三种园林观赏木本植物上的病毒鉴定和分析

发布时间：2021-05-23 00:00

　　高通量测序技术（High-throughput sequencing）又称第二代测序（Next-generation sequencing,NGS）技术,与传统病毒鉴定方法相比,具有快速、高通量、高灵敏性、非序列依赖性等特点,可以在不了解病毒的基因组信息、血清学特点及生物学特性下快速检测未知病毒,在一定程度上推进了病毒诊断研究领域的发展。本研究基于高通量测序技术对三种常见的观赏性木本植物病毒病进行了分子检测与鉴定,通过透射电镜观察、小RNA深度测序、转录组测序和RT-PCR扩增技术,确定了侵染病毒的基因组全长以及病毒种类。确定侵染京桃的病毒为Tymovirales目新提出的Gratylivirus属中的一种新病毒,命名为京桃黄斑伴随病毒（Prunus yellow spot-associated virus,PYSaV）;确定侵染丁香的病毒为Tombusviridae科的一个新病毒,命名为丁香类番茄丛矮病毒（Syringa tombus-like virus,STlV）;确定侵染东北连翘的病毒为Betaflexiviridae科Carlavirus属的水蜡A病毒（Ligustrum v... 

【文章来源】：沈阳大学辽宁省

【文章页数】：65 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
第1章 绪论
    1.1 高通量测序技术
        1.1.1 高通量测序技术在植物病毒检测中的应用
        1.1.2 基于小RNA深度测序技术检测植物病毒
        1.1.3 基于转录组测序技术检测植物病毒
    1.2 植物病毒的研究概况
    1.3 三种常见观赏木本植物与病毒病害简介
        1.3.1 京桃及京桃病毒病
        1.3.2 丁香及丁香病毒病
        1.3.3 东北连翘及东北连翘病毒病
    1.4 研究意义
    1.5 立项依据
    1.6 实验方案
第2章 京桃病毒病的分子鉴定与分析
    2.1 实验材料及试剂
        2.1.1 样品采集
        2.1.2 菌株及质粒载体
        2.1.3 生化及分子生物学试剂
        2.1.4 主要实验仪器
    2.2 基于小RNA测序结果设计引物
    2.3 实验方法
        2.3.1 病毒电镜观察
        2.3.2 植物总RNA的提取
        2.3.3 京桃上病毒的RT-PCR检测
        2.3.4 京桃病毒5′末端序列的扩增
        2.3.5 PCR产物纯化及回收
        2.3.6 DNA分子克隆
        2.3.7 重组质粒的提取及鉴定
        2.3.8 序列分析
    2.4 实验结果与分析
        2.4.1 京桃病叶样品电镜观察结果
        2.4.2 RT-PCR检测结果
        2.4.3 序列分析
    2.5 讨论
第3章 丁香病毒病的分子鉴定与分析
    3.1 实验材料
        3.1.1 样品采集
        3.1.2 菌株及载体
    3.2 基于转录组测序结果设计引物
    3.3 实验方法
        3.3.1 植物总RNA提取
        3.3.2 丁香上病毒的RT-PCR检测
        3.3.3 丁香病毒5′末端和3′末端序列的扩增
        3.3.4 PCR产物纯化及重组质粒提取鉴定
        3.3.5 序列分析
    3.4 实验结果与分析
        3.4.1 RT-PCR检测结果
        3.4.2 序列分析
    3.5 讨论
第4章 东北连翘病毒病的分子鉴定与分析
    4.1 实验材料及菌株
        4.1.1 实验材料
        4.1.2 菌株及载体
    4.2 基于转录组测序结果设计引物
    4.3 实验方法
        4.3.1 TRIzol法提取植物总RNA
        4.3.2 东北连翘上病毒的RT-PCR检测
        4.3.3 PCR产物纯化及重组质粒提取
        4.3.4 序列分析
    4.4 实验结果与分析
        4.4.1 RT-PCR检测结果
        4.4.2 序列分析
    4.5 讨论
第5章 结论
参考文献
附录A 丁香类番茄丛矮病毒序列
在学期间研究成果
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]基于高通量测序发掘番木瓜果实成熟相关miRNA[J]. 申艳红,姜涛,刘璐琪,石天磊,赵湾湾,陈晓静.  果树学报. 2019(11)
[2]利用小RNA测序技术检测贵州西番莲病毒[J]. 严佳文,袁启凤,解璞,王立娟,马玉华,王正媛.  热带作物学报. 2019(08)
[3]全长转录组测序在植物中的应用研究进展[J]. 赵陆滟,曹绍玉,龙云树,张应华,许俊强.  植物遗传资源学报. 2019(06)
[4]未知植物病毒分子生物学检测方法的研究现状[J]. 赵娜,苗艳梅,赵敏.  江苏农业学报. 2019(01)
[5]东北连翘华北连翘在大连地区生长状况比较[J]. 赵晓明,葛艳明,任鹏,崔帅.  新农业. 2019(01)
[6]高通量测序技术在植物及昆虫病毒检测中的应用[J]. 战斌慧,周雪平.  植物保护. 2018(05)
[7]植物病毒检测方法的研究进展[J]. 陶源,吴兴泉.  分子植物育种. 2017(07)
[8]侵染肥城桃的病毒和类病毒的分子检测与鉴定[J]. 冯佳,李刚,竺晓平,宋红日,陈文玉,彭福田,李世访,刘会香.  植物保护. 2017(02)
[9]利用高通量测序技术快速解析草莓病毒基因组序列[J]. 李伟佳,张志宏,郭巍,郑文燕,代红艳.  沈阳农业大学学报. 2016(05)
[10]高通量测序技术在鉴定木本植物双生病毒中的应用[J]. 马宇欣,李世访.  植物保护. 2016(06)

博士论文
[1]柑橘树皮裂纹类病毒的遗传多样性及其对裂皮类病毒拮抗作用的分子机理研究[D]. 王亚飞.西南大学 2018
[2]小RNA深度测序在几种木本植物病毒鉴定中的应用[D]. 苏秀.浙江大学 2015

硕士论文
[1]不同病害症状油桃的病毒群体分析[D]. 许云霄.中国农业科学院 2019
[2]沈阳三种木本植物病毒病的分子检测与鉴定[D]. 韩彤.沈阳大学 2018
[3]西萌芦ZYMV病毒抗性的转录调控研究[D]. 郑扬.河北工程大学 2018
[4]两种柑橘病毒的高通量测序鉴定[D]. 李平.西南大学 2018
[5]多重RT-PCR技术检测桃病毒的研究[D]. 于云.福建农林大学 2013
[6]丁香属（Syringa）一些植物形态解剖与园林应用探讨[D]. 张健.福建农林大学 2009



本文编号：3201893