屠宰性状的选育对大恒优质鸡CAPN1、CAPN3及基因SNP位点的影响

发布时间：2017-05-16 15:07

  本文关键词：屠宰性状的选育对大恒优质鸡CAPN1、CAPN3及基因SNP位点的影响，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：钙蛋白酶系统主要是由钙蛋白酶和钙蛋白酶抑制蛋白构成,是细胞内广泛存在的一种酶系统。钙蛋白酶主要行使其水解功能,水解肌肉中的蛋白质,从而影响肌肉的肉质性状。当钙蛋白酶抑制蛋白与钙蛋白酶发生结合后,钙蛋白酶抑制蛋白行使其抑制作用,抑制钙蛋白酶的活性,从而使蛋白质的降解速率下降。本文选用四川畜牧科学研究院家禽所和四川大恒家禽育种有限公司培育的第9个世代的6个优质肉鸡新品系,对其CAPN1、CAPN3及CAST基因进行SNPs扫描并分析这些SNPs位点与鸡屠宰性状的关联性,并对比已有研究报道的第3世代上的相关数据,分析这些突变位点在世代选育中的遗传变化。实验结果显示：在第9世代的cAPN1上检测到4个单核苷酸突变位点；这4个突变分别为外显子6的G3535A(SNP1)突变,外显子16的C7198A(SNP2)和G7324A(SNP3)突变以及内含子3的G9950A(SNP4)突变。在CAST基因中检测到1个单核苷酸突变位点,具体位置为：内含子11上的G37868A(SNP7)突变。通过与屠体性状相关性分析,在CAPN1基因上,SNP1可显著影响胸肌重和皮下脂肪厚度(P0.05)；SNP2可显著影响半净膛率(P0.05),对腹脂重和腹脂率的影响极显著(P0.01)；SNP3对活重和半净膛率有着显著影响(P0.05),对屠体重有极显著影响(P0.01)；SNP4对活重、屠体重以及胸腿肌重具有显著影响。在CAPN3基因上,SNP5可极显著影响胸肌率(P0.01),并且在各品系中,TT基因型的个体极显著高于群体中其它基因型个体(P0.01)。SNP6可显著影响活体重和屠体重,CC基因型和等位基因C为优势基因型和优势等位基因；而SNP6对胸肌重和腿肌重达到极显著影响,CC基因型极显著高于CT和TT基因型(P0.01)。在CAST基因上SNP7可显著影响活体重和屠体重(P0.05),且群体中AA和AG基因型的个体要显著高于GG基因型的个体。通过分析CAPNl、CAPN3和CAST基因变异位点的基因频率和基因型频率,我们发现其频率在第3世代和第9世代中均有一定的变化,其中对屠宰性状有利的基因频率上升,不利的下降。在对屠宰性状的选育过程中,CAPN1、CAPN3及CAST基因频率发生了变化。这几个基因的SNP位点能真实遗传到后代,可以将其作为鸡遗传育种的分子标记,用于家禽的分子育种。
【关键词】：鸡 钙蛋白酶系统基因 多态 屠宰性状
【学位授予单位】：四川农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：S831
【目录】：

• 中文摘要5-6
• Abstract6-11
• 1 文献综述11-22
• 1.1 优质鸡的研究现状11-15
• 1.1.1 优质鸡的定义11
• 1.1.2 优质鸡的研究11-13
• 1.1.3 优质鸡的培育13-15
• 1.2 影响肉质的因素15-16
• 1.2.1 遗传因素15
• 1.2.2 饲养管理因素15
• 1.2.3 动物体屠宰后肌肉的变化15-16
• 1.3 影响肉质的候选基因16
• 1.4 钙蛋白酶系统的研究进展16-21
• 1.4.1 CAPN1基因的研究进展16-18
• 1.4.2 CAPN3基因的研究进展18-19
• 1.4.3 CAST基因的研究进展19-21
• 1.5 SNP的检测方法21
• 1.6 实验目的与意义21-22
• 2 材料与方法22-29
• 2.1 实验材料22
• 2.2 实验所需试剂、药品及其来源22-24
• 2.3 主要仪器设备24
• 2.4 主要生物学软件24-25
• 2.5 实验方法25-29
• 2.5.1 采血25
• 2.5.2 大恒优质鸡屠体性状的测定与数据收集25
• 2.5.3 全基因组DNA提取与检测25-26
• 2.5.4 引物的设计与合成26-28
• 2.5.5 SNP引物的筛选28
• 2.5.6 统计分析28-29
• 3 实验结果29-45
• 3.1 基因组DNA提取结果29-30
• 3.2 哈迪-温伯格平衡30
• 3.3 不同世代屠体性状的对比分析30-31
• 3.4 鸡CAPN1基因的多态性及遗传效应31-37
• 3.4.1 CAPN1基因扩增片段的检测31-32
• 3.4.2 CAPN1基因多态位点的检测32-33
• 3.4.3 CAPN1基因各位点在不同世代间的基因频率和基因型频率33-35
• 3.4.4 CAPN1基因突变位点对鸡屠宰性状的相关性分析35-36
• 3.4.5 CAPN1基因型对屠宰性状的遗传效应36-37
• 3.5 鸡CAPN3基因的多态性及遗传效应37-42
• 3.5.1 CAPN3基因扩增片段的检测37-38
• 3.5.2 CAPN3基因多态位点的检测38-39
• 3.5.3 CAPN3基因各位点在不同世代间的基因频率和基因型频率39-40
• 3.5.4 CAPN3基因突变位点对鸡屠宰性状的相关性分析40-41
• 3.5.5 CAPN3基因型对屠宰性状的遗传效应41-42
• 3.6 鸡CAST基因的多态性及遗传效应42-45
• 3.6.1 CAST基因扩增片段的检测42
• 3.6.2 CAST基因多态位点的检测42-43
• 3.6.3 CAST基因各位点在不同世代间的基因频率和基因型频率43
• 3.6.4 CAST基因突变位点对鸡屠宰性状的相关性分析43-44
• 3.6.5 CAST基因单突变位点对屠宰性状的遗传效应44-45
• 4 讨论45-48
• 4.1 关于屠宰性状对CAPN1基因SNP位点的影响45-46
• 4.1.1 CAPN1基因SNP位点在两个世代中基因频率的变化45
• 4.1.2 CAPN1基因变异与性状的关联分析45-46
• 4.2 关于屠宰性状对CAPN3基因SNP位点的影响46-47
• 4.2.1 CAPN3基因SNP位点在两个世代中基因频率的变化46
• 4.2.2 CAPN3基因变异与性状的关联分析46-47
• 4.3 关于屠宰性状对CAST基因SNP位点的影响47-48
• 4.3.1 CAST基因SNP位点在两个世代中基因频率的变化47
• 4.3.2 CAST基因变异与性状的关联分析47-48
• 5 结论48-49
• 参考文献49-54
• 致谢54

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本文编号：371159