山羊MEF2C基因选择性剪接鉴定及其单核苷酸多态性与生长性状的关联分析

发布时间：2017-06-03 13:21

  本文关键词：山羊MEF2C基因选择性剪接鉴定及其单核苷酸多态性与生长性状的关联分析，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：肌细胞增强因子2C(Myocyte Enhancer Factor 2C, MEF2C)属于转录调节因子MADS-Box家族下属的MEF2基因家族,广泛存在于心肌、骨骼肌和平滑肌中,通过控制肌细胞分化过程中的基因转录参与肌肉形成,但家畜尤其是山羊MEF2C基因的可变剪接体有待研究。本研究以南江黄羊为试验材料,克隆了山羊MEF2C基因的选择性剪接体,并采用实时荧光定量PCR方法检测MEF2C基因的选择性剪接体的时空表达情况。同时,我们测序检测MEF2C外显子的单核苷酸多态性,并进行了部分位点基因型与南江黄羊生长性状的关联分析。主要结果如下：(1)克隆获得山羊MEF2C基因的三个选择性剪接体：MEF2C-AS1、MEF2C-AS2和MEF2C-AS3,分别编码433、431和385个氨基酸。其中MEF2C-AS1缺失第7外显子；MEF2C-AS2缺失第6外显子；而MEF2C-AS3同时缺失第6和第7外显子。(2) MEF2C-AS1、MEF2C-AS2和MEF2C-AS3 mRNA在半膜肌和背最长肌中表达量较高,而在心肌中表达量较低。随着羔羊的生长,MEF2C-AS1在心肌中的表达量呈升高的趋势,MEF2C-AS2和MEF2C-AS3在心肌中的表达量呈下降的趋势。(3)山羊MEF2C基因的第4个外显子、第8个外显子中分别发现1个突变位点(C61T和C715T),在第14外显子发现6个突变位点(C4114T, A4486G, A4728C, C4869T, C5044T和A6658G)。对A4486G, A4728C, C4869T, C5044T四个位点在南江黄羊群体(n=215)中的多态性分析,发现A4486G位点处于低度多态(PIC0.25),其余三个位点均处于中度多态(0.25PIC0.5),但都处于Hardy-Weinberg平衡状态。(4)对南江黄羊MEF2C基因多态性与生长性状进行关联分析,发现在A4728C位点和C4869T位点为CC基因型公羊体高分别在2月龄和6月龄高于其他基因型。进一步分析发现四个位点的H4H5双倍型(CTAATTCC)母羊的初生体重显著高于H2H5双倍型个体(CCACCTCC)个体(P0.05)。(5)各生长阶段南江黄羊的体长、体高和胸围对体重有极显著的影响,其中胸围对体重的影响作用最大,且主要通过直接作用影响体重。其中用胸围数据以生长曲线模型(y=e(a+bx))对体重的估测最为准确。
【关键词】：南江黄羊 MEF2C基因 选择性剪接 单核苷酸多态性
【学位授予单位】：四川农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：S827
【目录】：

• 摘要5-6
• Abstract6-8
• 符号说明8-11
• 前言11
• 1 文献综述11-18
• 1.1 MEF2C结构和基因定位11-12
• 1.2 MEF2C的组织表达12
• 1.3 MEF2C的生物学功能12-13
• 1.4 MEF2C选择性剪接体的种类13-14
• 1.5 MEF2C剪接体的表达及分布14-15
• 1.6 MEF2C剪接变异体的功能15-16
• 1.7 MEF2C可变剪接在在畜禽中的研究16-17
• 1.8 MEF2C基因的多态性研究进展17
• 1.9 南江黄羊养殖研究17-18
• 1.10 本研究的目的及意义18
• 2 试验材料与方法18-29
• 2.1 试验材料18-21
• 2.1.1 试验动物与组织样品采集18-19
• 2.1.2 仪器与试剂19-21
• 2.2 试验方法21-29
• 2.2.1 总RNA的提取及反转录21-22
• 2.2.2 MEF2C基因的可变剪接体鉴定22-23
• 2.2.3 山羊MEF2C基因三个剪接体的表达研究23-26
• 2.2.4 山羊MEF2C基因的单核苷酸多态性研究26-28
• 2.2.5 南江黄羊生长性状的分析28-29
• 3 结果与分析29-49
• 3.1 总RNA提取结果29
• 3.2 山羊MEF2C基因选择性剪接体的序列分析29-33
• 3.2.1 RT-PCR扩增29
• 3.2.2 山羊MEF2C基因选择性剪接体的测序结果29-30
• 3.2.3 山羊MEF2C基因选择性剪接体蛋白理化性质预测30-31
• 3.2.4 山羊MEF2C基因选择性剪接体蛋白磷酸化分析31
• 3.2.5 山羊MEF2C基因选择性剪接体蛋白二级结构预测31-32
• 3.2.6 MEF2C基因剪接体系统发育树分析32
• 3.2.7 山羊MEF2C基因剪接体保守结构域的预测32-33
• 3.3 山羊MEF2C基因选择性剪接体的表达研究33-36
• 3.3.1 实时荧光定量PCR引物验证33-34
• 3.3.2 山羊MEF2C基因选择性剪接体的组织表达差异34-36
• 3.4 山羊MEF2C基因的多态检测36-47
• 3.4.1 山羊基因组DNA的质量检测36
• 3.4.2 PCR扩增结果36
• 3.4.3 测序结果与分析36-37
• 3.4.4 不同基因型(基因)频率的分布与遗传特性分析37-38
• 3.4.5 单倍型分析与连锁不平衡检测38-39
• 3.4.6 突变位点基因型与部分生长性状的关联分析39-47
• 3.5 南江黄羊部分体尺性状与体重的曲线拟合及通径分析47-49
• 4 讨论49-51
• 4.1 山羊MEF2C基因的剪接模式49
• 4.2 山羊MEF2C基因剪接体组织表达49-50
• 4.3 MEF2C基因外显子中的变异50
• 4.4 MEF2C与南江黄羊生长性状的关系50-51
• 4.5 南江黄羊胸围是影响体重的重要指标51
• 5 结论51-53
• 参考文献53-56
• 致谢56-57
• 附录57-59

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本文编号：418296