北京油鸡和来航鸡脾脏差异表达microRNA的鉴定与分析

发布时间：2017-12-02 03:19

  本文关键词：北京油鸡和来航鸡脾脏差异表达microRNA的鉴定与分析

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【摘要】：【目的】明确北京油鸡和来航鸡脾脏重量、组织结构及其mi RNA表达谱的差异,筛选与两个鸡种免疫应答能力差异相关的候选基因,为家禽抗病育种研究奠定基础。【方法】选取1日龄同期孵化的北京油鸡和来航鸡母雏各45只作为试验材料,在相同营养水平和环境条件下饲养,42日龄测量体重和脾脏重。每个品种随机选取3只个体(体重接近群体均值),取其一半脾脏组织制作石蜡切片,利用H.E.染色,显微镜下观察脾脏组织结构、脾小体的数量和动脉周围淋巴鞘厚度。提取另一半脾脏组织中的小RNA,等量混合组成2个RNA池,构建c DNA文库,利用Solexa平台进行高通量测序。测序结果与参考基因组数据库比对获得表达基因。利用Mireap软件预测新mi RNAs基因。利用RPKM(reads per kb per million reads)方法计算基因的表达量,根据FDR(false discovery rate)0.001和|log2 ratio(T/CK)|≥1的标准筛选差异表达的基因。利用Target Scan和Pictar软件预测差异表达mi RNA的靶基因,并对其进行GO和KEGG数据库功能注释。利用DAVID软件对靶基因蛋白进行富集分析。将预测靶基因与已知脾脏重和脾脏指数相关QTL区域注解的基因取交集。【结果】在42日龄,北京油鸡的体重和脾脏重均显著高于来航鸡(P0.01)。组织学观察显示,两个鸡种的脾脏组织结构发育完整,可见清晰的白髓、红髓、脾小结和动脉周围淋巴细胞鞘。与来航鸡相比,北京油鸡脾小体的数量更多、动脉周围淋巴鞘更厚,鞘内淋巴细胞也更为密集。高通量测序在两组样本共鉴定出486种已知mi RNA、130个候选mi RNA和216个共表达mi RNA。两组间显著差异表达的mi RNA共计35种,其中在北京油鸡中有8个表达上调,27个表达下调,它们的变化倍数在1.002—10.41之间。差异基因表达丰度在前5位的mi RNA是mi R-2954、mi R-6606-5p、mi R-146b-5p、mi R-21-3p和mi R-21-5p,对其2 767个靶基因的生物信息学分析结果显示,它们参与了T和B淋巴细胞的分化、免疫器官的发育、蛋白质磷酸化和细胞形态发生等生物学过程,并在泛素介导的蛋白水解、凋亡和磷脂酰肌醇信号系统等14个通路中显著富集。mi R-6606-5p、mi R-146b-5p的共同靶基因BLM和mi R-2954的靶基因IRF8均定位于脾重或脾指数相关的QTL区域。【结论】(1)42日龄北京油鸡和来航鸡脾重、组织结构及其mi RNA表达谱的确存在一些差异。(2)某些重要的差异高丰度表达mi RNA(如mi R-2954、mi R-6606-5p、mi R-146b-5p、mi R-21-3p和mi R-21-5p)可能通过对靶基因调控,来参与调节T、B淋巴细胞分化、增殖、激活等过程,进而影响脾脏的重量、组织结构及其免疫应答能力。
【作者单位】： 河北科技师范学院;
【基金】：国家青年科学基金(31001003) 河北省教育厅优秀青年科学基金(Y2011118) 河北省自然科学基金(C2012407009) 河北省现代农业公关计划(15226302D) 河北省高等学校创新团队领军人才培育计划(LJRC004) 河北省现代农业产业技术体系蛋鸡产业创新团队项目
【分类号】：S831
【正文快照】： Identification and Bioinformatics Analysis of Differential ExpressionMicro RNAs in the Spleen Between Beijing Fatty Chickens andLeghorns ChickensGENG Li-ying,PAN Su-min,CHEN Juan,ZHU Wen-jin,GONG Yuan-fang,LIU Zheng-zhu,PENG Yong-dong,ZHAO Shu-yu,ZHANG C

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前1条

1 吴春梅;赵桂苹;文杰;陈继兰;郑麦青;陈国宏;;中国北京油鸡和引进白来航蛋鸡免疫性状的比较[J];畜牧兽医学报;2007年12期

【共引文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 肖雄;孔丽娜;吴银宝;张文武;罗庆斌;;不同季节对鹅若干生理和免疫指标的影响[J];家畜生态学报;2014年07期

2 王存波;常国斌;窦套存;曲亮;雷黎立;周琼;廖菁;包文斌;陈国宏;;文昌鸡免疫性状与部分生长性能的相关分析[J];西北农业学报;2009年02期

3 包文斌;叶兰;潘章源;朱t，

本文编号：1243456