【摘要】：目的对2016~2018年宁夏地区的腹泻病例开展监测,了解本地区病毒性腹泻的病原谱构成及其流行特征,为病毒性腹泻的预防和控制提供数据基础和理论依据。对诺如病毒进行分子流行病学研究,通过同源性和系统进化分析、重组分析来揭示宁夏地区诺如病毒的基因特征和分布特点,了解该病毒的传播方式和变异规律,及时发现主要的流行株、变异株。方法1.按照纳入标准和排除标准收集2016.01~2018.12期间在宁夏10家哨点医院就诊的腹泻病例标本,同时采集病例信息(包括年龄、性别、发病时间等)。提取腹泻标本核酸,通过实时荧光定量PCR(Real-time PCR)同时检测RV、NoV、SaV、AstV、EAdV。结合病例信息,利用SPSS22.0、SAS软件统计分析相关指标。2.对GII阳性标本的聚合酶区和衣壳蛋白区部分序列进行扩增和测序,用Mega-X软件构建系统进化树,并结合诺如病毒分型网站(http://www.rivm.nl/mpf/NoV/typingtool)综合鉴定基因型别。对两区型别不一致的毒株扩增包含ORF1/ORF2重叠区在内的长片段,用Simplot和RDP4软件进行重组分析,并分析其分子流行病学特征。结果1.病毒性腹泻监测情况1.1腹泻病毒检出情况:2016~2018年宁夏地区病毒性腹泻总阳性率为33.00%,HuCV阳性率最高为17.67%,其中GII、SaV和GI组NoV阳性率分别为14.66%、3.07%和0.61%;其次为RV、AstV和EAdV,阳性率分别为14.17%、5.29%和3.59%。1.2病原谱及混合感染:GII和RV是病毒性腹泻的主要病原体,分别占28.83%、28.75%,其次为混合感染、AstV、SaV、EAdV和GI,分别为21.38%、7.54%、6.13%、6.13%和1.23%。合并感染分为三种,两种病毒的混合感染共12种203例,以GII合并RV为主;三种病毒的合并感染共9种36例,以GII、RV、AstV的混合感染为主;四种病毒的合并感染共2种5例,以GII、RV、AstV、EAdV的混合感染为主。1.3时间分布:冬季阳性率最高为54.38%,其次为秋季、春季和夏季,阳性率分别为35.33%、32.05%和25.40%(?~2=126.355,P0.001)。宁夏RV、NoV、AstV呈明显的冬季高发,夏季低发特点,SaV与之相反,EAdV夏秋季高发。1.4地区分布:固原市病毒阳性率最高为44.15%,其次为石嘴山市、吴忠市、中卫市和银川市,阳性率分别为33.96%、31.44%、28.26%和24.76%;不同地区5种病毒阳性率差异均具有统计学意义,固原市RV、AstV、NoV、EAdV的阳性率均位于全区第一,SaV在石嘴山市阳性率最高。1.5人群分布:男性阳性率略高于女性(?~2=4.648,P=0.031);0~年龄组阳性率最高为41.10%,50~年龄组阳性率最低为22.09%(?~2=125.367,P0.001);散居儿童阳性率最高为39.88%,家务及待业阳性率最低为16.51%(?~2=94.058,P0.001)。2.GII组NoV基因分型及重组2.1基因分型:聚合酶区有5种基因型,GII.Pe、GII.P12、GII.P16、GII.P17和GII.P7;衣壳蛋白区有6种基因型,GII.4 Sydney_2012、GII.3、GII.2、GII.1、GII.6、GII.17。2.2重组:首次在宁夏发现12种重组类型:GII.Pe/GII.4 Sydney_2012(39.77%)、GII.P12/GII.3(30.68%)、GII.P16/GII.2(12.50%)、GII.P17/GII.17(3.41%)、GII.P7/GII.6(3.41%)、GII.P16/GII.1(2.27%)、GII.P16/GII.4 Sydney_2012(2.27%)、GII.P17/GII.4Sydney_2012(1.14%)、GII.P12/GII.2(1.14%)、GII.Pe/GII.1(1.14%)、GII.Pe/GII.2(1.14%)、GII.Pe/GII.3(1.14%)。共检出32株重组株,为GII.Pe/GII.4 Sydney_2012、GII.P16/GII.2、GII.P16/GII.1、GII.P7/GII.6、GII.P12/GII.3型重组株,重组位点均位于ORF1区,在5009bp~5079bp之间。结论1.GII和RV是宁夏病毒性腹泻的主要病原体,其次为混合感染,混合感染又分两种、三种、四种病毒的混合感染,主要为GII合并RV(/合并其他病毒)感染为主;宁夏RV、NoV、AstV呈明显的冬季高发,夏季低发特点,SaV与之相反,EAdV夏秋季高;.需重点关注固原市RV、AstV、NoV、EAdV及石嘴山市SaV流行情况;0~和70~年龄组为病毒性腹泻高危人群。2.宁夏GII组NoV多为重组株,首次在该地发现12种重组类型并检出GII.Pe/GII.4Sydney_2012、GII.P16/GII.2、GII.P16/GII.1、GII.P7/GII.6、GII.P12/GII.3型重组株,均为型间重组。GII.Pe/GII.4Sydney_2012和GII.P12/GII.3为宁夏流行株且在该地持续存在,提示应警惕GII.P16重组株未来在该地流行的可能。
【图文】：
146 种病毒不同月份阳性率分布显示（见图 3），RV、GII 组 NoV、AstV 12 月份阳性率最高，RV 和 GII 组 NoV 从 11 月份至次年 3 月份阳性率维持在比较高的水平，AstV
Simplot分析2016-2017年宁夏GⅡ组NoV重组类型
【学位授予单位】：宁夏医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2019
【分类号】：R512.5;R181.3
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本文编号：2599641
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