利用mtDNA D-Loop序列多态性挖掘四川绵羊遗传资源
发布时间：2017-03-31 07:26
本文关键词：利用mtDNA D-Loop序列多态性挖掘四川绵羊遗传资源，，由笔耕文化传播整理发布。
【摘要】：为了确定在四川发现的两个绵羊群体,即布拖类群、贾洛类群,是否为新的遗传资源,本研究从四川省凉山州、阿坝州采集了布拖类群、凉山半细毛羊、凉山本地类群、贾洛类群、红原本地类群、萨福克贾洛杂交类群6个群体的组织样,利用绵羊线粒体DNA D-Loop区多态性,分析6个群体的起源和遗传多样性。同时合并分析从GenBank上下载的68条家绵羊线粒体DNA D-Loop区序列,构建了全部序列的系统发育树,最后对6个绵羊群体进行了单倍型的网络分析及群体扩张分析,核苷酸不配对分布分析和中性检验。研究结果如下：1.测定的6个绵羊群体286只个体的mtDNA D-loop区序列长度划分为8种类型,即1106bp、1179bp、1180bp、181bp、1182bp、1183bp、1184bp、1256 bp,1181bp所占比例(79.6%)最大。其中,在布拖类群中,未发现1106bp长度,且布拖类群mtDNA D-loop区长度类型比较少,只有3种长度,即1180bp、1181bp、1182bp,说明布拖类群D-Loop长度变异少；在贾洛类群中发现了3个1256bp长度的D-Loop,在其他5个类群中,只有萨福克贾洛杂家类群发现1个1256bp长度的D-Loop,说明1256bp可能为贾洛类群所独有。本试验所获得的286条绵羊mtDNA D-loop序列,共发现210个变异位点,其中单一多态位点有43个,简约信息位点有167个。从碱基组成上来看,A+T含量(62.693%)明显高于G+C含量(37.324%),除了缺失和插入位点外,发生转换192次,颠换18次,其中7个位点同时发生转换和颠换,变异主要以转换为主,说明绵羊mtDNA D-loop区序列具有转换偏倚性。在6个绵羊群体中,布拖类群G+C含量最低,为37.108%,贾洛类群A+T含量最高,为62.902%,序列碱基组成没有明显的差异,其中均以A、T含量占优势,说明了绵羊mtDNA D-loop为A、T富集区。2.6个群体共发现了133种单倍型,其中有51个单倍型是群体间与群体内共享单倍型,其余82个均为群体特有单倍型。在布拖类群内,只有11种单倍型,为单倍型最少的群体,286条序列的核苷酸多样度平均为0.01724,单倍型多样度平均为0.9843,6个群体的核苷酸多样度变异范围为0.01099-0.02114,单倍型多样性变异范围为0.780～0.995,单倍型多样性最低和最高的群体分别是布拖类群和贾洛类群。研究结果说明,布拖类群绵羊的遗传多样性较为贫乏,需要对其种质资源进行合理的保护；贾洛类群遗传多样性丰富,从遗传多样性角度揭示了培育贾洛绵羊具有很好的前景。3.6个绵羊群体间的遗传距离为0.014-0.023。萨福克贾洛杂交类群与凉山半细毛羊以及萨福克贾洛杂交类群与贾洛类群之间的遗传距离较小,为0.014；红原本地类群与布拖类群的遗传距离最远,为0.023。6个绵羊群体聚类关系图表明,布拖类群与其他5个群体的遗传距离都比较远,单独聚为一类,可以判断布拖类群为本地一个独立的群体；而贾洛类群与同处于阿坝州的红原本地类群的遗传距离为0.018,这两个群体的遗传分化程度也比较明显,故也可以看作一个相对独立的群体。总之,布拖类群和贾洛类群与其他类群之间没有明显的遗传地理结构。4.利用MEGA6.0软件对286条序列构建了系统发育树,结果显示这些序列分为三个分支,同时,利用从GenBank上下载的6条野绵羊序列和62条家绵羊序列作为对照进行分析,结果表明,摩佛伦羊聚在B支系中,布拖类群出现在A、B2个分支中,贾洛类群在3个分支中都有分布,从而可以推测出,布拖类群有两个野绵羊始祖进化而来,贾洛类群有三个,而摩佛伦羊为布拖类群和贾洛类群的共同始祖之一。毖蚝团萄虻ザ谰畚焕
本文编号：279174
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