肠结核患者肠道菌群的特点

发布时间：2020-05-16 14:15

【摘要】：目的:研究肠结核患者与健康志愿者肠道菌群的差异,以及肠结核患者与炎症性肠病患者肠道菌群的差异。方法:炎症性肠病(IBD)患者3名(2名CD,1名UC)、肠结核患者5名、健康志愿者4名,取其粪便(n=12)进行16S rDNA测序,对粪便菌群多样性和组成进行分析比较。结果:经秩和检验分析,三组间chao1指数无明显差异(p=0.08),香农指数(p=0.12)及辛普森指数(p=0.15)得出相同结果。UniFrac热图显示样本之间并未出现明显的聚类现象,与此类似,PCo A分析同样未出现明显的聚类现象。菌群组成上,肠结核组伯克氏菌目(p=0.0365)、脱硫弧菌属(p=0.0416)、嗜胆菌属(p=0.0179)、阿里松氏菌属(p=0.0108)及Parasutterella属(p=0.0365)的丰度明显低于正常对照组;相对于IBD组,肠结核组粪便中紫单胞菌科(p=0.0357)、副杆菌属(p=0.0324)、普氏菌属(p=0.0358)、罗斯氏菌属(p=0.0498)的丰度显著升高。此外,IBD组变形菌纲(p=0.0497)、脱硫弧菌目(p=0.0497)、氨基酸球菌科(p=0.0497)、脱硫弧菌科(p=0.0497)、理研菌科(p=0.0497)丰度显著低于正常对照组;种属水平上,相较于正常对照组,IBD组阿里松氏菌属(p=0.0435)、嗜胆菌属(p=0.0435)丁酸弧菌属(p=0.0435)、梭菌XlVb属(p=0.0497)、克洛诺菌属(p=0.0435)、颤杆菌克属(p=0.0497)、考拉杆菌属(p=0.0497)、罗斯氏菌(p=0.0497)、瘤胃球菌属(p=0.0435)、副杆菌属(p=0.0435)、Barnesiella属(p=0.0435)及Alistipes属(p=0.0497)丰度显著降低。结论:肠结核患者肠道菌群与健康者和IBD患者均存在明显差异,主要表现为伯克氏菌目、脱硫弧菌属、嗜胆菌属、Parasutterella属和阿里松氏菌属丰度低于健康志愿者,紫单胞菌科、副杆菌属、普氏菌属、罗斯氏菌属丰度高于IBD患者。因此,肠道菌群对肠结核与IBD的鉴别具有一定的临床意义。此外,IBD患者肠道菌群与健康者同样存在显著差异。
【图文】：

原理图,测序,原理图,文库

司)切胶回收 PCR 产物。回收后，利用 Thermo NanoDrop 2000 紫外微量分光光度计和 2%琼脂糖凝胶电泳进行文库质检。3.2.5 PCR 产物定量和均一化文库质检合格后，，使用 Qubit 进行文库定量，并根据每个样品的数据量要求，进行相应比例的混合。3.2.6 Illumina 测序使用 Illumina HiSeq PE250 进行上机测序，原理如图 3.2。

流程图,信息分析,流程图

图 3.3 信息分析流程图对原始数据进行 QC 之后，用 Usearch 软件对数据进行去嵌合体和聚类的操作，Usearch 聚类时，先将 Reads 按照丰度从大到小排序，通过97%相似度的标准聚类，得到 OTU(Operational Taxonomic Units)，每个 OTU 被认为可代表一个物种。接下来对每个样品的 Reads 进行随机抽平处理，并提取对应的 OTU 序列。然后使用 Qiime 软件，做 Alpha 多样性指数的稀释曲线，根据稀释曲线选择合理的抽平参数，利用 Qiime 软件对得到的抽平后的 OTU 进行分析，首先从 OTU 中分别提取一条 Read 作为代表序列，使用 RDP 方法，将该代表序列与 16S 数据库比对，从而对
【学位授予单位】：吉林大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：R524

【参考文献】