德州驴NCAPG,DCAF16,FAM184B,TBX3基因多态性与早期生长性状的关联分析

发布时间：2020-05-21 18:18

【摘要】：德州驴作为我国大型兼用品种,具有较好的肉用潜能,但缺乏相关分子遗传育种基础性研究。因此,选用与动物生长发育相关的NCAPG、DCAF16、FAM184B和TBX3作为候选基因挖掘与德州驴生长性状相关的分子标记,对于开展驴分子标记辅助选择育种研究具有重要的借鉴以及指导意义。本研究以227头德州驴为研究对象,利用DNA混池测序检测这4个基因的单核苷酸多态性;利用飞行时间质谱分型技术对混池测序发现的SNPs进行基因分型;通过分型统计结果检测Hardy-Weinberg平衡(HWE)并计算群体遗传指数,利用Haploview 4.2软件,根据SNP的位置和基因型信息进行连锁不平衡和单倍型分析;利用SPSS 24.0软件一般线性模型分析基因多态性与德州驴初生、3月龄、6月龄生长性状的关联效应。结果如下:(1)混池测序NCAPG基因第9内含子上发生T→C的转换(rs1),第11内含子发生A→G的转换(rs2),第19内含子上发现一个C→G的突变(rs4),第8内含子上存在C→G单碱基突变(rs5);DCAF16基因第2外显子的一段重复序列存在A→G的突变(rs008);FAM184B基因第7内含子上发现一个A→C单碱基突变(rs46),第18外显子发现G→A的突变(rs031);在TBX3基因中,rs7位点位于基因上游的调控区,发现一个G→A的突变,第二内含子发现一个A→G突变(rs8)。(2)基因多态性与德州驴生长性状关联分析rs1位点基因型为CC的德州驴个体初生阶段的平均尻长比CT基因型显著提高了1.03 cm(P0.05);德州驴6月龄时TT基因型的个体与CC基因型相比,平均胸宽相差1.51 cm,达到了极显著水平(P0.01),TT、CT基因型个体的平均管围均显著高于CC个体(P0.05)。rs4位点的关联分析揭示了初生阶段GG基因型个体的平均胸深显著高于GC基因型(P0.05);6月龄阶段CC基因型个体平均胸宽、管围显著高于GG基因型(P0.05)。rs008位点关联分析结果表明:德州驴3月龄时,AA基因型个体的平均体重比GG基因型显著提高了5.33 kg,体高显著提高了2.46 cm,尻高差异同样达到了显著水平,相差1.99 cm(P0.05);德州驴rs008位点GA基因型的平均体重比GG基因型显著提高了4.91 kg,体高和尻高显著提高了2.1 cm、1.93 cm(P0.05);6月龄时,AA、GA基因型个体的平均体高和胸围极显著高于GG基因型个体(P0.01),GA基因型德州驴的胸深和尻高极显著高于GG基因型个体(P0.01),另外德州驴GA基因型的平均尻宽显著高于GG和AA基因型(P0.05)。连锁不平衡分析表明rs1、rs2、rs4和rs5五个位点的组合基因型在德州驴群体中共有五种。关联分析结果显示:6月龄时,TTAACCCC组合基因型的个体平均胸宽显著高于CCGGGGGG基因型个体(P0.05)。TBX3基因rs7位点关联分析结果表明:德州驴3月龄AA基因型个体平均管围显著高于GG基因型(P0.05),GA基因型个体的尻宽显著高于AA基因型(P0.05),6月龄GA和GG基因型个体的平均尻宽显著高于AA基因型。
【图文】：

州驴）、黄土丘陵沟壑型（佳米驴）、高原山地型（西南驴）和中部平原丘陵型等，2006）。按体型特征可分为大型驴、中型驴和小型驴三种类型（谢成侠，在 130 cm 以上，体重在 260 kg 左右，主要包括平原地区（山东、陕西、山西、关中驴、广灵驴和晋南驴等；中型驴体高在 110~130 cm，体重 180 kg 左右区（陕西、甘肃、山西、河北）与平原（河南）地区的庆阳驴、淮阳驴、佳米型驴体高在 110 cm 以下，体重在 130 kg 左右，其分布范围较广，主要分布在夏、甘肃、陕西以及云南、四川、西藏等省、自治区，包括新疆驴、云南驴、。的存栏量7 年年末我国驴存栏量 267.8 万头，2016 年年末存栏量为 259.3 万头，为历史最以看出从 1990 年以来，我国驴的存栏量连续 27 年整体呈下降趋势，平均每年约业农村部畜牧兽医局等，2018）。目前，我国存栏量较大的省份主要包括甘肃宁和山东等。驴存栏量连续下滑的原因主要概括为以下三方面：役用功能被农工具所取代；驴繁殖效率低和繁育速度慢的生物学特性（张莉等，2015）；对制品的需求旺盛导致大量的驴被屠宰。

中国农业科学院硕士学位论文 第三章 试验结果第三章 试验结果3.1 德州驴血液基因组 DNA 提取结果采用天根血液基因组 DNA 提取试剂盒从德州驴血样中提取 DNA，使用 NanoDrop 20仪器进行 OD 值检测，，经检测 DNA 浓度均超过 20 ng L-1，OD 值在 1.7~1.9 之间；1.25琼脂糖凝胶电泳检测，DNA 有清晰主带如图 3.1 所示，DNA 质检合格，可用于后续 PCR 增反应。
【学位授予单位】：中国农业科学院
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2019
【分类号】：S822

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本文编号：2674702