]. 聂福平,孟向阁,王昱,杨俊,李贤良,王国民,韩雪清,李应国,侯长军. 中国兽医科学. 2019(04)
[7]奶牛常见的传染性乳头疾病[J]. 许殿洪. 畜牧兽医科技信息. 2018(08)
[8]2013-2016年全球牛结节性皮肤病流行状况分析[J]. 袁丽萍,宋建德. 中国动物检疫. 2017(09)
[9]2015—2016年欧洲牛结节性皮肤病流行状况分析[J]. 袁丽萍,宋建德. 中国动物检疫. 2017(08)
[10]禽呼肠孤病毒σB和σC蛋白二级结构及其细胞抗原表位预测[J]. 黄莉,谢芝勋,谢丽基,邓显文,谢志勤,范晴,罗思思,黄娇玲,曾婷婷,张艳芳,王盛. 中国畜牧兽医. 2016(11)
硕士论文
[1]绵羊痘病毒GY株的分离鉴定及靶向其RNA聚合酶基因siRNA的筛选[D]. 王曼.中国农业科学院 2015
[2]羊痘病毒属病毒的基因芯片检测方法研究[D]. 丁森.重庆理工大学 2012
本文编号：3119839
【文章来源】：兰州大学甘肃省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：62 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
LSDV/Xinjiang/2019分离株P32，GPCR和RPO30基因的PCR扩增
兰州大学硕士学位论文我国首个LSDV分离株P32、GPCR和RPO30基因克隆及其遗传演化关系与蛋白结构分析21图2.2LSDV/Xinjiang/2019株与其他分离株P32核苷酸同源性比较Fig2.2ComparisonofnucleotideconsistencyofP32amongLSDV/Xinjiang/2019andotherisolates（2）GPCR基因核苷酸同源性分析结果利用BLAST工具对LSDV/Xinjiang/2019株的GPCR基因核苷酸序列（GenBankID：MN598006）进行比对分析，从中筛选了15株国内外已公布的其他CaPV毒株（见下表2.8）；利用MegAlin分析工具对这些不同毒株的GPCR基因做核苷酸同源性比较分析，结果如图2.3所示，LSDV/Xinjiang/2019株的GPCR基因与其他CaPV分离株的核苷酸同源性为95.8%~99.2%，与LSDVRussia/2018株（MK358808）同源性较高，为99.2%；相比之下，LSDV/Xinjiang/2019株与Yemen/1983株（FJ869362）、Metekel/001/2010株（KP663705）这两GTPV分离株的同源性则较低，分别为95.9%、95.8%。表2.8用于LSDVGPCR基因序列分析的参考序列Table2.8SequenceanalysisindifferentstrainsofLSDVGPCRgeneGenBank登录号毒株名称MN598006LSDVXinjiang/2019MK358808LSDVRussia/2018MH029290LSDVRussia/2017MK302071LSDVEmbu/B338/2011MK302087LSDVHoleta/B9/2008KY595106LSDVRussia/2015FJ869352LSDVBurkinaFasoFJ869369LSDVSudan/2006MF156211LSDVEgypt/VRLCU/2014
兰州大学硕士学位论文我国首个LSDV分离株P32、GPCR和RPO30基因克隆及其遗传演化关系与蛋白结构分析22续表2.8用于LSDVGPCR基因序列分析的参考序列KP663707LSDVMojo/B02/2011FJ869365LSDVNigerIbetecene/2009MF156212LSDVEgyptVRLCU-2/2014KP071936LSDVEgypt/2011FJ869353GTPVBurkinaBenogo3A/2009FJ869362GTPVYemen/1983KP663705GTPVMetekel/001/2010图2.3LSDV/Xinjiang/2019株与其他分离株GPCR核苷酸同源性比较Fig2.3ComparisonofnucleotideconsistencyofGPCRamongLSDV/Xinjiang/2019andotherisolates（3）RPO30基因核苷酸同源性分析结果将LSDV/Xinjiang/2019株的RPO30基因核苷酸序列（GenBankID：MN598007）通过BLAST比对分析，从GenBank数据库中选取12株已公布的CaPV其他毒株RPO30基因核苷酸序列（见下表2.9），利用MegAlign分析软件对其做核苷酸同源性比较，结果如图2.4所示，LSDV/Xinjiang/2019株的RPO30基因与其他CaPV分离株的核苷酸同源性为93.7%~99.7%，与LSDVSouthAfrica/1954株（GU119937）同源性最高，为99.7%；与来自我国的两株SPPV分离株（MG458364和JQ310673）相比则同源性较低，均为93.7%。
【参考文献】：
期刊论文
[1]我国首例牛结节性皮肤病的紧急流行病学调查[J]. 刘平,李金明,陈荣贵,程子瑞,施远翔,包苏雅拉图,孙向东. 中国动物检疫. 2020(01)
[2]新型鸭呼肠孤病毒QY株σB蛋白基因特征、二级结构预测及其细胞抗原表位分析[J]. 吴阳开,范文胜,张雪莲,李智丽,郭锦玥,李文锋,黄淑坚. 中国畜牧兽医. 2019(10)
[3]牛结节性皮肤病的流行现状与传播特征及其我国的防控策略[J]. 景志忠,贾怀杰,陈国华,何小兵,房永祥,王国蒨,陈思睿,杨帆,吕彦蓉,Takele Tesgera HURISA,殷宏. 中国兽医科学. 2019(10)
[4]牛结节性皮肤病预警信息与风险管理[J]. 孙映雪,Tsviatko Alexandrov,宋建德,郑雪光,魏荣,陈继明. 中国动物检疫. 2019(04)
[5]山胡椒LgCMK基因克隆与生物信息学预测分析[J]. 张金松,林子欣,胡锦赫,安基永,王佳,林善枝. 分子植物育种. 2020(07)
[6]牛结节性皮肤病病毒野毒株TaqMan-MGB荧光定量PCR检测方法的建立[J]. 聂福平,孟向阁,王昱,杨俊,李贤良,王国民,韩雪清,李应国,侯长军. 中国兽医科学. 2019(04)
[7]奶牛常见的传染性乳头疾病[J]. 许殿洪. 畜牧兽医科技信息. 2018(08)
[8]2013-2016年全球牛结节性皮肤病流行状况分析[J]. 袁丽萍,宋建德. 中国动物检疫. 2017(09)
[9]2015—2016年欧洲牛结节性皮肤病流行状况分析[J]. 袁丽萍,宋建德. 中国动物检疫. 2017(08)
[10]禽呼肠孤病毒σB和σC蛋白二级结构及其细胞抗原表位预测[J]. 黄莉,谢芝勋,谢丽基,邓显文,谢志勤,范晴,罗思思,黄娇玲,曾婷婷,张艳芳,王盛. 中国畜牧兽医. 2016(11)
硕士论文
[1]绵羊痘病毒GY株的分离鉴定及靶向其RNA聚合酶基因siRNA的筛选[D]. 王曼.中国农业科学院 2015
[2]羊痘病毒属病毒的基因芯片检测方法研究[D]. 丁森.重庆理工大学 2012
本文编号：3119839
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