BVDV-1 H2017分离株全基因组序列测定及遗传进化分析
发布时间：2020-07-12 20:01
【摘要】：牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)是牛病毒性腹泻(Bovine viral diarrhea,BVD)的病原,引起以腹泻、黏膜糜烂溃疡、持续性感染为特征的牛传染性疾病,对世界养牛业造成了严重的经济损失。该病毒分为BVDV-1和BVDV-2两个基因型,致细胞病变型(CP)和非致细胞病变型(NCP)两个生物型。为了了解本实验室分离鉴定的BVDV-1 NCP型H2017分离株的全基因组信息和遗传特性,本研究根据GenBank上发表5株BVDV-1病毒的全基因序列,设计16对特异性引物,应用RT-PCR方法扩增后,进行序列的测定,并根据H2017株全基因组序列、5'UTR序列、N~(pro)基因序列和E2基因序列分别构建遗传进化树,分析各部分遗传特性,获得了以下结果。本试验完成对H2017分离株基因的测序,得到H2017株基因组大小为12142 bp,G+C含量为45.97%,5'UTR大小为303 bp,ORF大小为11706 bp,编码3901个氨基酸,3'UTR大小为133bp。对H2017株全基因组、5'UTR、Nppo基因和E2基因序列同源性比对并构建遗传进化树。结果显示,H2017株全基因与BVDV-1m LN-1株同源性95.9%,处于遗传进化树同一分支;5'UTR与BVDV-1m LN-1株同源性为95.3%;Npro基因与BVDV-1m NMG313株同源性最高为99.2%;E2基因与BVDV-1m XC分离株处于同一进化树分支。对H2017株与BVDV-1 NADL株(NC_001461.1)NS2/3基因序列的比对结果显示,H2017株在NS2/3基因4993～5263处缺失270bp,以上试验结果证明,BVDV H2017分离株为BVDV-1m NCP型病毒。试验结果不但丰富了 BVDV的分子生物学信息,而且充实了 BVDV-1分子流行病学的资料,为H2017株全基因组的深入研究和防控内蒙古地区牛病毒性腹泻提供参考依据。
【学位授予单位】：内蒙古农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2019
【分类号】：S852.65
【图文】：
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本文编号：2752427
【学位授予单位】：内蒙古农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2019
【分类号】：S852.65
【图文】：
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本文编号：2752427
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