目的:人类免疫缺陷性病毒(Human Immunodeficiency Virus,HIV)是导致艾滋病(Acquired Immune Deficiency Syndrome,AIDS)的病原体,分为HIV-1和HIV-2两种类型,其中HIV-1是引起全球艾滋病流行的主要类型。本研究基于甘肃省临床样本对甘肃省近年流行HIV-1病毒株特点、耐药基因型进行研究,分析流行病学相关数据,为甘肃省HIV的精准诊断、预防策略和治疗提供参考。方法:选取2016年1月-2018年5月甘肃省疾病预防控制中心(GS-CDC)留存的HIV-1确证试验阳性且病毒载量≥1000(拷贝数/ml)的血浆114例,用巢式RT-PCR的方法,进行HIV-1基因分型研究。用琼脂糖凝胶电泳验证阳性的PCR产物,送华大基因公司测序,测序结果通过美国Los Alamos国家实验室HIV核酸序列库的HIV-BLAST工具,依据同源性对gag、pol、env三个基因区域的基因型进行鉴定。鉴定结果用系统树分析做进一步证实。序列的比对、同源性分析应用Clustal X 1.83软件,使用Mega 4.1软件利用]NNeighbor-j oining法构建系统进化树。不同标准参考序列从美国Los Alamos网站上的HIV databases中下载(https://www.hiv.lanl.gov/content/index)。利用Mega 4.1软件中的distance程序中的Kimura双参数方法计算序列间的基因离散率,即基因距离分析。通过前期分型前期研究发现,甘肃省中有CRF55_01B和CRF65_cpx流行重组型各3例。在前期分型研究基础上,选择HIV-1基因型CRF55_01B和CRF65_cpx阳性共6例;选择gag、pol和env基因均阳性样本10例,gag和env阳性样本3例,合计19份样本,进行HIV-1近乎全长基因序列(NFLG)分析,利用SimPlot软件做进一步分析;选取2018年3月到5月甘肃省疾病预防控制中心留存的HIV-1确证试验阳性且患者未曾服药病毒载量≥1000(拷贝数/ml)的血浆27例,进行甘肃省近年HIV/AIDS耐药基因型特征研究。结果:用巢式RT-PCR检测114例HIV-1阳性血浆样本,结果分别检测到HIV-lgag基因39例、pol基因24例,env基因57例,gag,pol,env三种结构基因中至少有一种检出的有68例,三者均检出10例,三者均未检出46例。在至少有一种基因表达的68例样本测序比对结果显示,甘肃省近年HIV-1基因型有B亚型、C亚型,CRF07_BC、CRF01_AE、CRF08_BC,其中以CRF07_BC和CRF01_AE重组型为主,分别占41.18%和27.94%。此外发现有新传入甘肃省的CRF55_01B、CRF65_cpx各3例。同时,分析样本库的人口学和地理学信息特点显示,甘肃省HIV阳性人群以男性为主,占85.29%(58/68);年龄集中在20-50岁青壮年,占82.3 5%(56/68);甘肃省HIV-1基因型分布具有显著的地域特征,HIV阳性地区有地域优势病毒株,临夏市以CRF01_AE为主,占37.0%(10/27),定西市为CRF07_BC,占58.8%(10/17)。在甘肃省HIV-1近乎全长基因序列(NFLG)分析过程中,成功扩增并拼接出6例样本的基因序列。这6例样本有3例为甘肃省未曾报道新传入的流行毒株CRF55_01B,通过NFLG与各自的参考株比较,其重组模式相同和重组断点相似。选择的27例HIV阳性未曾服药的样本,对pol基因逆转录酶编码(RT)区的耐药基因序列分析结果显示,BC重组型13例,CRF01_AE 10例,4份样本不能确定基因型。将pol基因逆转录酶区序列提交斯坦福大学HIV耐药数据库进行耐药突变分析,在甘肃省27例HIV-1感染人群中发现有耐药相关突变发生情况8例(8/27),并发现有针对蛋白酶抑制剂的耐药毒株的传播。结论:甘肃省近年HIV-1流行以CRF07_BC和CRF01_AE流行重组型为主,与全国HIV-1的主要流行的基因型相似;发现甘肃省有CRF55_01B、CRF65_cpx基因型的流行和耐药基因型传播;各基因型分布具有显著的地域特征,本研究补充了甘肃省近年HIV-1流行和基因型信息。目的:中国早期HIV的传播主要是通过静脉注射吸毒人群(IDUs)。目前,HIV在中国的传播逐渐由高危人群转向普通人群,以性途径传播为主。早期通过静脉注射吸毒途径传播的HIV基因型可能是影响我国HIV流行基因型的主要因素。对静脉注射吸毒人群感染的HIV基因型进行全面分析,可以为中国HIV的分子流行和传播类型提供综合证据。因此,我们对静脉注射吸毒人群的HIV流行和基因型进行Meta分析。方法:检索数据库:PubMed,Web of Science,Cochrane Library,中国知网(CNKI),中国生物医学数据库(CBM),万方数据库和维普数据库。检索时间范围是自数据库建库之日起至2018年5月。中文数据库检索词为:(“人类免疫缺陷病毒”或“HIV”或“艾滋病”或“获得性免疫缺陷综合征”)和(“亚型”或“基因型”或“分子流行病学”)和(“传播”或“感染”或“静脉注射吸毒”或“注射吸毒”)和(“中国”或“中国人”或“省份名称”)。英文数据库检索词为:(“human immunodeficiency virus”OR“HIV”OR“HIV-1”OR“AIDS”OR“acquired immunodeficiency syndrome”)AND(“subtype”OR“genotype”OR“molecular epidemiology”)AND(“intravenous drug users”OR“IDU”)AND(“China”OR“Chinese”OR“location=province”)。纳入文献使用Endnote X7软件管理,数据信息使用Microsoft Excel 2007软件整理;数据处理使用SPSS 18.0软件和MATLAB R2016b软件;文献检索纳入排除流程图制作使用RevMan 5.3软件;Meta分析使用R 3.3.1软件。使用Cochran的Q和I2统计量确定异质性,使用随机效应模型分析。漏斗图和Egger检验用于观察发表偏倚。根据研究时间,研究区域和扩增的基因数量进行亚组分析,使用卡方检验分析亚组间比例的差异。敏感性分析用于检测结果的稳定性。结果:从7个电子数据库共检索到7149篇文献:PubMed 1307篇;Web of Science 1002篇;CNKI 2496篇;Wanfang 1195篇;CBM 744篇;Weipu 405篇。按照纳入和排除标准,删除882篇重复文献,共筛选出6267篇。通过阅读6267篇文章的标题和摘要,排除了3987篇文章。通过阅读2280篇论文的全文,最终纳入符合纳入标准和排除文献45篇,发表时间的为2005年至2017年,共计2765例HIV阳性样本。Meta分析结果显示,在中国静脉注射吸毒人群中,CRF07_BC感染的总比例为45.18%(95%CI:33.55-57.08%),CRF01_AE为 16.00%(95%CI:9.39-23.82%),CRF08_BC为13.43%(95%CI:7.32-20.84%),B/B'亚型为3.58%(95%CI:1.52-6.24%),C亚型为0.90%(95%CI:0.04-2.43%)。在1991-2015年间,中国静脉注射吸毒人群中主要流行的HIV-1是CRF07_BC。以不同时间段为亚组分析,CRF07_BC和CRF08_BC的流行病例人数在不同时间段内有波动。以流行地区为亚组分析结果显示,东部地区以CRF07_BC(63.26%,95%CI 50.87-74.89)和CRF01_AE(21.70%,95%CI 11.92-33.24)为主。中部地区主要流行毒株为CRF07_BC(54.17%,95%CI 20.10-86.32)和B/B亚型(23.44%,95%CI 0.02-64.29)。东南部地区主要流行CRF07_BC(45.30%,95%CI 23.77-67.75)和CRF01_AE(39.84%,95%CI 19.64-61.96)。西南部地区主要流行CRF08_BC(47.39%,95%CI 32.17-62.84)、CRF07_BC(13.52%,95%CI 8.96-18.74)、CRF01_AE(6.89%,95%CI 2.15-13.49)和C亚型(2.56%,95%CI 0.00-8.41)。结论:静脉注射吸毒人群HIV-1无论是流行时间和流行区域,主要流行的HIV-1基因型以CRF07_BC、CRF0I_AE和CRF08_BC为主,与如今以性传播为主的HIV-1流行趋势相似。
【学位单位】：兰州大学
【学位级别】：硕士
【学位年份】：2019
【中图分类】：R512.91;R181.3
【部分图文】：
→M：DNA marker II C：ddH2O 对照1,2,3 阳性 4,5 阴性图 1 gag 基因巢式 RT-PCR 产物琼脂糖凝胶电泳结果100bp→M：DNA marker II C：ddH2O 对照1,2 阴性 3,4,5 阳性图 2 pol 基因巢式 RT-PCR 产物琼脂糖凝胶
→M：DNA marker II C：ddH2O 对照1,2,3 阳性 4,5 阴性图 1 gag 基因巢式 RT-PCR 产物琼脂糖凝胶电泳结果100bp→M：DNA marker II C：ddH2O 对照1,2 阴性 3,4,5 阳性图 2 pol 基因巢式 RT-PCR 产物琼脂糖凝胶
图 4 甘肃省 HIV-1 编号为 GS-1 样本 RT-PCR env 区测序结肃省 HIV-1 阳性样本 gag、pol 和 env 测序结果统计分析有测序结果在美国 Los Alamos 数据库中进行比对，结果1 月-2018 年 6 月期间，感染的 HIV 病毒株的基因型主要：C
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本文编号：
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